关于data文件下面缺少文件的疑问

[sjtuyf]

您好，针对您发布的代码，我有一些疑问，需要您帮忙解答一下。

1，针对人相关蛋白的功能预测中，Validation.py 代码中line19的seqSet.csv和line90的selected_9606_protein_scores.csv不在data文件夹下面。

Validation.py中 line19: Seqfile_name = 'data/seqSet.csv' line90: ppi_file = 'PPI_data/selected_9606_protein_scores.csv'

2，针对酵母相关蛋白的功能预测中，yeast_validation.py 代码中line90的selected_4932_protein_scores.csv不在data文件夹下面。

yeast_validation.py中 line90: ppi_file = 'PPI_data/selected_4932_protein_scores.csv'

3，针对人相关蛋白的功能预测中，Validation.py 中调用的line55的protVec_dict.npy和line56的prot_kmerWord_dict.npy，这两个文件生成的原始代码和上面两个问题中缺少的文件能我发我一份吗？我想学习一下。

 我的邮箱：sjtuyf@sjtu.edu.cn，谢谢您！

[Charrick]

非常感谢您的提醒！ 所缺少的数据文件已经在GitHub仓库中更新 Validation.py 中调用的line55的protVec_dict.npy文件，是根据SDN2GO论文中所引用的BioVec所发布的ProtVec-100d-3grams table（ http://dx.doi.org/10.7910/DVN/JMFHTN.）生成的，下载原始数据文件，通过简单编码就可生成。 prot_kmerWord_dict.npy已经不再使用。

------------------ 原始邮件 ------------------ 发件人: "Charrick/SDN2GO" <notifications@github.com>; 发送时间: 2020年7月9日(星期四) 晚上10:13 收件人: "Charrick/SDN2GO"<SDN2GO@noreply.github.com>; 抄送: "Subscribed"<subscribed@noreply.github.com>; 主题: [Charrick/SDN2GO] 关于data文件下面缺少文件的疑问 (#1)

您好，针对您发布的代码，我有一些疑问，需要您帮忙解答一下。 1，针对人相关蛋白的功能预测中，Validation.py 代码中line19的seqSet.csv和line90的selected_9606_protein_scores.csv不在data文件夹下面。
Validation.py中 line19: Seqfile_name = 'data/seqSet.csv' line90: ppi_file = 'PPI_data/selected_9606_protein_scores.csv' 2，针对酵母相关蛋白的功能预测中，yeast_validation.py 代码中line90的selected_4932_protein_scores.csv不在data文件夹下面。
yeast_validation.py中 line90: ppi_file = 'PPI_data/selected_4932_protein_scores.csv' 3，针对人相关蛋白的功能预测中，Validation.py 中调用的line55的protVec_dict.npy和line56的prot_kmerWord_dict.npy，这两个文件生成的原始代码和上面两个问题中缺少的文件能我发我一份吗？我想学习一下。 我的邮箱：sjtuyf@sjtu.edu.cn，谢谢您！
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[sjtuyf]

您好，非常感谢您的回复。但我刚才重新看github上的文件，仍没有那几个文件，最近更新的是2个月前的，还是我再等等？

[Charrick]

正在上传稍等

------------------ 原始邮件 ------------------ 发件人: "Charrick/SDN2GO" <notifications@github.com>; 发送时间: 2020年7月9日(星期四) 晚上11:17 收件人: "Charrick/SDN2GO"<SDN2GO@noreply.github.com>; 抄送: "黑曼巴"<1015422359@qq.com>;"Comment"<comment@noreply.github.com>; 主题: Re: [Charrick/SDN2GO] 关于data文件下面缺少文件的疑问 (#1)

您好，非常感谢您的回复。但我刚才重新看github上的文件，仍没有那几个文件，最近更新的是2个月前的，还是我再等等？

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[sjtuyf]

看到更新了，谢谢！

[sjtuyf]

