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关于get_pocket.py，是否提取口袋的包含相互作用 #16

Open JiangLab2020 opened 3 weeks ago

JiangLab2020 commented 3 weeks ago

我用get_pocket.py生成的口袋信息只包含了底物与口袋的信息，但不包含它们的相互作用信息，当我分析从您的zenodo下载的口袋时，发现它们都包含相互作用信息。请问，不包含相互作用信息，作为输入，会影响最终的结果吗？ 我用get_pocket.py生成的口袋是这样的 (<rdkit.Chem.rdchem.Mol object at 0x7b5b89184a90>, <rdkit.Chem.rdchem.Mol object at 0x7b5b891849f0>) 或者是这样的 (<rdkit.Chem.rdchem.Mol object at 0x7826fff79a90>, <rdkit.Chem.rdchem.Mol object at 0x7826fff799f0>, [], [])

下载的口袋是这样的 (<rdkit.Chem.rdchem.Mol object at 0x76c5657c4a40>, <rdkit.Chem.rdchem.Mol object at 0x76c5657c49a0>, [(5, 306), (24, 63), (36, 333), (1, 328), (16, 37), (1, 251), (26, 71), (12, 133), (3, 423), (1, 320), (19, 399), (7, 315), (36, 228), (34, 226), (27, 394), (1, 259), (5, 263), (33, 300), (26, 66), (10, 110), (5, 111), (9, 143)], ['Hydrophobic', 'Hydrophobic', 'Anionic', 'Hydrophobic', 'Hydrophobic', 'Hydrophobic', 'Hydrophobic', 'Hydrophobic', 'Hydrophobic', 'Hydrophobic', 'Hydrophobic', 'Hydrophobic', 'Anionic', 'Hydrophobic', 'Hydrophobic', 'Hydrophobic', 'PiStacking', 'Hydrophobic', 'Hydrophobic', 'Hydrophobic', 'PiStacking', 'Hydrophobic'])

CAODH commented 2 weeks ago

提取口袋的代码应该是没有提取了interaction的，他只是提供一个提取口袋的功能，您可以具体看一下utils/ifp_construct.py 代码和dataset.py 的interaction 计算流程。

JiangLab2020 commented 2 weeks ago

那我运行Screening.py，是用get_pocket.py的结果作为输入，还是要继续加入interaction

CAODH commented 1 week ago

@JiangLab2020 运行screening 的时候，会自动为您添加interactions; 代码和dataset.py 的args.test 参数打开后的计算流程。

JiangLab2020 commented 1 week ago

谢谢，就是运行完get_pocket.py就可以screening了？

CAODH commented 1 week ago

谢谢，就是运行完get_pocket.py就可以screening了？

是的，如果还有其他问题欢迎随时联系