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CompPhysVienna / n2p2

n2p2 - A Neural Network Potential Package
https://compphysvienna.github.io/n2p2/
GNU General Public License v3.0
214 stars 81 forks source link

difficulty to compile interface to LAMMPS (version 3 Nov 2022) #181

Open afalaize opened 1 year ago

afalaize commented 1 year ago

Hi, We currently face some difficulties to compile LAMMPS with interface to nnp. We followed the instructions provided here and could successfully compile the nnp library. But the compilation of lammps fails with the following error:

make mode=lib mpi -j
Gathering installed package information (may take a little while)
make[1] : on entre dans le répertoire « /home/user/src/lammps_with_nnp/src »
make[1]: « lmpinstalledpkgs.h » est à jour.
Gathering git version information
make[1] : on quitte le répertoire « /home/user/src/lammps_with_nnp/src »
Compiling LAMMPS for machine mpi
make[1] : on entre dans le répertoire « /home/user/src/lammps_with_nnp/src/Obj_mpi »
make[1] : on quitte le répertoire « /home/user/src/lammps_with_nnp/src/Obj_mpi »
make -j mode=static mpi
make[1] : on entre dans le répertoire « /home/user/src/lammps_with_nnp/src »
Gathering installed package information (may take a little while)
make[2] : on entre dans le répertoire « /home/user/src/lammps_with_nnp/src »
make[2]: « lmpinstalledpkgs.h » est à jour.
Gathering git version information
make[2] : on quitte le répertoire « /home/user/src/lammps_with_nnp/src »
Compiling LAMMPS for machine mpi
make[2] : on entre dans le répertoire « /home/user/src/lammps_with_nnp/src/Obj_mpi »
make[2] : on quitte le répertoire « /home/user/src/lammps_with_nnp/src/Obj_mpi »
make[2] : on entre dans le répertoire « /home/user/src/lammps_with_nnp/src/Obj_mpi »
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../pair_nnp.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../domain.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../compute_improper.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../read_data.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../fix_enforce2d.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../utils.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../dump_custom.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../pair_lj_cut_coul_cut.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../fix_evaporate.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../compute_pe.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../imbalance_group.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../nstencil.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../npair_skip_size.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../npair_half_size_multi_old_newton_tri.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../molecule.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../compute_heat_flux.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../pair_zbl.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../nstencil_half_multi_old_3d_tri.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../error.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../ntopo_bond_partial.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../nstencil_full_ghost_bin_2d.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../comm_brick.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../compute_fragment_atom.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../body.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../ntopo_improper_partial.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../region_cone.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../npair_half_nsq_newtoff_ghost.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../delete_atoms.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../npair_half_bin_newtoff.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../compute_com_chunk.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../math_eigen.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../hashlittle.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../min_linesearch.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../nstencil_half_multi_2d_tri.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../nbin_multi.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../fix_press_berendsen.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../fix_efield.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../fix_print.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../arg_info.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../ntopo_bond_template.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../ntopo_dihedral_template.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../fix_pair.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../compute_pressure.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../dump_movie.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../compute_reduce_chunk.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../fix_nvt_sllod.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../ntopo_dihedral_all.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../ntopo_improper_template.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../comm_tiled.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../compute_property_local.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../improper.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../pair_lj_cut.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../force.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../compute_ke.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../pair_soft.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../nstencil_full_multi_3d.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../library.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../fix_spring_self.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../pair_hybrid.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../angle_hybrid.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../compute_angle.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../npair_halffull_newton_trim.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../fix_dummy.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../balance.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../compute_pe_atom.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../npair_skip_size_off2on.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../min_hftn.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../compute_temp_sphere.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../pair_zero.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../compute_temp_region.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../angle_zero.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../fix_wall_harmonic.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../atom_vec.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../bond_hybrid.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../compute_stress_atom.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../fix_respa.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../platform.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../nstencil_full_bin_2d.cpp
mpicxx -g -O3 -std=c++11  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64   -I../../lib/nnp/include  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1     -c ../npair_half_size_bin_newton.cpp
../pair_nnp.cpp: Dans la fonction membre « virtual void LAMMPS_NS::PairNNP::init_style() »:
../pair_nnp.cpp:207:33: error: « int LAMMPS_NS::NeighRequest::pair » est protégé dans ce contexte
   neighbor->requests[irequest]->pair = 1;
                                 ^~~~
In file included from ../pair_nnp.cpp:14:
../neigh_request.h:45:7: note: déclaré protégé ici
   int pair;    // pair is set by default
       ^~~~
../pair_nnp.cpp:208:33: error: « int LAMMPS_NS::NeighRequest::half » est protégé dans ce contexte
   neighbor->requests[irequest]->half = 0;
                                 ^~~~
In file included from ../pair_nnp.cpp:14:
../neigh_request.h:54:7: note: déclaré protégé ici
   int half;    // half neigh list (set by default)
       ^~~~
../pair_nnp.cpp:209:33: error: « int LAMMPS_NS::NeighRequest::full » est protégé dans ce contexte
   neighbor->requests[irequest]->full = 1;
                                 ^~~~
In file included from ../pair_nnp.cpp:14:
../neigh_request.h:55:7: note: déclaré protégé ici
   int full;    // full neigh list
       ^~~~
make[2]: *** [pair_nnp.o] Erreur 1
make[2]: *** Attente des tâches non terminées....
make[2] : on quitte le répertoire « /home/user/src/lammps_with_nnp/src/Obj_mpi »
make[1]: *** [mpi] Erreur 2
make[1] : on quitte le répertoire « /home/user/src/lammps_with_nnp/src »
make: *** [mpi] Erreur 2

