ErikaKvalem
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2 years ago Puede servir:
Para hacer frente a la pandemia de SARS-CoV-2 en su segundo año, en España se crea una red de laboratorios de referencia a nivel nacional, bajo el nombre de RELECOV. Esta red, coordinada por el Instituto de Salud Carlos III (ISCIII), tiene el objetivo de monitorizar la evolución viral y el efecto de las variantes a través de la secuenciación del genoma SARS-CoV-2 y las PCRs de diagnóstico realizadas en las respectivas Comunidades Autónomas (CCAA). Para cumplir con este objetivo, la red recibe fondos europeos provenientes del Centro Europeo para la Prevención y el Control de las Enfermedades (ECDC), dotando así a la red de infraestructura, recursos humanos y recursos materiales necesarios para incorporar la secuenciación genómica en todos los laboratorios y homogeneizar así las capacidades de la organización. La red engloba todas las fases de la secuenciación. Esta se inicia con la extracción de RNA, la realización de la RT-PCR y la preparación de las librerías en los distintos laboratorios de las CCAA. Posteriormente las muestras se secuencian usando diferentes plataformas (Illumina, Ion Torrent, Nanopore) y por últimos se pasa a la fase del análisis. Esta fase se desarrolla en servidores a nivel regional usando genomas de referencia o protocolos de llamada de variantes dependiendo del laboratorio. Para la asignación de los linajes se usan principalmente los softwares PANGO y PANGO LEARN. Los metadatos, los ficheros crudos y los consensos son compartidos a través de sftp con la Unidad de Bioinformática del ISCIII (BU-ISCIII) y subidos automáticamente a bases de datos públicas (ENA, GISAID). Debido a la heterogeneidad de todo este proceso el ISCIII se esfuerza en promover la estandarización de protocolos y métodos en el laboratorio y en el análisis bioinformático a través de controles de calidad y formación como el Programa Twinning. Todo esto con el fin último de crear procedimientos escalables, reproducibles y robustos que produzcan resultados de alta calidad. El fruto de todo este esfuerzo conjunto será culminado por el desarrollo de una plataforma web. Esta plataforma cumple una doble función; facilitar el acceso a usuarios de la red para la subida de datos genómicos y la visualización de análisis filogenéticos y filodinamicos del creciente número de secuencias que estarán siendo incluidas en las bases de datos. Permitiendo así la vigilancia genómica coordinada a nivel nacional con la participación de todos los laboratorios de la red de RELECOV.
En la reunión de ayer 06/04 Inma dijo que iba a responder al correo sobre la info de Wordpress. Nosotros empezamos a trabajar en ello.