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BiodiversiteQuebec / bdqc_taxa

`BIOQC-taxa` is a python package that interface with *Biodiversité Québec*'s database to query reference taxa sources, parse their return and generate records.
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Remove fts5 #21

Closed BenMerSci closed 2 months ago

BenMerSci commented 2 months ago

J'ai enlevé les nouvelles fonctions exact pour vernacular et tout uniformisé à nouveau pour que taxa_ref et taxa_vernacular utilise les mêmes querys pour les custom_sources Bryoquel et CDPNQ.

Les query n'utilisent maintenant plus les tables fts5.

TLDR: Test use-case avec Rana initial a été modifié et tous les tests passent maintenant.

Use case pour les changements: le genre Rana: Initialement le genre Rana, via le pipeline taxa_ref matchait dans CDPNQ avec l'espèce Rana catesbeiana ce qui n'est pas bon puisqu'on ne veut pas que un rang spécifique match avec un autre rang). J'ai donc initialement créé un test qui échouait de façon volontaire pour effectuer les changements dans les fonctions qui allaient faire passer le test. Toutefois le test échouait encore parce que j'avais mal anticipé le nouveau comportement (j'ai par exemple mis un test assert.notEqual( rank = species), mais comme il n'y a maintenant aucun match après les changements un None était retourné et faisait échouer le test). Le test a donc été modifié pour qu'il passe (ainsi que tous les autres tests).

BenMerSci commented 2 months ago

@vincent-beauregard-ielab Bien vu. En effet, Insecta matchait avec Nardia insecta. Je vais implémenter un test de la même manière avec Insecta pour qu'il retourne None.