BU-ISCIII / buisciii-tools

set of helper tools for bu-isciii management of its core services portfolio.
GNU General Public License v3.0
1 stars 12 forks source link

Add Recentrifuge to seek_and_destroy pipeline #163

Open saramonzon opened 1 year ago

GuilleGorines commented 1 year ago

This request was made by a researcher regarding a service (some details have been censored due to data-privacy issues)

Buenas tardes Para el servicio [SERVICE] me gustaría además de lo indicado, me preguntaba si se podría quitar el background de los controles negativos (indicados en la carrera con los siguientes nombres [SAMPLES NAME]. He visto en la literatura que esto se puede hacer con Recentrifuge (https://sites.google.com/view/recentrifuge) que funciona por comandos. Esto lo que hace es sustraer los reads de los controles negativos a los reads de las muestras de pacientes. De todas formas me gustaría mejor hablarlo en persona con vosotros para explicar lo que queremos hacer en este análisis bioinformático. Gracias [REQUESTER NAME]