ChiLiubio / microeco

An R package for data analysis in microbial community ecology
GNU General Public License v3.0
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网络分析中无法成功运行CPU多线程 #286

Closed purplesoil closed 8 months ago

purplesoil commented 8 months ago

作者您好,microeco包是一个非常优秀的包。 但是我在运行该包的trans_network时候,遇到了一个问题。 我的CPU是14700K,最高支持28个线程。但是在运行下面这行代码时,CPU占用很低,仅有2-3个线程在工作。 t1 <- trans_network$new(dataset = dataset, cor_method = "sparcc", use_sparcc_method = "SpiecEasi", taxa_level = "OTU", filter_thres = 0.0001, nThreads = 28, SparCC_simu_num = 100) After filtering, 1276 features are remained ... 到目前为止已经运行将近9个小时了,依旧没有结果。所以想请问一下作者,能否提供一些建议。非常感谢。

ChiLiubio commented 8 months ago

您好,这个方法确实慢,特别是数据集较大的时候,估计还是底层优化的不够好。