[SUBWORKFLOW] FPS - Githubissues

CIBERER / GdTBioinfo-nf-cnvs

Pipeline in nextflow to detect structural variants developed at CIBERER

MIT License

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[SUBWORKFLOW] FPS #27

Closed yocra3 closed 6 months ago

yocra3 commented 3 years ago

Descripción del subworkflow

Implementar el pipeline para detectar variantes estructurales de la FPS

Módulos de variant calling:

RUN_MANTA (#36)
RUN_GRIDSS (#39 )
RUN_EXOMEDEPTH (#32 )
RUN_CODEX2 (#42 )

Estos módulos se aplicarán todos a los archivos bam de input.

Inputs

tupla id, batch, bam, bai
bed file (regiones de captura)
tupla fasta, fai (Fasta de referencia más índice)
Lista archivos índice del alineador

Outputs

Devolver el output de cada módulo en un canal