reduce target sequences to mRNA

[martin-raden]

ping @s-will @RickGelhausen

schwierig, da gene als operons abgelesen werden. damit hat nicht jedes gen seine eigene5'UTR mRNA grenze.

transcription start site (TSS) data ist scheinbar immer noch nicht komplett

• 2009 https://www.nature.com/articles/nbt.1582
• 2015 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4288677/

und logischerweise condition dependent.

positiv genomschnipsel (für accessibility prediction) hat sinn, da idR operon viel weiter nach 5' reicht als der schnipsel lang ist.

negativ sehe keine gute möglichkeit (ohne sich auf einzelstudien/-daten und versionen festzulegen), da geeignete TSS und enstprechende schnipsel zu definieren.

[martin-raden]

hier ist noch ein paper, darin wird angegeben, dass nur ~17% aller TSS direkt upstream eines gens liegen (<300nt)

https://jb.asm.org/content/197/1/4