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CharlesJB / Stage_Louis_2016

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CreateDesign issue #16

Closed louisgendron26 closed 8 years ago

louisgendron26 commented 8 years ago

Bug report. en generant l'objet brca <- fuzzysearch("brca",encode_df) on tente de generer un design des fichiers de format bigbed : brcaDesign <- createDesign(brca, encode_df, fileFormat=c("bigBed"))

Les lignes 103-104 (de ma version) causent l'erreur

CharlesJB commented 8 years ago

Tous les fichiers de ChIP-Seq qui résultent du peak calling ou d'une étape d'analyse subséquente n'ont plus besoin du contrôle car il n'est plus nécessaire. On pourrait régler le problème de la manière suivante:

  get_ctrl_design <- function(dt) {
    File <- clean_df[dataset == dt$ctrl, href]
    if (length(File) > 0) {
      data.table(File = File, Experiment = dt$replicates,
               Value = ID[2])
    } else {
      data.table(File = character(), Experiment = character(), Value = numeric())
    }   
  }