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任务挑战赛-【赛题解读】T1:Notebook插件可视化工具集成
#19
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yifanchen90
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1 year ago
yifanchen90
commented
1 year ago
背景介绍
Bio-OS开源创新大赛分为两种类型,分别为开发类和工具类,其中工具类赛题主要面向生信背景,对于本赛题来说,熟悉生信常用软件和工具,擅长python和R语言,可以尝试本赛题。好的工具除获得奖励之外还会被Bio-OS开源项目收录,为所有生信用户提供jupyter notebook中可以直接使用的交互式生信工具。
任务介绍
该赛题要求参赛团队基于Bio-OS提供的开源Notebook插件通过编写生信可视化工具的源代码及对应的工具所需要的参数文件,实现在jupyter Notebook插件中集成一个生信分析的工具。可视化工具需要是生物信息分析常用的工具类型,如火山图、韦恩图、circos图、聚类图等等,您也可以将您平时使用的任意工具集成进BioMate插件中。
提交内容
请将以下提交内容发送到邮箱: bioosopensource@163.com 1. 一个名称为"任务挑战-T1-队伍名称"的md或word文件 a. 对工具的自由介绍,内容包括工具介绍,参数配置介绍,使用方式介绍 b. 包含一个视频链接(如上传到B站或其他网站,附上链接,如视频不大也可以直接发送邮箱) 2. 将源代码提交到https://github.com/Bio-OS/bio-mate中 多个工具需对应bio_mate/plot-defs中多个目录,每个目录中应包含以下 - 工具源代码 - 工具的页面组件ui.json文件 - 工具的输入参数配置input.json文件 - 工具的示例数据 - 工具的示例图片 - 工具的元数据文件metadata
评分标准
1. 难度基础分(权重10%)
- T1:Notebook插件可视化工具集成 --难度基础分6分
- T2:实现工作流运行任务监控 -- 难度基础分8分
- T3:命令行工具实现Bio-OS Notebook使用 -- 难度基础分8分
- T4:Bio-OS流程规范扩展 -- 难度基础分 10分
2. 工具数量:工具的数量,数量越多,评分越高,超过4个工具后此项可得满分 (权重20%)
3. Demo效果:DEMO效果展示,Demo视频中可尽量展示完整的功能以及监控效果。(权重20%)
4. 代码实现:通过提交的源代码进行code review,将从代码质量、可维护性、可读性多个维度进行评分。(权重30%)
- 代码质量:是否正确的实现了预期功能和需求,是否处理了预期的错误情况并提供了清晰地错误消息和处理方式,是否考虑可配置参数
- 可维护性:是否易于修改和维护,包括代码的模块化程度、复用性,是否易于扩展
- 可读性:代码是否易于阅读和理解,包括变量名、函数名、注释等命名是否清晰,代码结构是否合理
5. 文档编写(20%)
- 内容准确性:是否准确、完整、清晰的表达了所需信息
- 文档可读性:文档的结构是否合理,逻辑清晰,是否易于阅读和理解,是否使用了恰当的图表和图片等
背景介绍
任务介绍
提交内容
请将以下提交内容发送到邮箱: bioosopensource@163.com 1. 一个名称为"任务挑战-T1-队伍名称"的md或word文件 a. 对工具的自由介绍,内容包括工具介绍,参数配置介绍,使用方式介绍 b. 包含一个视频链接(如上传到B站或其他网站,附上链接,如视频不大也可以直接发送邮箱) 2. 将源代码提交到https://github.com/Bio-OS/bio-mate中 多个工具需对应bio_mate/plot-defs中多个目录,每个目录中应包含以下 - 工具源代码 - 工具的页面组件ui.json文件 - 工具的输入参数配置input.json文件 - 工具的示例数据 - 工具的示例图片 - 工具的元数据文件metadata评分标准
1. 难度基础分(权重10%)- T1:Notebook插件可视化工具集成 --难度基础分6分
- T2:实现工作流运行任务监控 -- 难度基础分8分
- T3:命令行工具实现Bio-OS Notebook使用 -- 难度基础分8分
- T4:Bio-OS流程规范扩展 -- 难度基础分 10分
2. 工具数量:工具的数量,数量越多,评分越高,超过4个工具后此项可得满分 (权重20%)
3. Demo效果:DEMO效果展示,Demo视频中可尽量展示完整的功能以及监控效果。(权重20%)
4. 代码实现:通过提交的源代码进行code review,将从代码质量、可维护性、可读性多个维度进行评分。(权重30%)
- 代码质量:是否正确的实现了预期功能和需求,是否处理了预期的错误情况并提供了清晰地错误消息和处理方式,是否考虑可配置参数
- 可维护性:是否易于修改和维护,包括代码的模块化程度、复用性,是否易于扩展
- 可读性:代码是否易于阅读和理解,包括变量名、函数名、注释等命名是否清晰,代码结构是否合理
5. 文档编写(20%)
- 内容准确性:是否准确、完整、清晰的表达了所需信息
- 文档可读性:文档的结构是否合理,逻辑清晰,是否易于阅读和理解,是否使用了恰当的图表和图片等