todo deadline 15. Mars 2022 (email from Siri)

[BjarteAAGNES]

[From:]() Siri Larønningen <sla@kreftregisteret.no> 
Sent: torsdag 24. februar 2022 18:06
To: Bjarte Aagnes <baa@kreftregisteret.no>
Subject: Oppdatere overlevelsesanalysene med tre nye entiteter

Hei Bjarte

Som nevnt tidligere: det er tre nye entiteter vi ønsker overlevelsesanalyser for. Det er 227: vulva, 105: anal og 400: Leukemier. 

227 har vært inkludert i insidens, mortalitet og prevalens en stund, men jeg har endret fra «nei» til «ja» for denne i denne tabellen: https://elvis.kreftregisteret.no/tables/view/6

Entitet 105 og 400 er nye i Nordcan. De blir nå satt i preprosesseringen i nordcan.R og er inkludert i output-filene for mortalitet, insidens og prevalens. Jeg har inkludert disse i tabellen over også. 

Vi har også fjernet en del entiteter (mellom 431 og 499). Jeg tror ikke vi har hatt survival-analyser for disse tidligere, men husker ikke helt. Du kan jo dobbeltsjekke. De er fjernet fra tabellen over også. 

Dette er de eneste tre oppgavene jeg trenger at du prioriterer for Nordcan denne våren, og jeg ønsker å få sendt ut ny versjon av nordcan.R før 1. april, så hvis du kan legge til dette før 15. mars hadde det vært fint. Jeg forsto på deg som at det ikke var noen stor jobb. 

Her er oppgavene i GitHub: 
https://github.com/CancerRegistryOfNorway/nordcansurvival/issues/40
https://github.com/CancerRegistryOfNorway/nordcansurvival/issues/41
https://github.com/CancerRegistryOfNorway/nordcansurvival/issues/43

Mvh
Siri

[BjarteAAGNES]

version 17

log using NC_survival_entity_table.log , text

clear

local URL https://raw.githubusercontent.com/CancerRegistryOfNorway/NORDCAN/master/specifications/entity_usage_info.csv

insheet using "`URL'", delim(";")
isid entity
assert inlist(survival, "false", "true")
keep if survival == "true" 
assert incidenceprevalence == "true"
assert mortality == "true"
drop incidenceprevalence mortality
compress
gen str3 entity_str = string(entity,"%03.0f")
assert !mi(entity_str)
tempfile entity_usage_info
sort entity
save "`entity_usage_info'"

import excel using "C:\Users\baa\Downloads\Entitet [Sykdomstilfelle].xlsx" , clear firstrow  
gen str3 entity_str = string(real(value_code), "%03.0f")
keep entity_str description_en
isid entity_str
assert !mi(entity_str)
merge 1:1 entity_str using "`entity_usage_info'" , assert(master match)  

list description_en if _merge == 1
drop if _merge == 1
drop _merge

merge 1:1 entity_str using "C:\Users\baa\Downloads\NC_survival_entity_table.dta" , assert(master match)

assert inlist(entity,105, 227, 400) if _merge == 1

drop _merge survival

order entity entity_str description_en 
compress
sort entity
isid entity

datasignature set

save "NC_survival_entity_table.dta" , replace

log close