您好，我重新运行了Validation.py文件，还是报错。提示缺少“3_mers_base.csv”这个文件，并且，也缺少“data.human.benchmark.list”这个文件。因此，能麻烦您将这两个文件发我吗？能确保Validation.py代码正常运行即可。

因为我的课题和功能预测的相关，看到您的文章和代码，是很好的学习资料，这才向您求助，希望您能理解，再次感谢！

[Charrick]

已更新

------------------ 原始邮件 ------------------ 发件人: "Charrick/SDN2GO" <notifications@github.com>; 发送时间: 2020年7月13日(星期一) 下午4:47 收件人: "Charrick/SDN2GO"<SDN2GO@noreply.github.com>; 抄送: "黑曼巴"<1015422359@qq.com>;"Comment"<comment@noreply.github.com>; 主题: Re: [Charrick/SDN2GO] 关于data文件下面缺少文件的疑问 (#1)

您好，我重新运行了Validation.py文件，还是报错。提示缺少“3_mers_base.csv”这个文件，并且，也缺少“data.human.benchmark.list”这个文件。因此，能麻烦您将这两个文件发我吗？能确保Validation.py代码正常运行即可。

因为我的课题和功能预测的相关，看到您的文章和代码，是很好的学习资料，这才向您求助，希望您能理解，再次感谢！

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[sjtuyf]

收到，我再运行一下，感谢！

[sjtuyf]

您好，再次打扰您了，使用您上次更新的一些文件，我已经能运行Validation.py文件一段时间了，但今天在运行到“MF Weight_model start”这个地方时，又报错了，提示这一步缺少文件，下面是报错信息： FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: 'data/MF_maskmatrix.csv'

我看了Validation.py后面的脚本和yeast_validation.py的脚本，还是有些文件缺失，因此，能再次麻烦您把这些缺少的文件，上传一下么？谢谢，真的很麻烦您了！

具体缺少的文件为： human的Validation.py代码中用到的： line327的 'data/{}_maskmatrix.csv' line386的 'data/{}_random_index.csv'

yeast_validation.py 代码中用到的： line21 Benchmark_list = open('data.human.benchmark.list', 'r') （用的这个文件和human中的文件一样不？） line198 GOfilename = 'data/humanProteinGO.csv' 'data/humanProteinGO.csv' （用的这个文件和human中的文件一样不？） line332 'data/yeast{}maskmatrix.csv'.format(func)).cuda() line333 'data/yeast{}_maskmatrixout.csv'.format(func)).cuda() line392 ('data/yeast{}_random_index.csv'.format(term_arg), 'r')

还有yeast脚本中用到的“3_mers_base.csv”文件和human脚本中用的这个文件一样不？

我的问题有点多，真的麻烦您了。 期待收到您的回复，再次感谢！

[sjtuyf]

您好，打扰您了，我在运行Validation.py的时候，命令报错。 FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: 'data/MF_maskmatrix.csv'

提示data文件夹下面缺少MF_maskmatrix.csv，BP_maskmatrix.csv和CC_maskmatrix.csv这3个文件，因此，能麻烦您将这3个文件重新上传一下吗？谢谢，打扰您了！

[Charrick]

你好，我这周在深圳出差，没带有数据的电脑，后天我回去后才能发给您。

---原始邮件--- 发件人: "sjtuyf"<notifications@github.com> 发送时间: 2020年7月27日(周一) 上午10:11 收件人: "Charrick/SDN2GO"<SDN2GO@noreply.github.com>; 抄送: "Comment"<comment@noreply.github.com>;"Charrick"<1015422359@qq.com>; 主题: Re: [Charrick/SDN2GO] 关于data文件下面缺少文件的疑问 (#1)

您好，打扰您了，我在运行Validation.py的时候，命令报错。 FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: 'data/MF_maskmatrix.csv'

提示data文件夹下面缺少MF_maskmatrix.csv，BP_maskmatrix.csv和CC_maskmatrix.csv这3个文件，因此，能麻烦您将这3个文件重新上传一下吗？谢谢，打扰您了！

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[sjtuyf]

好的，麻烦您了，太感谢了！