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Getting error in cactus-graphmap-join #984

Open Dyotana19 opened 1 year ago

Dyotana19 commented 1 year ago

@dentearl , @thiagogenez , @diekhans, @epaull and @benedictpaten, I'm trying to build pangenome graph with MHC genomes from Zenodo

Command used to build the graph using CHM13 as reference :

cactus-minigraph ./jobstore exp_mhc/exp_mhcinput.txt exp_mhc/exp_mhc.sv.gfa.gz --reference CHM13

cactus-graphmap ./jobstore exp_mhc/exp_mhcinput.txt exp_mhc/exp_mhc.sv.gfa.gz exp_mhc/exp_mhc.paf --reference CHM13 --outputFasta exp_mhc/exp_mhc.sv.gfa.fa.gz

cactus-align ./jobstore exp_mhc/exp_mhcinput.txt exp_mhc/exp_mhc.paf exp_mhc/exp_mhc.hal --pangenome --outVG --reference CHM13

cactus-graphmap-join ./jobstore --vg exp_mhc/exp_mhc.vg --outDir ./exp_mhc --outName exp_mhc --reference CHM13 --vcf --giraffe

I'm getting an error on the command cactus-graphmap-join . \ Output logs are attached below \ Screenshot 2023-04-05 at 11 33 20 AM and Screenshot 2023-04-05 at 11 32 46 AM

Kindly provide a solution to resolve the issue.

glennhickey commented 1 year ago

# symbols in contig names required special handling with cactus-preprocess in that version of cactus (this was in the documentation but too hard to find). This is no longer an issue, as of v2.5.0.

MHC is an interesting use case, so I added this data set as an example in the README. You can use that as a guide to making a pangenome (with Cactus version >= 2.5.0). I still recommend doing some renaming to get cleaner output, but it is not necessary.

Zoeyoungxy commented 1 year ago

# symbols in contig names required special handling with cactus-preprocess in that version of cactus (this was in the documentation but too hard to find). This is no longer an issue, as of v2.5.0.

MHC is an interesting use case, so I added this data set as an example in the README. You can use that as a guide to making a pangenome (with Cactus version >= 2.5.0). I still recommend doing some renaming to get cleaner output, but it is not necessary.