Is there anything we can do on our side?

Best

Antoine Falaize

afalaize commented 1 year ago

also, with LAMMPS version 29 oct 2020, we have several undefined symbols:

#make mpi -j
Gathering installed package information (may take a little while)
make[1] : on entre dans le répertoire « /home/user/src/lammps_with_nnp_v2020/src »
make[1]: « lmpinstalledpkgs.h » est à jour.
Gathering git version information
make[1] : on quitte le répertoire « /home/user/src/lammps_with_nnp_v2020/src »
Compiling LAMMPS for machine mpi
make[1] : on entre dans le répertoire « /home/user/src/lammps_with_nnp_v2020/src/Obj_mpi »
make[1] : on quitte le répertoire « /home/user/src/lammps_with_nnp_v2020/src/Obj_mpi »
make[1] : on entre dans le répertoire « /home/user/src/lammps_with_nnp_v2020/src/Obj_mpi »
mpicxx -g -O3 main.o -L../../lib/nnp/lib       -L. -llammps_mpi        -o ../lmp_mpi
./liblammps_mpi.a(pair_nnp.o) : Dans la fonction « LAMMPS_NS::PairNNP::init_style() » :
/home/user/src/lammps_with_nnp_v2020/src/Obj_mpi/../pair_nnp.cpp:223 : référence indéfinie vers « nnp::InterfaceLammps::initialize(char const* const&, char const* const&, bool, bool, int, int, double, double, double, int, int) »
/home/user/src/lammps_with_nnp_v2020/src/Obj_mpi/../pair_nnp.cpp:237 : référence indéfinie vers « nnp::InterfaceLammps::getMaxCutoffRadius() const »
/home/user/src/lammps_with_nnp_v2020/src/Obj_mpi/../pair_nnp.cpp:217 : référence indéfinie vers « nnp::Log::registerCFilePointer(_IO_FILE** const&) »
/home/user/src/lammps_with_nnp_v2020/src/Obj_mpi/../pair_nnp.cpp:219 : référence indéfinie vers « nnp::Log::registerCFilePointer(_IO_FILE** const&) »
./liblammps_mpi.a(pair_nnp.o) : Dans la fonction « LAMMPS_NS::PairNNP::PairNNP(LAMMPS_NS::LAMMPS*) » :
/home/user/src/lammps_with_nnp_v2020/src/Obj_mpi/../pair_nnp.cpp:24 : référence indéfinie vers « nnp::InterfaceLammps::InterfaceLammps() »
./liblammps_mpi.a(pair_nnp.o) : Dans la fonction « LAMMPS_NS::PairNNP::transferNeighborList() » :
/home/user/src/lammps_with_nnp_v2020/src/Obj_mpi/../pair_nnp.cpp:319 : référence indéfinie vers « nnp::InterfaceLammps::addNeighbor(int, int, long, int, double, double, double, double) »
./liblammps_mpi.a(pair_nnp.o) : Dans la fonction « LAMMPS_NS::PairNNP::handleExtrapolationWarnings() » :
/home/user/src/lammps_with_nnp_v2020/src/Obj_mpi/../pair_nnp.cpp:329 : référence indéfinie vers « nnp::Mode::getNumExtrapolationWarnings() const »
/home/user/src/lammps_with_nnp_v2020/src/Obj_mpi/../pair_nnp.cpp:363 : référence indéfinie vers « nnp::InterfaceLammps::writeExtrapolationWarnings() »
