您好，请问PeMS03.json文件应该怎么写呢？

[klayc-gzl]

从您提供的数据集里面下载的PeMS03只有上面这部分内容，但是下面这部分PeMS03.json没有，应该怎么写呢

[klayc-gzl]

或者说，请问如何将官网下载的PeMS03文件转换成您模型用到的原子文件呢

[aptx1231]

libcity下载的pems03直接就能用啊，配置复制一下pems04的就行了

[aptx1231]

下边的.json文件只是配置一些模型的参数，不同数据集用一样的就行

[klayc-gzl]

好的好的，谢谢您，主要是我这样使用以后发现就03的会出错，04，07，08都能运行，就在想会不会是这个文件的问题。

[aptx1231]

上个issue你关了 我以为你解决了。问题应该就是拉普拉斯矩阵计算的问题

[klayc-gzl]

好的好的，我再去debug一下，十分感谢！

[aptx1231]

你这个pems03在哪里下的？

[klayc-gzl]

就是您libcity提到那个Google drive里的PeMSD3

[klayc-gzl]

您好，我debug了一下发现就是isolated_point_num这个值计算有问题，其它三个数据集计算出来的结果都是0，但是PeMS03数据集计算出来是它的顶点个数358，如果我认为在将这个值赋值为0的话，代码是可以成功运行的。

[klayc-gzl]

这是否说明下载的PeMS03数据集没有读取到它顶点与顶点之间相连的关系，导致它们全是孤立的点呢？因为我查看PeMS03数据集中.rel文件发现它们的顶点id是有问题的，并不是顶点命名的数字

[aptx1231]

没看出来这个rel的问题，跟geo的id是对应的

[klayc-gzl]

不好意思，仔细观察了一下，确实是对应的，然后就不太明白是哪里出问题了

[aptx1231]

我知道了

pems03的config.json有一个配置是："weight_col": "distance",

但是，rel文件里边的列名是”cost"

这就导致读不到cost，导致邻接矩阵构造出错。

你把config.json里边的"weight_col": "cost", 就对了

[aptx1231]

{ "geo": { "including_types": [ "Point" ], "Point": {} }, "rel": { "including_types": [ "geo" ], "geo": { "distance": "num" } }, "dyna": { "including_types": [ "state" ], "state": { "entity_id": "geo_id", "traffic_flow": "num" } }, "info": { "data_col": [ "traffic_flow" ], "weight_col": "distance", "data_files": [ "PEMSD3" ], "geo_file": "PEMSD3", "rel_file": "PEMSD3", "output_dim": 1, "time_intervals": 300, "init_weight_inf_or_zero": "zero", "set_weight_link_or_dist": "link", "calculate_weight_adj": false, "weight_adj_epsilon": 0.1 } }

[aptx1231]

之前一直没说清楚，看到一个维度是0，我就猜到了是拉普拉斯矩阵这里的孤立点的问题。

因为我记得pems03本身就有孤立点，这个问题就是因为邻接矩阵构造错误导致孤立点本来只有几个，变成了全是孤立点，拉普莱斯向量就出错了。

[aptx1231]

这个排除孤立点是因为，有孤立点 不是满秩的话 应该前几个特征向量是0，所以选最小的k个特征向量的时候，排除了孤立点对应的前几个

[klayc-gzl]

好像原始文件里面，config.json和rel都是使用的distance，当时我也尝试过把这两个都改为cost，但是好像还是存在问题

[klayc-gzl]

数据集确实没有问题，我在libcity中用其它模型也是可以跑03数据集的

[aptx1231]

那也好处理，2个地方可能出现问题

（1）计算adj_mx：看这个代码计算出来的邻接矩阵对不对，是不是全0：https://github.com/BUAABIGSCity/PDFormer/blob/master/libcity/data/dataset/traffic_state_datatset.py#L105

（2）看根据邻接矩阵计算孤立点的代码对不对，为啥算出来全是孤立点：https://github.com/BUAABIGSCity/PDFormer/blob/master/libcity/executor/pdformer_executor.py#L50

不要改别的地方

[aptx1231]

你已经定位到孤立点的错误了。就看下孤立点的代码为啥错了就好了

[aptx1231]

大概率就是邻接矩阵是0矩阵，才会所有点都是孤立点

[klayc-gzl]

好的，谢谢您，我再去debug一下

[klayc-gzl]

确实是邻接矩阵全是0了

[aptx1231]

那就看邻接矩阵代码哪里错了，正常是rel里边有的就是1，其他是0

[klayc-gzl]

十分感谢您的耐心解答，我发现好像是这两个id标号有点问题，origin_id,destination_id。您在PDFormer中给出的代码好像是自动将id作为了行列标号，如果我将rel里的id改成0-357的话，其邻接矩阵就不再全为0了。

[aptx1231]

没看懂是啥错误，可以说详细点吗

发自我的iPhone

------------------ 原始邮件 ------------------ 发件人: kk @.> 发送时间: 2023年11月3日 17:16 收件人: BUAABIGSCity/PDFormer @.> 抄送: Jiawei Jiang @.>, Comment @.> 主题: Re: [BUAABIGSCity/PDFormer] 您好，请问PeMS03.json文件应该怎么写呢？ (Issue #27)

十分感谢您的耐心解答，我发现好像是这两个id标号有点问题，origin_id,destination_id。您在PDFormer中给出的代码好像是自动将id作为了行列标号，如果我将rel里的id改成0-357的话，其邻接矩阵就不再全为0了。

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[klayc-gzl]

就是您这部分代码中，self.geo_to_ind始终取的0-357的值，但是row[0]和row[1]的id不是0-357的，而是它的317842这种，所以就一直continue，导致邻接矩阵全是0了

[klayc-gzl]

您的self.geo_to_ind是根据geo那个文件获得的，它的id就是0-357.

[aptx1231]

Geo-to-idx，本身就是把原始id转换成0开始的id呀，这可能不是核心错误

发自我的iPhone

------------------ 原始邮件 ------------------ 发件人: kk @.> 发送时间: 2023年11月3日 17:41 收件人: BUAABIGSCity/PDFormer @.> 抄送: Jiawei Jiang @.>, Comment @.> 主题: Re: [BUAABIGSCity/PDFormer] 您好，请问PeMS03.json文件应该怎么写呢？ (Issue #27)

就是您这部分代码中，self.geo_to_ind始终取的0-357的值，但是row[0]和row[1]的id不是0-357的，而是它的317842这种，所以就一直continue，导致邻接矩阵全是0了

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[aptx1231]

你这个geo文件好像是错的。

他跟rel文件的id对不上

[aptx1231]

所以才有这个错误

[klayc-gzl]

阿这，原来是数据集没对应上。十分抱歉，耽误您这么多时间！再次感谢您地耐心解答。