Open talnor opened 1 year ago
Some notes after discussion with AL
For more information, there is a complete description of information that is required (for accreditation) in the delivery report in atlas.
Suggestion:
Laboratoriet har inte haft ansvar för provtagningsstadiet och extraktion, resultaten gäller för provet såsom det har mottagits. Sekvensering på Illumina plattformen kan ge svårigheter att korrekt återge genomsekvenser i GC-rika regioner samt regioner med långa mononukleidsekvenser. Tillförlitligheten hos resultaten förutsätter att informationen som bifogats från kund är korrekt, att proverna uppnår de fördefinierade tröskelvärdena, samt att de organismer som analyseras har tidigare manuellt verifierats av personal på Clinical Genomics. Samtliga kvalitetsparametrar är beroende av valet av referensgenom som bör vara likartad provet.
Mikrobiell helgenomssekvensering. Preparerat med Nextera library preparation och sekvenserat med NovaSeqX, paired-end 150 bp, med minst 3 miljoner läspar.
Laboratoriet har inte haft ansvar för provtagningsstadiet och extraktion, resultaten gäller för provet såsom det har mottagits. Sekvensering på Illumina plattformen kan ge svårigheter att korrekt återge genomsekvenser i GC-rika regioner samt regioner med långa mononukleidsekvenser. Den bakteriella typningen begränsas av den information som vid analys återfinns i de publikt tillgängliga databaserna pubMLST och resFinder. Tillförlitligheten hos resultaten förutsätter att informationen som bifogats från kund är korrekt, att proverna uppnår de fördefinierade tröskelvärdena, samt att de organismer som analyseras har tidigare manuellt verifierats av personal på Clinical Genomics.
Mikrobiell helgenomssekvensering. Preparerat med Nextera library preparation och sekvenserat med NovaSeqX, paired-end 150 bp, med minst 3 miljoner läspar.
Looks great @talnor! I think we can revise the 'paired-end 2*150bp' to 'paired-end 150 bp'
Looks great @talnor! I think we can revise the 'paired-end 2*150bp' to 'paired-end 150 bp'
Good suggestion! Makes it more clear. Fixed above.
Is your feature request related to a problem? Please describe.
Analytical limitations is sparsely described in the microSALT report.
Current descriptions are included below.
The descriptions should e.g. include the following:
Describe the solution you'd like Improve descriptions according to SWEDAC requirements.
Analysen kan enbart beställas av gruppen Klinisk Mikrobiologi.
Additional context
Limitations in QC-report:
Limitations in typing report:
Technical Description