I‘m also trying to construct the pangenome graph of MHC using cactus_v2.4.2, and got the same error message. And then I update the cactus to v2.5.0, the question still exists. The command is cactus-graphmap-join ./wd/jobstore --vg /wd/out/all.vg --outDir /wd/out/ --outName all --reference GRCh38 --indexCores 64 --vcf --giraffe --realTimeLogging --logFile /wd/out/log/all.join.log It looks like it crushed when running "bash -c set -eo pipefail && vg convert -g -p /tmp/1def7108a501558fb5f33200c5c25780/c36e/1fa5/tmpz50s30ha/all.vg.gfaffixed.gfa | vg mod -u -" And the complete log is: Cactus Command: /tools/cactus-bin-v2.5.0/cactus_250_env/bin/cactus-graphmap-join /wd/jobstore --vg /wd/out/all.vg --outDir /wd/out/ --outName all --reference GRCh38 --indexCores 64 --vcf --giraffe --realTimeLogging --logFile /wd/out/log/all.join.log Cactus Commit: 0e334dbfc8383647be12825e9e1b553648ae62ad Importing /wd/out/all.vg Saving graph of 1 jobs, 1 new Processing job 'graphmap_join_workflow' kind-graphmap_join_workflow/instance-ksz0rzwj v0 Running Toil version 5.9.2-54bfe0b146b76ecc6221de384c255e1be89547c6 on host clc009. Starting real-time logging. Issued job 'graphmap_join_workflow' kind-graphmap_join_workflow/instance-ksz0rzwj v1 with job batch system ID: 0 and disk: 2.0 Gi, memory: 2.0 Gi, cores: 1, accelerators: [], preemptible: False 1 jobs are running, 0 jobs are issued and waiting to run Issued job 'clip_vg' kind-clip_vg/instance-81ccpypk v1 with job batch system ID: 1 and disk: 843.9 Mi, memory: 1.6 Gi, cores: 1, accelerators: [], preemptible: False 2023-04-19 20:43:44.108183: Running the command: "vg convert -W -f /tmp/1def7108a501558fb5f33200c5c25780/52d6/b656/tmpv255wmrz/all.vg" 2023-04-19 20:44:54.246158: Successfully ran: "vg convert -W -f /tmp/1def7108a501558fb5f33200c5c25780/52d6/b656/tmpv255wmrz/all.vg" in 70.0505 seconds 2023-04-19 20:44:54.247056: Running the command: "gfaffix /tmp/1def7108a501558fb5f33200c5c25780/52d6/b656/tmpv255wmrz/all.vg.gfa --output_refined /tmp/1def7108a501558fb5f33200c5c25780/52d6/b656/tmpv255wmrz/all.vg.gfaffixed.gfa --check_transformation --dont_collapse GRCh38" 2023-04-19 20:52:43.188293: Successfully ran: "gfaffix /tmp/1def7108a501558fb5f33200c5c25780/52d6/b656/tmpv255wmrz/all.vg.gfa --output_refined /tmp/1def7108a501558fb5f33200c5c25780/52d6/b656/tmpv255wmrz/all.vg.gfaffixed.gfa --check_transformation --dont_collapse GRCh38" in 468.9025 seconds 2023-04-19 20:52:43.189148: Running the command: "head -1 /tmp/1def7108a501558fb5f33200c5c25780/52d6/b656/tmpv255wmrz/all.vg.gfa" 2023-04-19 20:52:43.315030: Successfully ran: "head -1 /tmp/1def7108a501558fb5f33200c5c25780/52d6/b656/tmpv255wmrz/all.vg.gfa" in 0.0036 seconds 2023-04-19 20:52:43.315624: Running the command: "sed -i /tmp/1def7108a501558fb5f33200c5c25780/52d6/b656/tmpv255wmrz/all.vg.gfaffixed.gfa -e 1s/./H VN:Z:1.1 RS:Z:GRCh38 MINIGRAPH/" 2023-04-19 20:52:54.815649: Successfully ran: "sed -i /tmp/1def7108a501558fb5f33200c5c25780/52d6/b656/tmpv255wmrz/all.vg.gfaffixed.gfa -e 1s/./H VN:Z:1.1 RS:Z:GRCh38 MINIGRAPH/" in 11.4625 seconds 2023-04-19 20:52:54.816557: Running the command: "bash -c set -eo pipefail && vg convert -g -p /tmp/1def7108a501558fb5f33200c5c25780/52d6/b656/tmpv255wmrz/all.vg.gfaffixed.gfa | vg mod -u -" Got exit code 1 (indicating failure) from job _toil_worker clip_vg file:/wd/jobstore kind-clip_vg/instance-81ccpypk. Job failed with exit value 1: 'clip_vg' kind-clip_vg/instance-81ccpypk v1 Exit reason: None The job seems to have left a log file, indicating failure: 'clip_vg' kind-clip_vg/instance-81ccpypk v2 Log from job "kind-clip_vg/instance-81ccpypk" follows: =========> CTATTATTAAAATCTCAAAAAATAAGAGATGCTAGTGAGGTTGTGGAGAAAAGGGAATGATTATACAGTGATGGTGGGAATGTAAAGTAGTCGAGCCATTGTGGAAAGCAGTGTGGCAATTTCTCAAAGAACTCAAAGCAGAAGTGCCATTCAACTCATCAATCCTACTATTGAGTGTATACCAAAAGAAATACAAATCATTCTACCATAAAGACACATGCACGTGTATGTTCACTGCAGCACTTTTCACAATAGCAAAGACATGGAATCAACCTAAATGCCCATCAGTGGTAGACTGGATGAAGAAAATGTGGTAGATATACAACATGGAATACTATGCAGCCGTAAAAAGAATGAGATCATCTCTTTTCCAGCAACATGGGTGGAGCTGGAGGCCATTATCCTAGAAAACCCAATACCATATGTTCTCACTTATAAGGGGAGCTAAACATTGAGTACATATGGACACAAATGGAACAACAGACACTAGGGCCTACTTTAGAGTGGACGGAGGAAGGAGGATGAAAATTAAAAAATTACCTACTGGGTACTATGCTTATTATCTGGGTTATGAAATAATCTATACACCAAACCCCGTGACTCACAATTTACCTATATAAATGCGTTAAGTAACTCACATGTGTACCCCTGAACCAGAAATAAAAGTTAAAAAAAAGAGAAAAGTAAGTGTTCTCAGTATTAAAAACCTATGTTTTTGTTGACAATTATGTAAATTTCTACATTTATTTTTTGAAATCTTTTAATTTTCATTTTGGTTACCTGTTATTGTACTCTGACAAAGTGTTTTAAACTGTTTGATGTTTTTGACAAACTTCCCAAAATAATATTTTAAATTAACTCTTTTTGCCCTCAAGTTAATTTTGATGTTTCTCATTTGGACCCCTGGAAAGATCAAAGAATGTGTATCTCACATTGTAAAGAGATATATTAAACTAATAAGACTTACTTGATATATTAAATTATATAGGGAGTATTGTCAAATACTAAGTGGTGCTAAACCTTCTTTAAGTTGTATTTCAGAATGTTATTGATATGTGTTACAAAATTATATTAAATTCTTCAAAATCTGATATGTTATCGGTCATAATCTTGGTTATTATCTTCAAGTTTTGTATGCCACAGAAATAAACAAATTTCTTTGTCAATTACATTATTATTATAATAAACTCCATGAGATTTTTAACCATGGCCACTCTAAGTCTGTCATCCACAGGGACTGATTGCTTTCATTCTTTTCTAAAAGCATTTGCAATCAGCTACAATAAAAAATTGCCTCTTCTCTGAAACTGATGATCCATTAAGGTTTAACCCATATACTCCTCTATATACCTCTACAGCCTCCCCAAATCAAGTTGATATATTCCCCTAGCAGTCTGTGCAATGGAGACCAACATTAAATTCTTTTAGATTGTTTTAAATTACATTTTTGAACTTCCAGTTTATTACATACCAAGAGTTCATTACAACCTCCTTGTTTCGTAAGTGGAAGCTATGTTAGGGTTGGATGTGGGTGCCATAATTTCTTCAAGGATCCTGGACAGAGACCCACATCAGGATCAGAAACCCTATGATAGCATTACAGATCTCATGGCTCAATAATCCTTGAAGATTATAATTTTCATCCTATCAGTTGGACTTTCTGTCACTTTTCCTGCATTAAGTCTCCTGGTATCAAACAGAGCTCTGTGGTGTCACTGACTGAGGAATGGAATAGAGATGTCCACGAGGGGTCTTGATATCATTACTGCACAGAGATGTGAAAGGAGAGACCACTTCCTCACCACCCAGCTACTTCACTTCTCTCCCGGTATCAGCCCTATAGTTGGACCTAGGCTTTCAGAAGTGTAAGTGTGCAAACAAGTTTGGGTTGGACTTTAAGAGGACACTTTGTCATAGAAGAAAATCCAGTATCTCTAAGCTGGTTTTCTTTTCAGGAAAACATCCTGAGGGACCAGTAAGCAGGGAGATCCTTTTTCTAGTTTGCCTGTAGAGTTAGGAAGACAGTTGATTTTTCAGTCTTTCACAGGATGCTTAAACAAAGCTGTGTAATTACATAAGGTCAATCTTTATCTTGCCTAAGAAGATAAAGTGGGAATCTTCACTCCGCCAGGGCAAATTTCCAAGGAGCTCATTTATTCCATGTCTTTCAAACTTTCATGTGATACATTTCTCTTTCACATTGTTGCTGATTTCCAAATAGCTGTCAGCTAGTTTTTTTCTCCCCCTTGCCTATTCTTCACTATTTTGATAGCAAAGCTCATAGAATTAGGGGACTTAGAAGATGCTTTGTAAACATCGCCACAAAGGAACTGCTGAAATGATTCACAGGAAGACTGGTCAGTTGGGAGAAAGATCCTAAAGATGTTACACTGGTTTTCAACAACATGCTTAGAGAATTCTTGAAGCAGATAGGTGTCAACCCAGTGAAAACAACATTTTGATTTTTTTTTT <434506 <329391,<434711 1 A <434722 <434641,<380220 1169 