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Bio-OS / bioos

Apache License 2.0
59 stars 16 forks source link

说明文档需要改进啊啊啊啊啊！！！！！！！ #51

Open wangshun1121 opened 12 months ago

wangshun1121 commented 12 months ago

Bio- OS的部署文档，讲到Cromwell安装 那里，提到了两种安装方式。

第一种通过helm安装，之后测试示例的CramToBam流程 就无法通过，该流程需要cromwell调用docker，但Cromwell的容器中没有docker。

那好，然后更换第二种jar包安装。但文档中只给出了jar包的配置文件，另外一个非常重要的东西，bioos-storage-pvc需要另外手工配置，然而文档里没有说明！希望文档中，按我下面回复的意思，把这段补充完整吧！

wangshun1121 commented 12 months ago

这里说一下手动部署 bioos-storage-pvc 的过程，亲测可行。

首先，撰写 bioos-storage-pvc.yaml 内容如下：

apiVersion: v1
kind: PersistentVolumeClaim
metadata:
  namespace: bioos
  name: bioos-storage-pvc
spec:
  storageClassName: nfs-csi
  accessModes:
    - ReadWriteMany
  resources:
    requests:
      storage: 50Gi

然后，用下面的命令，启动pvc：

kubectl apply -f bioos-storage-pvc.yaml

等到pvc启动成功，用下面的代码看看 pvc:

 kubectl get pvc -n bioos
image

之后，找到NAS上该pvc新生成的路径，将其挂载到工作节点上：

mkdir -p /nfs/bioos-storage
mount -t nfs -o rw,soft ${NAS_IP}:${NFS_PATH}/bioos-storage/pvc-****** /nfs/bioos-storage

工作机挂载点/nfs/bioos-storage对应的Cromwell配置文件application.conf中的文件存储路径。

之后，再依据后面的说明，依次安装cromwell的jar包盒bio-os。