[bugfix] max Int length handling

[martin-raden]

https://github.com/BackofenLab/IntaRNA-benchmark/blob/92ef979b51a05a2f140ca5a6b785f5e8e6fb440f/bin/calls.py#L70

mhh..

(1) EDs werden nur fürs target vorberechnet, sodass alle query sachen egal sind

(2) grundlegend sollte man das alles angeben dürfen (sprich nichts ist verboten.. )

einzig wichtig:

• check ob -tAcc angegeben und wenn ja =C, ansonsten warnung und weiterrechnen, weil der user sonst selbst ED files angibt!

(3) nur im ED-mode muss man sicherstellen, dass die vorberechneten EDs ausreichen bzw passen.

dazu:

• den ED ordner wie folgt benennen EDtarget-[tAccW]-[tAccL]-[tIntLenMax]

default werte =

• tAccW = 150
• tAccL = 100
• tIntLenMax = tAccW entsprechend überschreiben, wenn in den arguments angegeben (aufpassen: wenn nur tAccW gegeben oder tIntLenMax=0, ändert sich auch tIntLenMax auf den wert von tAccW)

dann kannst du über alle EDtarget-* folder iterieren und

• prüfen ob tAccW und tAccL gleich sind (wichtig für die Werte)
• prüfen ob der aktuelle tIntLenMax <= dem vorberechneten ist.

falls beides ja, damit rechnen

falls keiner passt: entsprechend vorberechnen und zusätzlichen ordner anlegen

sorry, dass das dann doch so kompliziert wird. :smile:

[martin-raden]

https://github.com/BackofenLab/IntaRNA-benchmark/blob/92ef979b51a05a2f140ca5a6b785f5e8e6fb440f/bin/calls.py#L182

nicht angeben!!! nur sicherstellen, dass accessibility parameter innerhalb der maximalen schranke liegen. ansonsten darf/muss das der user selbst einstellen!