GTGAGTATTTGTCCATACCAGCAATAAGCTTCTGGGGCCAAAGAGGTTTATTTTAAAATAACTTACATGAACTTCACCTTTTTTTTTATTTCTTCTTCTTCAAAAAAAACAAACAAAAGGGATATATGTGCAGAATGTGCAGGTTTGTATGTGCAGTTTATTTTAAAATAACTTACATGAACTTCACCTTTTTTTTCTTTATTTCTTCTTCTTCTTCAAAAAACAAACAAAAGGGATATATGTGCAGAACTGCAGGTATACGTATGCCATGGTGGTTTGCTACACTTTTCAACCTATCATCTAAGTTCCCTCCCCTCACTCCCCTGACCTCCAACAGGCCCCAGTGTGTGTTGTTTCCTTCTCTGTGTCCATTTGTTCTCAGTATTTGAATCCCACTTACGAGTAAGAACATGCGGTATTTGGTTTTCTGTTCCTGTGTTAGTTTGCTGAGGATGATGGCTTCCAGTTTCATCCATGTTTCTGTAAAGGACATGCTCTCATTCCTTTTTATACCTGCATAGTATTCCATGGTGTATATGTACCACATTTTCTTTATCCAGTCTATCAGTGATGGGCATTTGGGTTGGGTCCATGTCTTTGCTATTGTACATAGTGCTGCAATAAATATATATATGTATGTTCCCTTATAGTAGAATGATTTATATTCTTTGGGTATATACCTAGTAATGGGATTGCTGGGTCAAATGGTATTTCTAGTTCTAGATCCTTGAGGAATGCCCATACTGTCTTCCACAATGGTTGAATTAATTAACTTTCCCACCAACAGTGTAAGAGCGTTCCCATTTCTCCACATCCTCTCCAGTATTGTTTCCTGACTTTTTAATAATCTCCATTCTAATCGGCGTGAAATGGCATCTCACTGTGGTTTTGATTTGCATTTCTCTGGTGATCAGTGATGTTGAGCTTCTTTCGTATGTTTTTTGGCCACGTAAATGTCTTTTTTTGAGACGTGTCTGTTCATATCCTTTGCCCACTTTTTGATGGCGTTGTTTGTCTTTCTCTTGTAAACATGTTTAAGTCCCTTGTAAATTCTGGATATTAGATCATTGTCAGATGGGTAGCTTGCAAAAATTTTCTCCCAGTCTGTAGGTTGCTTGTTCACTTTGATGATAGCTTTTTGTTTTTTTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT <434658 <434639,>434723,>434724 958 TTTTTTCTTTATTTCTTCTTCTTCTTCAAAAAACAAACAAAAGGGATATATGTGCAGAACTGCAGGTATACGTATGCCATGGTGGTTTGCTACACTTTTCAACCTATCATCTAAGTTCCCTCCCCTCACTCCCCTGACCTCCAACAGGCCCCAGTGTGTGTTGTTTCCTTCTCTGTGTCCATTTGTTCTCAGTATTTGAATCCCACTTACGAGTAAGAACATGCGGTATTTGGTTTTCTGTTCCTGTGTTAGTTTGCTGAGGATGATGGCTTCCAGTTTCATCCATGTTTCTGTAAAGGACATGCTCTCATTCCTTTTTATACCTGCATAGTATTCCATGGTGTATATGTACCACATTTTCTTTATCCAGTCTATCAGTGATGGGCATTTGGGTTGGGTCCATGTCTTTGCTATTGTACATAGTGCTGCAATAAATATATATATGTATGTTCCCTTATAGTAGAATGATTTATATTCTTTGGGTATATACCTAGTAATGGGATTGCTGGGTCAAATGGTATTTCTAGTTCTAGATCCTTGAGGAATGCCCATACTGTCTTCCACAATGGTTGAATTAATTAACTTTCCCACCAACAGTGTAAGAGCGTTCCCATTTCTCCACATCCTCTCCAGTATTGTTTCCTGACTTTTTAATAATCTCCATTCTAATCGGCGTGAAATGGCATCTCACTGTGGTTTTGATTTGCATTTCTCTGGTGATCAGTGATGTTGAGCTTCTTTCGTATGTTTTTTGGCCACGTAAATGTCTTTTTTTGAGACGTGTCTGTTCATATCCTTTGCCCACTTTTTGATGGCGTTGTTTGTCTTTCTCTTGTAAACATGTTTAAGTCCCTTGTAAATTCTGGATATTAGATCATTGTCAGATGGGTAGCTTGCAAAAATTTTCTCCCAGTCTGTAGGTTGCTTGTTCACTTTGATGATAGCTTTTTGTTTTTTT <434725 <396554,<378284 3470 AGTGGATTAAAACAACAAACATTCATTATGCCAACTTCTCTGGGTCAAGAACTATATCAGAATTAGTAAGGCCCTCTAGCTCAAGGACTCTCATAAGGCTGCCATCATTTAAAAGCCTTACTTAGGGAAGATTCACTTCTAAGATTAATCATGTGGCTGGGGGCAGTCCCCAGGACCTTCCTTGCTGGCTGTGACTGGTGACACTGGCTCCGTGCTATGTGGACTTCTTAATAGGCAGCGCCCAACATAGAAGTCAGCTTCCCTTACAATGAAAGAGAGAGAGGATTCCCAAGACAGAAGCCACAGTCTTTGTGCAACCTAATGTTGGAAGTGATATCCATCACTTTTGCCACAGTCTATTTGATAGTGAAGTGAGATAAATTCAACTAGGATGACAGAGTAGAAGATTCCTCAAGGAGTTACCTCTACCAGGGGTACAAGTGACATGGAGCAATTTTAGAGGCTGCTTACCAAACCCATGAAATGTATAATGACAAAACATGATATTCCTCTTAAATGACTAAATAAGCACACCACTCTTTGATCAATCTCCTGTCTGTTCAGTGTGGCAACAATTCCCACTGCAGCTGTTCTCCTGCCTCACTAAGACTTTCAATCCACTGGTGCCTCAGCCTTCGCCTATTGCATTATGATCCTCCTGCGGTCAGTTACTCCCACAAGCAAACTAACAATGGCTCTTCTCAACACTGGCTTTATGTTAGAATTGCCTGAGGAGGTTCCAAAGATACATATGAGTGCCTTGGCCCCAATTGAGATTGGCTGACCCAGTGTCTCTGGGACCTGGCATTCTATTGTGATACTAATATGCAGCAATAGTTGGGAATCAATATTGTAGATTCCGTTACTGAATATTTTAAAATGTAATTGCTAGTAACATAAAACCAGAATTGACATACTGCTTCCCTTGGGCTAAATACAATCCATCACCTATTTTTTAAATAAATTCTTATTGGAATGCAGCCACATTTTCTTATTGTCCATGGTTGCTTTTGCACAACATGGGAGAACTGAGTACTTCCTACAGAGACCACATGGCTCACAAAATAAAAATATTTACTATCTGGCCCTTTGCTTAAAAAAAATTACTGATTTTTGACCTATCCCCTTTCACATCTTCATTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCGGTTGCTTTTGGTTTTGTCCTTTTTAGAAGCACATTGCAACCTCTTCTCTAGATGAACTCAACTATCTGATTTCTGCATATTTCTCAGTCCATGACTGCTGCTGAAGAATGTCATGCAAGAAAACAAACTGATAATATTTTAAGACAATGATCACCATTGGAAACCGGGTTTTCAATTGTGCCTGACATAACTTTTTCAATCTCTACAATCCTCTAATTTCTGACACTCTCTTCTCCCTTCTCACTTCTCTCTCTCTGCAGATGACTTTGCTACTGCAACACAGAGACAATATAAGTCTTTATACTCATAGTCTTTCAACTACCTGGCACTAAATCAATATACCTGTCTCCATTTGCAACTATTATCTTTCTCCCTGATCCTGTCAAGATGATCTTACTCTTTGTTGTAGGCTACTTTCCTCCTCTGACTTCAGAATTAGTTCTCACCTGACTTTAAGAGGAAATTTACATTGTTACCAATTTCTCTACTGAAAATCCAACTTTTTATTTCCACGTAGATCCTTCCCATCGTGGTTTCCATGAACTTTATTGTCTCAATGATTGTCATTTTAGATCTATAACTCTTTTTCTGAGCTTTGGGTCTATACAAGCCAAATTTCTGCTCAACAGAGCAACCATATCCCCACCTTAATTGGACAAGTCTCTCCAGAAAATAAATCTCCTATTTCCTGTTGTGTAAAATGAAGAATAATTACTAAGGTATTCAGTAATGATAAAGAATCTGGGAATTTAACTGTTCTTGATATGAAATTTCAAATTACACACTTGTTTTTTTTGGAAGCCAAGCCCACCTCCAGCATTTTATTCCCACACATGATAAGCTTGTCCAAGGTGTGTGTGGTTTGGATGACTTTATATTTTGTTAGCTTTCCTCTTCCCTCTACATATGGACACTATGTTTTGTCAAAAGGAAATGTGTACACTGGATGCTTGTTAAAAATAGCAAGGAAGACTATTCAGGACTATAGCAATGGGGGAATAATATAGCTATAGTAGAGAGAGATTGAACTAAAATTTCTCCCAGCATGGAGCTGGAAATTTATAAGCAAAGAGCTGAGTGAGTGAGTCAGTGGATAGAAACTAATTAGATATTAAGGGTGGCGGGGGGTGGGGTGGCGGGGAGCGGGGTTCTTGCTAAACTGCATTATTGCTAAAGGCATGCCAAAGTGATAAGATATCAAGGGCAAAGTGATTCTCAGTGAACTGGCTTAGCAGGAGTCTTTGCTAAAACTGGGCCTGAGAAGAGGGACTAGAGAAGAATGATTAAACTTTGATCAAGATGGGAATCTGTCAGTTTTGGCCTTCTCTAATGTATGTGGTTATGCTGCTCGAGAGCTTGCTAAGATGTATTCAAGAAGGCTAGTGTATTAGCTTGTTCTTACACTGCTGCTATAAAGAAACACTTGAGATGGGGTAATTTATAAAGCAAAGTAGTTTAATTGGCTCACAGTTCTGCAGGCTGAACAGGAAGCATAGCAGCATCTGCTTCTGGGGAGGCTAAAGGGAGATTTTACTCATGGCAGAAGGCAAAGTGGAAGCACGAATCTTGCAAGGCAGAAGCAGGACTGAGAGGAAGAGAAAAGGTGCCACACACTTTCACCAACCATATCTCATGAGGATGCTATCATGATACAGCATCAAAGGGGGAAATCTGCCCCCATGATCCAGTCACCTCCCACAAGACCCCACCTCCAACATTGGGGATTACAATTCAGCATGAGATTTGGTAAGGGACACAGATCCAAATCATATCAGCTAGTAATAAAGTGTATTAAGATTTAGGAGTTGATATGGTTTGGCTGTGTCCCCACTCAAAATCTCATGGTGAATTGTAAATCCCATAATCCCCACATGTCAAGGGAGAGACCAGGTGGAGGTAATTGAATCATGGAGGTGGTTTCTCCCAAGCTGTTCTCATGATAGTGAGTGAGTTCTCTCGAGATCTAATGGATTTACAACTGTTTGGCAAGTTCCTCCTTCCATCCTTCTTTTTCCTGCCATTTTGTGAAGAAAGTGCCTGCCTCCCTTTCACCTTCCACTACGATTGTAAGTTTCCTGAGGCCTCCCCAGTCATAGGGAACTGTGAGTCAATTAAACCTCTTTCTTTTATAAATTACTCAGTCTCAGGTATTTTCATATAGGAATGTGAGAAAGGACTAATACAGGAATCTTCAAGGACATCCCATCCAAATTAAAAGTTGTGTATCACTTGCTTCTTTGACTTCATCTATTGTATTAATTACATTTATGTGTATATATATATGTATACACACACACACACA <434728 <434678,<329391 260 GCTTCCCTCCACTTAAGCCTTTCTTGCTCAGAATCACTCCTTTTATTAGTTATCTGTTGATGCTTAACATATTACCTCCAAAACTTAGTGGATTAAAACAACAAACATTCATTATGCCAACTTCTCTGGGTCAAGAACTATATCAGAATTAGTAAGGCCCTCTAGCTCAAGGACTCTCATAAGGCTGCCATCATTTAAAAGCCTTACTTAGGGAAGATTCACTTCTAAGATTAATCATGTGGCTGGGGGCAGTCCCCAGG <434639 <434688,>434731,>434732 1645 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CCCGTTGTTTGTTTTTGTTGGCCTTGTCCAAGATCAGATGGTGGTAAGTGTGCAGCTTTATTTTTGAGTGTTCTATTCTGTTCCATTGGCTTAAGTGTCTGCTTTTGTAACAGTATCATGGTTAGTGTACACTTATAGTATAGCTGGAAATTGGGTAGTATGATGCCTCTCTGGCTTTATTATTTTTGCTCAGAATTGCTTTGGCCATTCTGGCTTTTGGGGGTGTTCCATATAAATTTAGAATAGTTTTTTCTAATTCTGTGAAGAATGATGTTGGTAGTTTCATGGAGATAGCCTTGAATCTACAAATTGCTTTGGGCAGTATGGCCATTTTAACAATATTGATTCTTTTAATCTGTAAACATGGAATGTTATTCCATTTATTTGTGTTATCAAAATTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTC

