produce_deliverables: un modèle par comparaison

[CharlesJB]

Exemple:

de_analysis <- function(current_contrast, filenames, current_formula, current_design) {
    current_design <- filter(current_design, group %in% c(current_contrast[2], current_contrast[3]))
    current_filenames <- filenames[names(filenames) %in% current_design$sample]
    current_txi <- produce_txi(files = current_filenames, anno = "ref/Hs.Ensembl104.csv", ignoreTxVersion = TRUE)
    current_de <- mclapply(current_txi, function(x) deseq2_analysis(x, current_design, current_formula), mc.cores = 2)
    current_res <- mclapply(names(current_de), function(x) format_de(current_de[[x]], current_txi[[x]], current_contrast), mc.cores = 2)
    names(current_res) <- names(current_de)
    rbind(current_res$tx, current_res$genes)
}

[CharlesJB]

Adapter produce_de pour être similaire.

[CharlesJB]

• [ ] Il faudrait que ça soit paramétrable. Soit l'approche classique (un modèle pour toutes les comparaisons) et la nouvelle approche (par défaut; un modèle par comparaison).