/home/user/src/lammps_with_nnp_v2020/src/Obj_mpi/../pair_nnp.cpp:413 : référence indéfinie vers « nnp::InterfaceLammps::clearExtrapolationWarnings() »
/home/user/src/lammps_with_nnp_v2020/src/Obj_mpi/../pair_nnp.cpp:359 : référence indéfinie vers « nnp::InterfaceLammps::extractEWBuffer(char const* const&, int) »
/home/user/src/lammps_with_nnp_v2020/src/Obj_mpi/../pair_nnp.cpp:367 : référence indéfinie vers « nnp::InterfaceLammps::getEWBufferSize() const »
/home/user/src/lammps_with_nnp_v2020/src/Obj_mpi/../pair_nnp.cpp:370 : référence indéfinie vers « nnp::InterfaceLammps::fillEWBuffer(char* const&, int) const »
./liblammps_mpi.a(pair_nnp.o) : Dans la fonction « LAMMPS_NS::PairNNP::compute(int, int) » :
/home/user/src/lammps_with_nnp_v2020/src/Obj_mpi/../pair_nnp.cpp:44 : référence indéfinie vers « nnp::InterfaceLammps::setLocalAtoms(int, int const*) »
/home/user/src/lammps_with_nnp_v2020/src/Obj_mpi/../pair_nnp.cpp:48 : référence indéfinie vers « nnp::InterfaceLammps::setLocalTags(int const*) »
/home/user/src/lammps_with_nnp_v2020/src/Obj_mpi/../pair_nnp.cpp:54 : référence indéfinie vers « nnp::InterfaceLammps::process() »
/home/user/src/lammps_with_nnp_v2020/src/Obj_mpi/../pair_nnp.cpp:62 : référence indéfinie vers « nnp::InterfaceLammps::getForces(double* const* const&) const »
/home/user/src/lammps_with_nnp_v2020/src/Obj_mpi/../pair_nnp.cpp:71 : référence indéfinie vers « nnp::InterfaceLammps::getAtomicEnergy(int) const »
/home/user/src/lammps_with_nnp_v2020/src/Obj_mpi/../pair_nnp.cpp:66 : référence indéfinie vers « nnp::InterfaceLammps::getEnergy() const »
./liblammps_mpi.a(pair_nnp.o) : Dans la fonction « nnp::Mode::~Mode() » :
/home/user/src/lammps_with_nnp_v2020/src/Obj_mpi/../../lib/nnp/include/Mode.h:82 : référence indéfinie vers « vtable for nnp::Mode »
/home/user/src/lammps_with_nnp_v2020/src/Obj_mpi/../../lib/nnp/include/Mode.h:82 : référence indéfinie vers « vtable for nnp::Mode »
./liblammps_mpi.a(pair_nnp.o):(.rodata._ZTIN3nnp15InterfaceLammpsE[_ZTIN3nnp15InterfaceLammpsE]+0x10) : référence indéfinie vers « typeinfo for nnp::Mode »
./liblammps_mpi.a(pair_nnp.o):(.rodata._ZTVN3nnp15InterfaceLammpsE[_ZTVN3nnp15InterfaceLammpsE]+0x10) : référence indéfinie vers « nnp::Mode::setupElementMap() »
./liblammps_mpi.a(pair_nnp.o):(.rodata._ZTVN3nnp15InterfaceLammpsE[_ZTVN3nnp15InterfaceLammpsE]+0x18) : référence indéfinie vers « nnp::Mode::setupElements() »
