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ChiLiubio / meconetcomp

Compare microbial co-occurrence networks based on the trans_network class of microeco package
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trans_abund$new可否应用于两个组三个时间点? #4

Open finally-jay opened 11 months ago

finally-jay commented 11 months ago

老师您好!

t1 <- trans_abund$new(dataset = meco_dataset, taxrank = taxrank, ntaxa = 10, groupmean = "Visit") 我正在使用trans_abund$new作图展示不同属随着时间的变化;

想请教您一些在coding方面的建议:

我有两个组, 三个时间点, 我现在是将两个组分别subset出来再画图, 但是legend就会变化, 不太好进行两个组的比较分析, 怎样能够将两个组展示在同一个图中, 或是类似facet_warp 那样进行分层展示,或是能否固定legend?

谢谢您!

ChiLiubio commented 11 months ago

您好， 因为丰度展示通常有多个类群，所以不太好加入不同组别。分开做是一个不错的方式，可以固定下legend。最简单的方式是 使用 参数 input_taxaname 选择需要的类群。下面是个例子。

library(microeco)
t1 <- trans_abund$new(dataset = dataset, taxrank = "Phylum", input_taxaname = c("Chloroflexi", "Proteobacteria"))
t1$plot_bar()