Implementar un script de python para transformar el output de los diferentes métodos de variant calling de CNVs a un output común. El output común se propone que esté delimitado por tabuladores (.tsv) y que tenga las siguientes columnas:
chromosome
start
end
type (DEL o DUP)
score
label (id de la muestra)
ncopies (opcional)
method (método usado para el variant calling)
NOTA: La idea es implementar un único script que contenga el código para transformar el output de cualquier método a este output común. No obstante, se creará un issue para cada uno de los posibles inputs del script. Este issue se puede cerrar cuando haya se implemente un script que transforme al menos uno de los inputs:
Descripción del programa
Implementar un script de python para transformar el output de los diferentes métodos de variant calling de CNVs a un output común. El output común se propone que esté delimitado por tabuladores (
.tsv) y que tenga las siguientes columnas:NOTA: La idea es implementar un único script que contenga el código para transformar el output de cualquier método a este output común. No obstante, se creará un issue para cada uno de los posibles inputs del script. Este issue se puede cerrar cuando haya se implemente un script que transforme al menos uno de los inputs:
Parámetros
Ninguno
Inputs
Outputs