433769 <420129,>108099 1 A 433588 <428124,>413726 348 ATAGTGTCCTCTGAGTATCTCACCAGGAGATGTCAGAAACAAGGTGCTGACTGAGCTGCTCCGGCCCATGTTCCCACCCTCCTGGGCATGCCCTCCAGGCCTCCAGCTCTGCCCCACCCTCCTTGCTGACTCTGCTCTTTCTGTTCCACCCATGGGCCAGGCCAGGCCACCACAGATTGAGGCTGGGATCTTGCAGCCACCTCTGGCCACCAGCCTAGGCCCAGCCAGGACCCAGGCAGACTTTAAGATCCCCACCTGCCTGGCGCAGCCCCTATCCCCCAGGGAGCAGGGGACCCTGCACGGGGCCAGCACAAGCCCCAGGCTTGGCTGCCTGCTCCTTGCCCTTCT 433661 <401045,<423231 1 A [2023-04-19T20:52:43+0800] [MainThread] [I] [toil-rt] 2023-04-19 20:52:43.188293: Successfully ran: "gfaffix /tmp/1def7108a501558fb5f33200c5c25780/52d6/b656/tmpv255wmrz/all.vg.gfa --output_refined /tmp/1def7108a501558fb5f33200c5c25780/52d6/b656/tmpv255wmrz/all.vg.gfaffixed.gfa --check_transformation --dont_collapse GRCh38" in 468.9025 seconds [2023-04-19T20:52:43+0800] [MainThread] [I] [toil-rt] 2023-04-19 20:52:43.189148: Running the command: "head -1 /tmp/1def7108a501558fb5f33200c5c25780/52d6/b656/tmpv255wmrz/all.vg.gfa" [2023-04-19T20:52:43+0800] [MainThread] [I] [toil-rt] 2023-04-19 20:52:43.315030: Successfully ran: "head -1 /tmp/1def7108a501558fb5f33200c5c25780/52d6/b656/tmpv255wmrz/all.vg.gfa" in 0.0036 seconds [2023-04-19T20:52:43+0800] [MainThread] [I] [toil-rt] 2023-04-19 20:52:43.315624: Running the command: "sed -i /tmp/1def7108a501558fb5f33200c5c25780/52d6/b656/tmpv255wmrz/all.vg.gfaffixed.gfa -e 1s/./H VN:Z:1.1 RS:Z:GRCh38 MINIGRAPH/" [2023-04-19T20:52:54+0800] [MainThread] [I] [toil-rt] 2023-04-19 20:52:54.815649: Successfully ran: "sed -i /tmp/1def7108a501558fb5f33200c5c25780/52d6/b656/tmpv255wmrz/all.vg.gfaffixed.gfa -e 1s/./H VN:Z:1.1 RS:Z:GRCh38 MINIGRAPH/" in 11.4625 seconds [2023-04-19T20:52:54+0800] [MainThread] [I] [toil-rt] 2023-04-19 20:52:54.816557: Running the command: "bash -c set -eo pipefail && vg convert -g -p /tmp/1def7108a501558fb5f33200c5c25780/52d6/b656/tmpv255wmrz/all.vg.gfaffixed.gfa | vg mod -u -" [2023-04-19T21:05:35+0800] [MainThread] [W] [toil.fileStores.abstractFileStore] Failed job accessed files: [2023-04-19T21:05:35+0800] [MainThread] [W] [toil.fileStores.abstractFileStore] Downloaded file 'files/no-job/file-9d4dd354ea7b4613a65fdfc5ed1b327a/all.vg' to path '/tmp/1def7108a501558fb5f33200c5c25780/52d6/b656/tmpv255wmrz/all.vg' [2023-04-19T21:05:35+0800] [MainThread] [W] [toil.fileStores.abstractFileStore] LOG-TO-MASTER: Job used more disk than requested. For CWL, consider increasing the outdirMin requirement, otherwise, consider increasing the disk requirement. Job files/for-job/kind-clip_vg/instance-81ccpypk/cleanup/file-58f014d63e4a4ddca720fe89be2f980e/stream used 146.83% disk (1.2 GiB [1299300352B] used, 843.9 MiB [884871390B] requested). Traceback (most recent call last): File "/tools/cactus-bin-v2.5.0/cactus_250_env/lib/python3.9/site-packages/toil/worker.py", line 403, in workerScript job._runner(jobGraph=None, jobStore=jobStore, fileStore=fileStore, defer=defer) File "/tools/cactus-bin-v2.5.0/cactus_250_env/lib/python3.9/site-packages/toil/job.py", line 2743, in _runner returnValues = self._run(jobGraph=None, fileStore=fileStore) File "/tools/cactus-bin-v2.5.0/cactus_250_env/lib/python3.9/site-packages/toil/job.py", line 2660, in _run return self.run(fileStore) File "/tools/cactus-bin-v2.5.0/cactus_250_env/lib/python3.9/site-packages/toil/job.py", line 2888, in run rValue = userFunction(((self,) + tuple(self._args)), **self._kwargs) File "/tools/cactus-bin-v2.5.0/cactus_250_env/lib/python3.9/site-packages/cactus/refmap/cactus_graphmap_join.py", line 383, in clip_vg cactus_call(parameters=conv_cmd, outfile=normalized_path) File "/tools/cactus-bin-v2.5.0/cactus_250_env/lib/python3.9/site-packages/cactus/shared/common.py", line 839, in cactus_call raise RuntimeError("{}Command {} exited {}: {}".format(sigill_msg, call, process.returncode, out)) RuntimeError: Command ['bash', '-c', 'set -eo pipefail && vg convert -g -p /tmp/1def7108a501558fb5f33200c5c25780/52d6/b656/tmpv255wmrz/all.vg.gfaffixed.gfa | vg mod -u -'] exited 1: stdout=None, stderr=terminate called after throwing an instance of 'std::runtime_error' what(): Reference path cannot have a phase block ERROR: Signal 6 occurred. VG has crashed. Visit https://github.com/vgteam/vg/issues/new/choose to report a bug. Stack trace path: /tmp/vg_crash_qncISW/stacktrace.txt Please include the stack trace file in your bug report! error[VPKG::load_one]: Correct input type not found in standard input while loading handlegraph::MutablePathDeletableHandleGraph

