[SUBWORKFLOW] RUN_CODEX2 - Githubissues

CIBERER / GdTBioinfo-nf-cnvs

Pipeline in nextflow to detect structural variants developed at CIBERER

MIT License

2 stars 1 forks source link

[SUBWORKFLOW] RUN_CODEX2 #42

Open yocra3 opened 3 years ago

yocra3 commented 3 years ago

Descripción del subworkflow

Subworkflow para correr el análisis de CODEX2 y generar el output estándard.

R/CODEX2 (#23 )
filtro CNVs (#40 )
Transformar a formato común (#41 , #29)

Inputs

Tupla id, bam, bai
bed file (Regiones del WES)

Outputs

Un canal con el output de cada paso