Adjust to new csv input file

[mayabrandi]

Jesper is developing a new NIPT pipeline and the NIPT viewer needs to be adjusted to the new output csv.

[mayabrandi]

Anteckningar från möte med Agne och Jesper

Hur hantera att vi inte har någon NCV_Y data?

• [x] Plott NCVXY: FFY mot FFX - ta bort gränserna.

• [x] Plott NCVXY: (Om det inte är krångligt byt pol på x axeln.)

• [x] Plott FF: lägg in FF mot FFY i en plott

• [x] Plott FF: lägg in FF mot FFX i en annan plott.

• [x] Coverage (CHR 1-22) byt namn till ratio

• [x] NCV tabellen: ta bort NCVY

• [x] NCV tabellen: lägg till FFX och FFY - ignorera varningar.

• [x] NCV tabellen: lägg till kolumn CNVSegment - om det står Found

• [ ] NCV tabellen - CNVSegment: lägg in en läk till filen med segmental calls.

• [x] XY-plot på provnivå kan ryka. 121821 kan finnas kvar

• [x] QC- fliken. ta bort alla gränsvärden.

hur hantera de nya kolumnerna index1, index2, indexID1 och indexID2?

• bort med gamla index. In med nya.

[henrikstranneheim]

@mayabrandi If this is done - is it okey to close?

[mayabrandi]

Yes. Ill close it