./liblammps_mpi.a(pair_nnp.o):(.rodata._ZTVN3nnp15InterfaceLammpsE[_ZTVN3nnp15InterfaceLammpsE]+0x20) : référence indéfinie vers « nnp::Mode::setupSymmetryFunctions() »
./liblammps_mpi.a(pair_nnp.o):(.rodata._ZTVN3nnp15InterfaceLammpsE[_ZTVN3nnp15InterfaceLammpsE]+0x28) : référence indéfinie vers « nnp::Mode::setupSymmetryFunctionScaling(std::__cxx11::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> > const&) »
./liblammps_mpi.a(pair_nnp.o):(.rodata._ZTVN3nnp15InterfaceLammpsE[_ZTVN3nnp15InterfaceLammpsE]+0x30) : référence indéfinie vers « nnp::Mode::setupSymmetryFunctionGroups() »
./liblammps_mpi.a(pair_nnp.o):(.rodata._ZTVN3nnp15InterfaceLammpsE[_ZTVN3nnp15InterfaceLammpsE]+0x38) : référence indéfinie vers « nnp::Mode::setupSymmetryFunctionCache(bool) »
./liblammps_mpi.a(pair_nnp.o):(.rodata._ZTVN3nnp15InterfaceLammpsE[_ZTVN3nnp15InterfaceLammpsE]+0x40) : référence indéfinie vers « nnp::Mode::setupNeuralNetwork() »
./liblammps_mpi.a(pair_nnp.o):(.rodata._ZTVN3nnp15InterfaceLammpsE[_ZTVN3nnp15InterfaceLammpsE]+0x48) : référence indéfinie vers « nnp::Mode::setupNeuralNetworkWeights(std::__cxx11::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> > const&, std::__cxx11::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> > const&) »
collect2: error: ld a retourné le statut de sortie 1
make[1]: *** [../lmp_mpi] Erreur 1
make[1] : on quitte le répertoire « /home/user/src/lammps_with_nnp_v2020/src/Obj_mpi »
make: *** [mpi] Erreur 2

Any hint on how to get rid of these errors? best AF

arn-all commented 1 year ago

This is an old question but for future readers:

This is caused by a change in the lammps interface in PR: https://github.com/lammps/lammps/pull/3159 which broke the neighbor request call at commit https://github.com/lammps/lammps/commit/799ab965d96878ae1f2408052c46d1ffb2530b5f, resulting in build error starting from release 24Mar2022.

As a workaround, you can revert commit https://github.com/lammps/lammps/commit/799ab965d96878ae1f2408052c46d1ffb2530b5f or modify the current LAMMPS src/neigh_request.h in order to list PairNNP as a friend class:

class NeighRequest : protected Pointers {   
  friend class Neighbor;                    
  friend class NBin;                        
  friend class NeighList;                   
  friend class NPair;                       
  friend class NStencil;                    
  friend class NeighborKokkos;              
  friend class NPairSkipIntel;              
  friend class FixIntel;                    
  friend class PairNNP;                     // addition