[2023-04-19T21:05:35+0800] [MainThread] [E] [toil.worker] Exiting the worker because of a failed job on host clc009

<========= Due to failure we are reducing the remaining try count of job 'clip_vg' kind-clip_vg/instance-81ccpypk v2 with ID kind-clip_vg/instance-81ccpypk to 1 We have increased the default memory of the failed job 'clip_vg' kind-clip_vg/instance-81ccpypk v2 to 2147483648 bytes We have increased the disk of the failed job 'clip_vg' kind-clip_vg/instance-81ccpypk v2 to the default of 2147483648 bytes Issued job 'clip_vg' kind-clip_vg/instance-81ccpypk v3 with job batch system ID: 2 and disk: 2.0 Gi, memory: 2.0 Gi, cores: 1, accelerators: [], preemptible: False 2023-04-19 21:05:49.156529: Running the command: "vg convert -W -f /tmp/1def7108a501558fb5f33200c5c25780/c36e/1fa5/tmpz50s30ha/all.vg" 2023-04-19 21:06:45.447242: Successfully ran: "vg convert -W -f /tmp/1def7108a501558fb5f33200c5c25780/c36e/1fa5/tmpz50s30ha/all.vg" in 56.237 seconds 2023-04-19 21:06:45.448112: Running the command: "gfaffix /tmp/1def7108a501558fb5f33200c5c25780/c36e/1fa5/tmpz50s30ha/all.vg.gfa --output_refined /tmp/1def7108a501558fb5f33200c5c25780/c36e/1fa5/tmpz50s30ha/all.vg.gfaffixed.gfa --check_transformation --dont_collapse GRCh38" 2023-04-19 21:15:12.987648: Successfully ran: "gfaffix /tmp/1def7108a501558fb5f33200c5c25780/c36e/1fa5/tmpz50s30ha/all.vg.gfa --output_refined /tmp/1def7108a501558fb5f33200c5c25780/c36e/1fa5/tmpz50s30ha/all.vg.gfaffixed.gfa --check_transformation --dont_collapse GRCh38" in 507.5077 seconds 2023-04-19 21:15:12.988338: Running the command: "head -1 /tmp/1def7108a501558fb5f33200c5c25780/c36e/1fa5/tmpz50s30ha/all.vg.gfa" 2023-04-19 21:15:13.087492: Successfully ran: "head -1 /tmp/1def7108a501558fb5f33200c5c25780/c36e/1fa5/tmpz50s30ha/all.vg.gfa" in 0.0034 seconds 2023-04-19 21:15:13.088085: Running the command: "sed -i /tmp/1def7108a501558fb5f33200c5c25780/c36e/1fa5/tmpz50s30ha/all.vg.gfaffixed.gfa -e 1s/./H VN:Z:1.1 RS:Z:GRCh38 MINIGRAPH/" 2023-04-19 21:15:23.300371: Successfully ran: "sed -i /tmp/1def7108a501558fb5f33200c5c25780/c36e/1fa5/tmpz50s30ha/all.vg.gfaffixed.gfa -e 1s/./H VN:Z:1.1 RS:Z:GRCh38 MINIGRAPH/" in 10.1853 seconds 2023-04-19 21:15:23.301361: Running the command: "bash -c set -eo pipefail && vg convert -g -p /tmp/1def7108a501558fb5f33200c5c25780/c36e/1fa5/tmpz50s30ha/all.vg.gfaffixed.gfa | vg mod -u -" [2023-04-19T21:27:05+0800] [Thread-1 ] [E] [toil.batchSystems.singleMachine] Got exit code 1 (indicating failure) from job _toil_worker clip_vg file:/wd/02.MC/jobstore kind-clip_vg/instance-81ccpypk. [2023-04-19T21:27:05+0800] [MainThread] [W] [toil.leader] Job failed with exit value 1: 'clip_vg' kind-clip_vg/instance-81ccpypk v3 Exit reason: None [2023-04-19T21:27:05+0800] [MainThread] [W] [toil.leader] The job seems to have left a log file, indicating failure: 'clip_vg' kind-clip_vg/instance-81ccpypk v5 [2023-04-19T21:27:05+0800] [MainThread] [W] [toil.leader] Log from job "kind-clip_vg/instance-81ccpypk" follows: =========> ACTGAACCTTGTAGGATAAGGCCCACTAGCCTGGGATGCTAGTGAGGCCACCCTAGTCCTCCTGAGTTCTCCAGCTGGGAGCAGCTCTACACTTCTCCGGCATGAAGCTCCCAGAGAGAGAGGCAGTCCACCTTTTTGCTGTCTCGCAACCCTCCCTCCTGCTGCTCTCAGGCTTGGGAGGGTGCACAGCAATTAGGGACTATCACAGAACCCCAGCACAGTGCATCTGGTGAACTTAAAAAAATCAACAAGTGAAAAACAAACAATCCCATTTAAACGTACACAAAGTACATGAATGGACACTTTCAAAGGAGGGCATACATGTGGCCAGAAAGCATATGACAAAATGCTCAACATCACTAATCATTAGAGAAATGCAAATCAAAACCATAATGAGATACCATCTCACACCAATGAGAATGGCTATTATTAAAATCTCAAAAAATAAGAGATGCTAGTGAGGTTGTGGAGAAAAGGGAATGATTATACAGTGATGGTGGGAATGTAAAGTAGTCGAGCCATTGTGGAAAGCAGTGTGGCAATTTCTCAAAGAACTCAAAGCAGAAGTGCCATTCAACTCATCAATCCTACTATTGAGTGTATACCAAAAGAAATACAAATCATTCTACCATAAAGACACATGCACGTGTATGTTCACTGCAGCACTTTTCACAATAGCAAAGACATGGAATCAACCTAAATGCCCATCAGTGGTAGACTGGATGAAGAAAATGTGGTAGATATACAACATGGAATACTATGCAGCCGTAAAAAGAATGAGATCATCTCTTTTCCAGCAACATGGGTGGAGCTGGAGGCCATTATCCTAGAAAACCCAATACCATATGTTCTCACTTATAAGGGGAGCTAAACATTGAGTACATATGGACACAAATGGAACAACAGACACTAGGGCCTACTTTAGAGTGGACGGAGGAAGGAGGATGAAAATTAAAAAATTACCTACTGGGTACTATGCTTATTATCTGGGTTATGAAATAATCTATACACCAAACCCCGTGACTCACAATTTACCTATATAAATGCGTTAAGTAACTCACATGTGTACCCCTGAACCAGAAATAAAAGTTAAAAAAAAGAGAAAAGTAAGTGTTCTCAGTATTAAAAACCTATGTTTTTGTTGACAATTATGTAAATTTCTACATTTATTTTTTGAAATCTTTTAATTTTCATTTTGGTTACCTGTTATTGTACTCTGACAAAGTGTTTTAAACTGTTTGATGTTTTTGACAAACTTCCCAAAATAATATTTTAAATTAACTCTTTTTGCCCTCAAGTTAATTTTGATGTTTCTCATTTGGACCCCTGGAAAGATCAAAGAATGTGTATCTCACATTGTAAAGAGATATATTAAACTAATAAGACTTACTTGATATATTAAATTATATAGGGAGTATTGTCAAATACTAAGTGGTGCTAAACCTTCTTTAAGTTGTATTTCAGAATGTTATTGATATGTGTTACAAAATTATATTAAATTCTTCAAAATCTGATATGTTATCGGTCATAATCTTGGTTATTATCTTCAAGTTTTGTATGCCACAGAAATAAACAAATTTCTTTGTCAATTACATTATTATTATAATAAACTCCATGAGATTTTTAACCATGGCCACTCTAAGTCTGTCATCCACAGGGACTGATTGCTTTCATTCTTTTCTAAAAGCATTTGCAATCAGCTACAATAAAAAATTGCCTCTTCTCTGAAACTGATGATCCATTAAGGTTTAACCCATATACTCCTCTATATACCTCTACAGCCTCCCCAAATCAAGTTGATATATTCCCCTAGCAGTCTGTGCAATGGAGACCAACATTAAATTCTTTTAGATTGTTTTAAATTACATTTTTGAACTTCCAGTTTATTACATACCAAGAGTTCATTACAACCTCCTTGTTTCGTAAGTGGAAGCTATGTTAGGGTTGGATGTGGGTGCCATAATTTCTTCAAGGATCCTGGACAGAGACCCACATCAGGATCAGAAACCCTATGATAGCATTACAGATCTCATGGCTCAATAATCCTTGAAGATTATAATTTTCATCCTATCAGTTGGACTTTCTGTCACTTTTCCTGCATTAAGTCTCCTGGTATCAAACAGAGCTCTGTGGTGTCACTGACTGAGGAATGGAATAGAGATGTCCACGAGGGGTCTTGATATCATTACTGCACAGAGATGTGAAAGGAGAGACCACTTCCTCACCACCCAGCTACTTCACTTCTCTCCCGGTATCAGCCCTATAGTTGGACCTAGGCTTTCAGAAGTGTAAGTGTGCAAACAAGTTTGGGTTGGACTTTAAGAGGACACTTTGTCATAGAAGAAAATCCAGTATCTCTAAGCTGGTTTTCTTTTCAGGAAAACATCCTGAGGGACCAGTAAGCAGGGAGATCCTTTTTCTAGTTTGCCTGTAGAGTTAGGAAGACAGTTGATTTTTCAGTCTTTCACAGGATGCTTAAACAAAGCTGTGTAATTACATAAGGTCAATCTTTATCTTGCCTAAGAAGATAAAGTGGGAATCTTCACTCCGCCAGGGCAAATTTCCAAGGAGCTCATTTATTCCATGTCTTTCAAACTTTCATGTGATACATTTCTCTTTCACATTGTTGCTGATTTCCAAATAGCTGTCAGCTAGTTTTTTTCTCCCCCTTGCCTATTCTTCACTATTTTGATAGCAAAGCTCATAGAATTAGGGGACTTAGAAGATGCTTTGTAAACATCGCCACAAAGGAACTGCTGAAATGATTCACAGGAAGACTGGTCAGTTGGGAGAAAGATCCTAAAGATGTTACACTGGTTTTCAACAACATGCTTAGAGAATTCTTGAAGCAGATAGGTGTCAACCCAGTGAAAACAACATTTTGATTTTTTTTTT <434506 <329391,<434711 1 A <434722 <434641,<380220 1169 GTGAGTATTTGTCCATACCAGCAATAAGCTTCTGGGGCCAAAGAGGTTTATTTTAAAATAACTTACATGAACTTCACCTTTTTTTTTATTTCTTCTTCTTCAAAAAAAACAAACAAAAGGGATATATGTGCAGAATGTGCAGGTTTGTATGTGCAGTTTATTTTAAAATAACTTACATGAACTTCACCTTTTTTTTCTTTATTTCTTCTTCTTCTTCAAAAAACAAACAAAAGGGATATATGTGCAGAACTGCAGGTATACGTATGCCATGGTGGTTTGCTACACTTTTCAACCTATCATCTAAGTTCCCTCCCCTCACTCCCCTGACCTCCAACAGGCCCCAGTGTGTGTTGTTTCCTTCTCTGTGTCCATTTGTTCTCAGTATTTGAATCCCACTTACGAGTAAGAACATGCGGTATTTGGTTTTCTGTTCCTGTGTTAGTTTGCTGAGGATGATGGCTTCCAGTTTCATCCATGTTTCTGTAAAGGACATGCTCTCATTCCTTTTTATACCTGCATAGTATTCCATGGTGTATATGTACCACATTTTCTTTATCCAGTCTATCAGTGATGGGCATTTGGGTTGGGTCCATGTCTTTGCTATTGTACATAGTGCTGCAATAAATATATATATGTATGTTCCCTTATAGTAGAATGATTTATATTCTTTGGGTATATACCTAGTAATGGGATTGCTGGGTCAAATGGTATTTCTAGTTCTAGATCCTTGAGGAATGCCCATACTGTCTTCCACAATGGTTGAATTAATTAACTTTCCCACCAACAGTGTAAGAGCGTTCCCATTTCTCCACATCCTCTCCAGTATTGTTTCCTGACTTTTTAATAATCTCCATTCTAATCGGCGTGAAATGGCATCTCACTGTGGTTTTGATTTGCATTTCTCTGGTGATCAGTGATGTTGAGCTTCTTTCGTATGTTTTTTGGCCACGTAAATGTCTTTTTTTGAGACGTGTCTGTTCATATCCTTTGCCCACTTTTTGATGGCGTTGTTTGTCTTTCTCTTGTAAACATGTTTAAGTCCCTTGTAAATTCTGGATATTAGATCATTGTCAGATGGGTAGCTTGCAAAAATTTTCTCCCAGTCTGTAGGTTGCTTGTTCACTTTGATGATAGCTTTTTGTTTTTTTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT 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433769 <420129,>108099 1 A 433588 <428124,>413726 348 ATAGTGTCCTCTGAGTATCTCACCAGGAGATGTCAGAAACAAGGTGCTGACTGAGCTGCTCCGGCCCATGTTCCCACCCTCCTGGGCATGCCCTCCAGGCCTCCAGCTCTGCCCCACCCTCCTTGCTGACTCTGCTCTTTCTGTTCCACCCATGGGCCAGGCCAGGCCACCACAGATTGAGGCTGGGATCTTGCAGCCACCTCTGGCCACCAGCCTAGGCCCAGCCAGGACCCAGGCAGACTTTAAGATCCCCACCTGCCTGGCGCAGCCCCTATCCCCCAGGGAGCAGGGGACCCTGCACGGGGCCAGCACAAGCCCCAGGCTTGGCTGCCTGCTCCTTGCCCTTCT 433661 <401045,<423231 1 A [2023-04-19T21:15:12+0800] [MainThread] [I] [toil-rt] 2023-04-19 21:15:12.987648: Successfully ran: "gfaffix /tmp/1def7108a501558fb5f33200c5c25780/c36e/1fa5/tmpz50s30ha/all.vg.gfa --output_refined /tmp/1def7108a501558fb5f33200c5c25780/c36e/1fa5/tmpz50s30ha/all.vg.gfaffixed.gfa --check_transformation --dont_collapse GRCh38" in 507.5077 seconds [2023-04-19T21:15:12+0800] [MainThread] [I] [toil-rt] 2023-04-19 21:15:12.988338: Running the command: "head -1 /tmp/1def7108a501558fb5f33200c5c25780/c36e/1fa5/tmpz50s30ha/all.vg.gfa" [2023-04-19T21:15:13+0800] [MainThread] [I] [toil-rt] 2023-04-19 21:15:13.087492: Successfully ran: "head -1 /tmp/1def7108a501558fb5f33200c5c25780/c36e/1fa5/tmpz50s30ha/all.vg.gfa" in 0.0034 seconds [2023-04-19T21:15:13+0800] [MainThread] [I] [toil-rt] 2023-04-19 21:15:13.088085: Running the command: "sed -i /tmp/1def7108a501558fb5f33200c5c25780/c36e/1fa5/tmpz50s30ha/all.vg.gfaffixed.gfa -e 1s/./H VN:Z:1.1 RS:Z:GRCh38 MINIGRAPH/" [2023-04-19T21:15:23+0800] [MainThread] [I] [toil-rt] 2023-04-19 21:15:23.300371: Successfully ran: "sed -i /tmp/1def7108a501558fb5f33200c5c25780/c36e/1fa5/tmpz50s30ha/all.vg.gfaffixed.gfa -e 1s/./H VN:Z:1.1 RS:Z:GRCh38 MINIGRAPH/" in 10.1853 seconds [2023-04-19T21:15:23+0800] [MainThread] [I] [toil-rt] 2023-04-19 21:15:23.301361: Running the command: "bash -c set -eo pipefail && vg convert -g -p /tmp/1def7108a501558fb5f33200c5c25780/c36e/1fa5/tmpz50s30ha/all.vg.gfaffixed.gfa | vg mod -u -" [2023-04-19T21:27:02+0800] [MainThread] [W] [toil.fileStores.abstractFileStore] Failed job accessed files: [2023-04-19T21:27:02+0800] [MainThread] [W] [toil.fileStores.abstractFileStore] Downloaded file 'files/no-job/file-9d4dd354ea7b4613a65fdfc5ed1b327a/all.vg' to path '/tmp/1def7108a501558fb5f33200c5c25780/c36e/1fa5/tmpz50s30ha/all.vg' Traceback (most recent call last): File "/tools/cactus-bin-v2.5.0/cactus_250_env/lib/python3.9/site-packages/toil/worker.py", line 403, in workerScript job._runner(jobGraph=None, jobStore=jobStore, fileStore=fileStore, defer=defer) File "/tools/cactus-bin-v2.5.0/cactus_250_env/lib/python3.9/site-packages/toil/job.py", line 2743, in _runner returnValues = self._run(jobGraph=None, fileStore=fileStore) File "/tools/cactus-bin-v2.5.0/cactus_250_env/lib/python3.9/site-packages/toil/job.py", line 2660, in _run return self.run(fileStore) File "/tools/cactus-bin-v2.5.0/cactus_250_env/lib/python3.9/site-packages/toil/job.py", line 2888, in run rValue = userFunction(((self,) + tuple(self._args)), **self._kwargs) File "/tools/cactus-bin-v2.5.0/cactus_250_env/lib/python3.9/site-packages/cactus/refmap/cactus_graphmap_join.py", line 383, in clip_vg cactus_call(parameters=conv_cmd, outfile=normalized_path) File "/tools/cactus-bin-v2.5.0/cactus_250_env/lib/python3.9/site-packages/cactus/shared/common.py", line 839, in cactus_call raise RuntimeError("{}Command {} exited {}: {}".format(sigill_msg, call, process.returncode, out)) RuntimeError: Command ['bash', '-c', 'set -eo pipefail && vg convert -g -p /tmp/1def7108a501558fb5f33200c5c25780/c36e/1fa5/tmpz50s30ha/all.vg.gfaffixed.gfa | vg mod -u -'] exited 1: stdout=None, stderr=terminate called after throwing an instance of 'std::runtime_error' what(): Reference path cannot have a phase block ERROR: Signal 6 occurred. VG has crashed. Visit https://github.com/vgteam/vg/issues/new/choose to report a bug. Stack trace path: /tmp/vg_crash_fj6DFt/stacktrace.txt Please include the stack trace file in your bug report! error[VPKG::load_one]: Correct input type not found in standard input while loading handlegraph::MutablePathDeletableHandleGraph

