[MODULO] manta - Githubissues

CIBERER / GdTBioinfo-nf-cnvs

Pipeline in nextflow to detect structural variants developed at CIBERER

MIT License

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[MODULO] manta #21

Open yocra3 opened 3 years ago

yocra3 commented 3 years ago

Descripción del programa

Implementar software para variantes estructurales manta (https://github.com/Illumina/manta).

Parámetros

--runDir: carpeta donde se ejecutará el programa. Hay que definirla con path relativo para permitir la ejecución dentro del contenedor.

Inputs

tupla id, bam, bai (Alineamiento por muestra)
tupla fasta, fai (Fasta de referencia más índice)

Outputs

tupla id, vcf (x cada vcf) manta genera varios archivos vcfs. Hay que emitir cada uno de ellos en un canal separado!