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CDAT / cdms

8 stars 10 forks source link

cdms2 v3.1.2 install broken #315

Closed sterlingbaldwin closed 5 years ago

sterlingbaldwin commented 5 years ago

Describe the bug Trying to install v3.1.2 via conda pulls in 3.0 from pypi.

To Reproduce

conda install -c conda-forge cdms2=3.1.2 python=2

Expected behavior I get version 3.1.2, not 3.0

Screenshots or traceback

baldwin32@~/projects/e3sm_to_cmip[11:12:16] >> conda install -c conda-forge cdms2
Solving environment: done

## Package Plan ##

  environment location: /export/baldwin32/anaconda2

  added / updated specs:
    - cdms2

The following packages will be downloaded:

    package                    |            build
    ---------------------------|-----------------
    gdk-pixbuf-2.36.12         |    h49783d7_1002         592 KB  conda-forge
    matplotlib-2.2.2           |   py27hb69df0a_2         6.5 MB
    gtk2-2.24.31               |    hb68c50a_1001         7.3 MB  conda-forge
    pango-1.40.14              |    h4ea9474_1004         524 KB  conda-forge
    json-c-0.13.1              |    h14c3975_1001          71 KB  conda-forge
    h5py-2.9.0                 |nompi_py27hf008753_1102         1.1 MB  conda-forge
    openssl-1.0.2r             |       h14c3975_0         3.1 MB  conda-forge
    libspatialite-4.3.0a       |    hb5ec416_1026         3.1 MB  conda-forge
    libgdal-2.4.0              |    h982c1cc_1002        18.5 MB  conda-forge
    atk-2.25.90                |    hb9dd440_1002         430 KB  conda-forge
    cairo-1.16.0               |    ha4e643d_1000         1.5 MB  conda-forge
    conda-4.6.9                |           py27_0         888 KB  conda-forge
    harfbuzz-2.3.1             |       h6824563_0         1.5 MB  conda-forge
    proj4-5.2.0                |    h14c3975_1001         7.0 MB  conda-forge
    gstreamer-1.14.4           |    h66beb1c_1001         4.5 MB  conda-forge
    geotiff-1.4.3              |    h1105359_1000         1.1 MB  conda-forge
    qt-5.6.2                   |    hce4f676_1013        44.6 MB  conda-forge
    gsl-2.4                    |blas_openblash5c7cb9b_1004         2.5 MB  conda-forge
    gobject-introspection-1.56.1|py27h2da5eee_1002         1.3 MB  conda-forge
    pytables-3.4.4             |py27h5d69a80_1004         1.4 MB  conda-forge
    xerces-c-3.2.2             |    hac72e42_1001         3.3 MB  conda-forge
    gst-plugins-base-1.14.4    |    hdf3bae2_1001         6.7 MB  conda-forge
    hdfeos5-5.1.16             |       hccfc538_4         600 KB  conda-forge
    ncl-6.6.0                  |blas_openblashf43dec5_0        60.0 MB  conda-forge
    geos-3.7.1                 |    hf484d3e_1000         1.6 MB  conda-forge
    poppler-0.67.0             |       h2ad7f00_6         8.8 MB  conda-forge
    kealib-1.4.10              |    h1978553_1003         172 KB  conda-forge
    glib-2.58.3                |    hf63aee3_1001         3.3 MB  conda-forge
    pyqt-5.6.0                 |           py27_2         5.3 MB
    ------------------------------------------------------------
                                           Total:       197.3 MB

The following NEW packages will be INSTALLED:

    atk:                   2.25.90-hb9dd440_1002         conda-forge
    cdat_info:             8.1.1-py_2                    conda-forge
    cdms2:                 3.1.2-py27h6091dcd_7          conda-forge
    cdtime:                3.1.2-py27h6091dcd_1          conda-forge
    distarray:             2.12.2-py_1                   conda-forge
    esmpy:                 7.1.0-py27h24bf2e0_3          conda-forge
    future:                0.17.1-py27_1000              conda-forge
    g2clib:                1.6.0-hf3f1b0b_9              conda-forge
    gdk-pixbuf:            2.36.12-h49783d7_1002         conda-forge
    gobject-introspection: 1.56.1-py27h2da5eee_1002      conda-forge
    gtk2:                  2.24.31-hb68c50a_1001         conda-forge
    libcdms:               3.1.2-hcbdc9ef_1000           conda-forge
    libcf:                 1.0.2-py27h6e3784b_1006       conda-forge
    libdrs:                3.1.2-h6e3784b_1              conda-forge
    libdrs_f:              3.1.2-h750f5ca_1              conda-forge
    libgcc:                7.2.0-h69d50b8_2              conda-forge
    ossuuid:               1.6.2-hf484d3e_1000           conda-forge

