Pick one gene between two close gene in distance matrix?

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Cancer prediction using DNA methylation

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Open Vghxv opened 3 months ago

Vghxv commented 3 months ago

discussed in discord

xzh0623 commented 3 months ago

針對這個問題我的看法是可能會出現在不同GO類別(BP、CC、MF)但具有相同功能的GO術語。所以雖然功能相同但類別不同還是會有些許差異，不應直接從中取一個。

xzh0623 commented 3 months ago

而在距離矩陣的部分，不應直接把相異基因為0的改為1，因為這樣會認為是兩個之間毫無相關，但事實上並非如此。反而比在相同GO類別具有不同功能的情況來的好，所以應該還是要保持原來為0的樣子。

Vghxv commented 2 months ago

不應直接把相異基因為0的改為1

沒有這樣做過吧