The following packages will be UPDATED:

    ca-certificates:       2018.11.29-ha4d7672_0         conda-forge --> 2019.3.9-hecc5488_0            conda-forge
    cairo:                 1.14.12-h276e583_5            conda-forge --> 1.16.0-ha4e643d_1000           conda-forge
    certifi:               2018.11.29-py27_1000          conda-forge --> 2019.3.9-py27_0                conda-forge
    conda:                 4.5.11-py27_1000              conda-forge --> 4.6.9-py27_0                   conda-forge
    esmf:                  7.1.0r-h35eb876_3             conda-forge --> 7.1.0-hdfb41a0_1004            conda-forge
    geos:                  3.6.2-hfc679d8_4              conda-forge --> 3.7.1-hf484d3e_1000            conda-forge
    geotiff:               1.4.2-h700e5ad_5              conda-forge --> 1.4.3-h1105359_1000            conda-forge
    glib:                  2.56.2-h464dc38_1             conda-forge --> 2.58.3-hf63aee3_1001           conda-forge
    gsl:                   2.2.1-blas_openblashddceaf2_6 conda-forge [blas_openblas] --> 2.4-blas_openblash5c7cb9b_1004 conda-forge [blas_openblas]
    gst-plugins-base:      1.14.0-hbbd80ab_1                         --> 1.14.4-hdf3bae2_1001           conda-forge
    gstreamer:             1.14.0-hb453b48_1                         --> 1.14.4-h66beb1c_1001           conda-forge
    h5py:                  2.8.0-py27h097b052_4          conda-forge --> 2.9.0-nompi_py27hf008753_1102  conda-forge
    harfbuzz:              1.9.0-h04dbb29_1              conda-forge --> 2.3.1-h6824563_0               conda-forge
    hdf5:                  1.10.3-hc401514_2             conda-forge --> 1.10.4-nompi_h3c11f04_1106     conda-forge
    hdfeos5:               5.1.16-h7423906_3             conda-forge --> 5.1.16-hccfc538_4              conda-forge
    json-c:                0.12.1-h470a237_1             conda-forge --> 0.13.1-h14c3975_1001           conda-forge
    kealib:                1.4.10-hb88cf67_0             conda-forge --> 1.4.10-h1978553_1003           conda-forge
    libgcc-ng:             7.2.0-hdf63c60_3                          --> 8.2.0-hdf63c60_1
    libgdal:               2.2.4-h744ea89_10             conda-forge --> 2.4.0-h982c1cc_1002            conda-forge
    libnetcdf:             4.6.1-h9cd6fdc_11             conda-forge --> 4.6.2-hbdf4f91_1001            conda-forge
    libspatialite:         4.3.0a-hdfcc80b_23            conda-forge --> 4.3.0a-hb5ec416_1026           conda-forge
    libstdcxx-ng:          7.2.0-hdf63c60_3                          --> 8.2.0-hdf63c60_1
    ncl:                   6.5.0-blas_openblash04324b8_3 conda-forge [blas_openblas] --> 6.6.0-blas_openblashf43dec5_0  conda-forge [blas_openblas]
    netcdf-fortran:        4.4.4-h71ea97b_10             conda-forge --> 4.4.5-hea25ff8_1000            conda-forge
    openssl:               1.0.2p-h470a237_1             conda-forge --> 1.0.2r-h14c3975_0              conda-forge
    pango:                 1.40.14-he752989_2            conda-forge --> 1.40.14-h4ea9474_1004          conda-forge
    poppler:               0.67.0-hdf8a1b3_2             conda-forge --> 0.67.0-h2ad7f00_6              conda-forge
    proj4:                 4.9.3-h470a237_8              conda-forge --> 5.2.0-h14c3975_1001            conda-forge
    pytables:              3.4.4-py27h2392372_1          conda-forge --> 3.4.4-py27h5d69a80_1004        conda-forge
    xerces-c:              3.2.0-h5d6a6da_2              conda-forge --> 3.2.2-hac72e42_1001            conda-forge

The following packages will be DOWNGRADED:

    dbus:                  1.13.2-h714fa37_1                         --> 1.13.0-h4e0c4b3_1000           conda-forge
    matplotlib:            2.2.3-py27hb69df0a_0                      --> 2.2.2-py27hb69df0a_2
    pyqt:                  5.9.2-py27h751905a_0                      --> 5.6.0-py27_2
    qt:                    5.9.6-h52aff34_0                          --> 5.6.2-hce4f676_1013            conda-forge

Proceed ([y]/n)?

Downloading and Extracting Packages
gdk-pixbuf-2.36.12   | 592 KB    | ################################################################################################################################################################################################ | 100%
matplotlib-2.2.2     | 6.5 MB    | ################################################################################################################################################################################################ | 100%
gtk2-2.24.31         | 7.3 MB    | ################################################################################################################################################################################################ | 100%
pango-1.40.14        | 524 KB    | ################################################################################################################################################################################################ | 100%
json-c-0.13.1        | 71 KB     | ################################################################################################################################################################################################ | 100%
h5py-2.9.0           | 1.1 MB    | ################################################################################################################################################################################################ | 100%
openssl-1.0.2r       | 3.1 MB    | ################################################################################################################################################################################################ | 100%
libspatialite-4.3.0a | 3.1 MB    | ################################################################################################################################################################################################ | 100%
libgdal-2.4.0        | 18.5 MB   | ################################################################################################################################################################################################ | 100%
atk-2.25.90          | 430 KB    | ################################################################################################################################################################################################ | 100%
cairo-1.16.0         | 1.5 MB    | ################################################################################################################################################################################################ | 100%
conda-4.6.9          | 888 KB    | ################################################################################################################################################################################################ | 100%
harfbuzz-2.3.1       | 1.5 MB    | ################################################################################################################################################################################################ | 100%
proj4-5.2.0          | 7.0 MB    | ################################################################################################################################################################################################ | 100%
gstreamer-1.14.4     | 4.5 MB    | ################################################################################################################################################################################################ | 100%
geotiff-1.4.3        | 1.1 MB    | ################################################################################################################################################################################################ | 100%
qt-5.6.2             | 44.6 MB   | ################################################################################################################################################################################################ | 100%
gsl-2.4              | 2.5 MB    | ################################################################################################################################################################################################ | 100%
gobject-introspectio | 1.3 MB    | ################################################################################################################################################################################################ | 100%
pytables-3.4.4       | 1.4 MB    | ################################################################################################################################################################################################ | 100%
xerces-c-3.2.2       | 3.3 MB    | ################################################################################################################################################################################################ | 100%
gst-plugins-base-1.1 | 6.7 MB    | ################################################################################################################################################################################################ | 100%
hdfeos5-5.1.16       | 600 KB    | ################################################################################################################################################################################################ | 100%
ncl-6.6.0            | 60.0 MB   | ################################################################################################################################################################################################ | 100%
geos-3.7.1           | 1.6 MB    | ################################################################################################################################################################################################ | 100%
poppler-0.67.0       | 8.8 MB    | ################################################################################################################################################################################################ | 100%
kealib-1.4.10        | 172 KB    | ################################################################################################################################################################################################ | 100%
glib-2.58.3          | 3.3 MB    | ################################################################################################################################################################################################ | 100%
pyqt-5.6.0           | 5.3 MB    | ################################################################################################################################################################################################ | 100%
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: | dbus post-link :: /etc/machine-id not found ..
dbus post-link :: .. using /proc/sys/kernel/random/boot_id

done
baldwin32@~/projects/e3sm_to_cmip[11:20:16] >> conda list cdms2
# packages in environment at /export/baldwin32/anaconda2:
#
# Name                    Version                   Build  Channel
cdms2                     3.0.0                    pypi_0    pypi

Desktop (please complete the following information): linux redhat 6

Environment Information

`conda info`

``` ```

`conda config --show-sources`

``` ```

`conda list --show-channel-urls`

``` ```

Additional context

This worked yesterday. Ive tested it on two different systems, and had another user try as well. Same behavior observed everywhere. Note that in the "NEW PACKAGES INSTALLED" section conda reports its installing the correct version, but after it finishes the wrong old version is there, and its from pypi.

zshaheen commented 5 years ago

According to @doutriaux1, for one reason or another, the latest version of cdms shows the version as 3.0.0 under conda list cdms. I believe it's b/c the version in setup.py wasn't updated.

dnadeau4 commented 5 years ago

@zshaheen normally conda-forge uses the meta.yaml file to get the version but it seems that conda 4.6.x now uses setup.py.

Conda build runs setup.py which install 3 packages cdms2, MV2 and regrid2 instead of 1 package normally and conda create a pypi version from setup.py due to that (it seems).

I have updated setup.py to match the version of meta.yaml in the nightly channel. We don't want to change all the yaml file for cdat 8.1 at this point, so we will wait for a patch release to update the cdms2 version. Charles mentioned that he would like to separated cdms2 and regrid2 which mean that we will have to maintain another conda-forge repository. I would like to find another solution, but we might not have choice....

dnadeau4 commented 5 years ago

@sterlingbaldwin I will close this issue since cdms2 is not broken. That will be fix in the next release.