    [2023-04-19T21:27:02+0800] [MainThread] [E] [toil.worker] Exiting the worker because of a failed job on host clc009

<========= [2023-04-19T21:27:05+0800] [MainThread] [W] [toil.job] Due to failure we are reducing the remaining try count of job 'clip_vg' kind-clip_vg/instance-81ccpypk v5 with ID kind-clip_vg/instance-81ccpypk to 0 [2023-04-19T21:27:05+0800] [MainThread] [W] [toil.leader] Job 'clip_vg' kind-clip_vg/instance-81ccpypk v6 is completely failed [2023-04-19T21:27:11+0800] [MainThread] [I] [toil.leader] Finished toil run with 2 failed jobs. [2023-04-19T21:27:11+0800] [MainThread] [I] [toil.leader] Failed jobs at end of the run: 'Job' kind-graphmap_join_workflow/instance-ksz0rzwj v3 'clip_vg' kind-clip_vg/instance-81ccpypk v6

Workflow Progress 100%|████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 3/3 (2 failures) [43:45<00:00, 0.00 jobs/s] [2023-04-19T21:27:11+0800] [MainThread] [I] [toil.realtimeLogger] Stopping real-time logging server. [2023-04-19T21:27:12+0800] [MainThread] [I] [toil.realtimeLogger] Joining real-time logging server thread. Traceback (most recent call last): File "/tools/cactus-bin-v2.5.0/cactus_250_env/bin/cactus-graphmap-join", line 8, in sys.exit(main()) File "/tools/cactus-bin-v2.5.0/cactus_250_env/lib/python3.9/site-packages/cactus/refmap/cactus_graphmap_join.py", line 98, in main graphmap_join(options) File "/tools/cactus-bin-v2.5.0/cactus_250_env/lib/python3.9/site-packages/cactus/refmap/cactus_graphmap_join.py", line 237, in graphmap_join wf_output = toil.start(Job.wrapJobFn(graphmap_join_workflow, options, config, vg_ids, hal_ids)) File "/tools/cactus-bin-v2.5.0/cactus_250_env/lib/python3.9/site-packages/toil/common.py", line 1030, in start return self._runMainLoop(rootJobDescription) File "/tools/cactus-bin-v2.5.0/cactus_250_env/lib/python3.9/site-packages/toil/common.py", line 1470, in _runMainLoop return Leader(config=self.config, File "/tools/cactus-bin-v2.5.0/cactus_250_env/lib/python3.9/site-packages/toil/leader.py", line 330, in run raise FailedJobsException(self.jobStore, failed_jobs, exit_code=self.recommended_fail_exit_code) toil.leader.FailedJobsException: The job store '/wd/02.MC/jobstore' contains 2 failed jobs: 'Job' kind-graphmap_join_workflow/instance-ksz0rzwj v3, 'clip_vg' kind-clip_vg/instance-81ccpypk v6 Log from job "'clip_vg' kind-clip_vg/instance-81ccpypk v6" follows: =========> ACTGAACCTTGTAGGATAAGGCCCACTAGCCTGGGATGCTAGTGAGGCCACCCTAGTCCTCCTGAGTTCTCCAGCTGGGAGCAGCTCTACACTTCTCCGGCATGAAGCTCCCAGAGAGAGAGGCAGTCCACCTTTTTGCTGTCTCGCAACCCTCCCTCCTGCTGCTCTCAGGCTTGGGAGGGTGCACAGCAATTAGGGACTATCACAGAACCCCAGCACAGTGCATCTGGTGAACTTAAAAAAATCAACAAGTGAAAAACAAACAATCCCATTTAAACGTACACAAAGTACATGAATGGACACTTTCAAAGGAGGGCATACATGTGGCCAGAAAGCATATGACAAAATGCTCAACATCACTAATCATTAGAGAAATGCAAATCAAAACCATAATGAGATACCATCTCACACCAATGAGAATGGCTATTATTAAAATCTCAAAAAATAAGAGATGCTAGTGAGGTTGTGGAGAAAAGGGAATGATTATACAGTGATGGTGGGAATGTAAAGTAGTCGAGCCATTGTGGAAAGCAGTGTGGCAATTTCTCAAAGAACTCAAAGCAGAAGTGCCATTCAACTCATCAATCCTACTATTGAGTGTATACCAAAAGAAATACAAATCATTCTACCATAAAGACACATGCACGTGTATGTTCACTGCAGCACTTTTCACAATAGCAAAGACATGGAATCAACCTAAATGCCCATCAGTGGTAGACTGGATGAAGAAAATGTGGTAGATATACAACATGGAATACTATGCAGCCGTAAAAAGAATGAGATCATCTCTTTTCCAGCAACATGGGTGGAGCTGGAGGCCATTATCCTAGAAAACCCAATACCATATGTTCTCACTTATAAGGGGAGCTAAACATTGAGTACATATGGACACAAATGGAACAACAGACACTAGGGCCTACTTTAGAGTGGACGGAGGAAGGAGGATGAAAATTAAAAAATTACCTACTGGGTACTATGCTTATTATCTGGGTTATGAAATAATCTATACACCAAACCCCGTGACTCACAATTTACCTATATAAATGCGTTAAGTAACTCACATGTGTACCCCTGAACCAGAAATAAAAGTTAAAAAAAAGAGAAAAGTAAGTGTTCTCAGTATTAAAAACCTATGTTTTTGTTGACAATTATGTAAATTTCTACATTTATTTTTTGAAATCTTTTAATTTTCATTTTGGTTACCTGTTATTGTACTCTGACAAAGTGTTTTAAACTGTTTGATGTTTTTGACAAACTTCCCAAAATAATATTTTAAATTAACTCTTTTTGCCCTCAAGTTAATTTTGATGTTTCTCATTTGGACCCCTGGAAAGATCAAAGAATGTGTATCTCACATTGTAAAGAGATATATTAAACTAATAAGACTTACTTGATATATTAAATTATATAGGGAGTATTGTCAAATACTAAGTGGTGCTAAACCTTCTTTAAGTTGTATTTCAGAATGTTATTGATATGTGTTACAAAATTATATTAAATTCTTCAAAATCTGATATGTTATCGGTCATAATCTTGGTTATTATCTTCAAGTTTTGTATGCCACAGAAATAAACAAATTTCTTTGTCAATTACATTATTATTATAATAAACTCCATGAGATTTTTAACCATGGCCACTCTAAGTCTGTCATCCACAGGGACTGATTGCTTTCATTCTTTTCTAAAAGCATTTGCAATCAGCTACAATAAAAAATTGCCTCTTCTCTGAAACTGATGATCCATTAAGGTTTAACCCATATACTCCTCTATATACCTCTACAGCCTCCCCAAATCAAGTTGATATATTCCCCTAGCAGTCTGTGCAATGGAGACCAACATTAAATTCTTTTAGATTGTTTTAAATTACATTTTTGAACTTCCAGTTTATTACATACCAAGAGTTCATTACAACCTCCTTGTTTCGTAAGTGGAAGCTATGTTAGGGTTGGATGTGGGTGCCATAATTTCTTCAAGGATCCTGGACAGAGACCCACATCAGGATCAGAAACCCTATGATAGCATTACAGATCTCATGGCTCAATAATCCTTGAAGATTATAATTTTCATCCTATCAGTTGGACTTTCTGTCACTTTTCCTGCATTAAGTCTCCTGGTATCAAACAGAGCTCTGTGGTGTCACTGACTGAGGAATGGAATAGAGATGTCCACGAGGGGTCTTGATATCATTACTGCACAGAGATGTGAAAGGAGAGACCACTTCCTCACCACCCAGCTACTTCACTTCTCTCCCGGTATCAGCCCTATAGTTGGACCTAGGCTTTCAGAAGTGTAAGTGTGCAAACAAGTTTGGGTTGGACTTTAAGAGGACACTTTGTCATAGAAGAAAATCCAGTATCTCTAAGCTGGTTTTCTTTTCAGGAAAACATCCTGAGGGACCAGTAAGCAGGGAGATCCTTTTTCTAGTTTGCCTGTAGAGTTAGGAAGACAGTTGATTTTTCAGTCTTTCACAGGATGCTTAAACAAAGCTGTGTAATTACATAAGGTCAATCTTTATCTTGCCTAAGAAGATAAAGTGGGAATCTTCACTCCGCCAGGGCAAATTTCCAAGGAGCTCATTTATTCCATGTCTTTCAAACTTTCATGTGATACATTTCTCTTTCACATTGTTGCTGATTTCCAAATAGCTGTCAGCTAGTTTTTTTCTCCCCCTTGCCTATTCTTCACTATTTTGATAGCAAAGCTCATAGAATTAGGGGACTTAGAAGATGCTTTGTAAACATCGCCACAAAGGAACTGCTGAAATGATTCACAGGAAGACTGGTCAGTTGGGAGAAAGATCCTAAAGATGTTACACTGGTTTTCAACAACATGCTTAGAGAATTCTTGAAGCAGATAGGTGTCAACCCAGTGAAAACAACATTTTGATTTTTTTTTT <434506 <329391,<434711 1 A <434722 <434641,<380220 1169 GTGAGTATTTGTCCATACCAGCAATAAGCTTCTGGGGCCAAAGAGGTTTATTTTAAAATAACTTACATGAACTTCACCTTTTTTTTTATTTCTTCTTCTTCAAAAAAAACAAACAAAAGGGATATATGTGCAGAATGTGCAGGTTTGTATGTGCAGTTTATTTTAAAATAACTTACATGAACTTCACCTTTTTTTTCTTTATTTCTTCTTCTTCTTCAAAAAACAAACAAAAGGGATATATGTGCAGAACTGCAGGTATACGTATGCCATGGTGGTTTGCTACACTTTTCAACCTATCATCTAAGTTCCCTCCCCTCACTCCCCTGACCTCCAACAGGCCCCAGTGTGTGTTGTTTCCTTCTCTGTGTCCATTTGTTCTCAGTATTTGAATCCCACTTACGAGTAAGAACATGCGGTATTTGGTTTTCTGTTCCTGTGTTAGTTTGCTGAGGATGATGGCTTCCAGTTTCATCCATGTTTCTGTAAAGGACATGCTCTCATTCCTTTTTATACCTGCATAGTATTCCATGGTGTATATGTACCACATTTTCTTTATCCAGTCTATCAGTGATGGGCATTTGGGTTGGGTCCATGTCTTTGCTATTGTACATAGTGCTGCAATAAATATATATATGTATGTTCCCTTATAGTAGAATGATTTATATTCTTTGGGTATATACCTAGTAATGGGATTGCTGGGTCAAATGGTATTTCTAGTTCTAGATCCTTGAGGAATGCCCATACTGTCTTCCACAATGGTTGAATTAATTAACTTTCCCACCAACAGTGTAAGAGCGTTCCCATTTCTCCACATCCTCTCCAGTATTGTTTCCTGACTTTTTAATAATCTCCATTCTAATCGGCGTGAAATGGCATCTCACTGTGGTTTTGATTTGCATTTCTCTGGTGATCAGTGATGTTGAGCTTCTTTCGTATGTTTTTTGGCCACGTAAATGTCTTTTTTTGAGACGTGTCTGTTCATATCCTTTGCCCACTTTTTGATGGCGTTGTTTGTCTTTCTCTTGTAAACATGTTTAAGTCCCTTGTAAATTCTGGATATTAGATCATTGTCAGATGGGTAGCTTGCAAAAATTTTCTCCCAGTCTGTAGGTTGCTTGTTCACTTTGATGATAGCTTTTTGTTTTTTTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT <434658 <434639,>434723,>434724 958 TTTTTTCTTTATTTCTTCTTCTTCTTCAAAAAACAAACAAAAGGGATATATGTGCAGAACTGCAGGTATACGTATGCCATGGTGGTTTGCTACACTTTTCAACCTATCATCTAAGTTCCCTCCCCTCACTCCCCTGACCTCCAACAGGCCCCAGTGTGTGTTGTTTCCTTCTCTGTGTCCATTTGTTCTCAGTATTTGAATCCCACTTACGAGTAAGAACATGCGGTATTTGGTTTTCTGTTCCTGTGTTAGTTTGCTGAGGATGATGGCTTCCAGTTTCATCCATGTTTCTGTAAAGGACATGCTCTCATTCCTTTTTATACCTGCATAGTATTCCATGGTGTATATGTACCACATTTTCTTTATCCAGTCTATCAGTGATGGGCATTTGGGTTGGGTCCATGTCTTTGCTATTGTACATAGTGCTGCAATAAATATATATATGTATGTTCCCTTATAGTAGAATGATTTATATTCTTTGGGTATATACCTAGTAATGGGATTGCTGGGTCAAATGGTATTTCTAGTTCTAGATCCTTGAGGAATGCCCATACTGTCTTCCACAATGGTTGAATTAATTAACTTTCCCACCAACAGTGTAAGAGCGTTCCCATTTCTCCACATCCTCTCCAGTATTGTTTCCTGACTTTTTAATAATCTCCATTCTAATCGGCGTGAAATGGCATCTCACTGTGGTTTTGATTTGCATTTCTCTGGTGATCAGTGATGTTGAGCTTCTTTCGTATGTTTTTTGGCCACGTAAATGTCTTTTTTTGAGACGTGTCTGTTCATATCCTTTGCCCACTTTTTGATGGCGTTGTTTGTCTTTCTCTTGTAAACATGTTTAAGTCCCTTGTAAATTCTGGATATTAGATCATTGTCAGATGGGTAGCTTGCAAAAATTTTCTCCCAGTCTGTAGGTTGCTTGTTCACTTTGATGATAGCTTTTTGTTTTTTT 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CCCGTTGTTTGTTTTTGTTGGCCTTGTCCAAGATCAGATGGTGGTAAGTGTGCAGCTTTATTTTTGAGTGTTCTATTCTGTTCCATTGGCTTAAGTGTCTGCTTTTGTAACAGTATCATGGTTAGTGTACACTTATAGTATAGCTGGAAATTGGGTAGTATGATGCCTCTCTGGCTTTATTATTTTTGCTCAGAATTGCTTTGGCCATTCTGGCTTTTGGGGGTGTTCCATATAAATTTAGAATAGTTTTTTCTAATTCTGTGAAGAATGATGTTGGTAGTTTCATGGAGATAGCCTTGAATCTACAAATTGCTTTGGGCAGTATGGCCATTTTAACAATATTGATTCTTTTAATCTGTAAACATGGAATGTTATTCCATTTATTTGTGTTATCAAAATTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTC

433769 <420129,>108099 1 A 433588 <428124,>413726 348 ATAGTGTCCTCTGAGTATCTCACCAGGAGATGTCAGAAACAAGGTGCTGACTGAGCTGCTCCGGCCCATGTTCCCACCCTCCTGGGCATGCCCTCCAGGCCTCCAGCTCTGCCCCACCCTCCTTGCTGACTCTGCTCTTTCTGTTCCACCCATGGGCCAGGCCAGGCCACCACAGATTGAGGCTGGGATCTTGCAGCCACCTCTGGCCACCAGCCTAGGCCCAGCCAGGACCCAGGCAGACTTTAAGATCCCCACCTGCCTGGCGCAGCCCCTATCCCCCAGGGAGCAGGGGACCCTGCACGGGGCCAGCACAAGCCCCAGGCTTGGCTGCCTGCTCCTTGCCCTTCT 433661 <401045,<423231 1 A [2023-04-19T21:15:12+0800] [MainThread] [I] [toil-rt] 2023-04-19 21:15:12.987648: Successfully ran: "gfaffix /tmp/1def7108a501558fb5f33200c5c25780/c36e/1fa5/tmpz50s30ha/all.vg.gfa --output_refined /tmp/1def7108a501558fb5f33200c5c25780/c36e/1fa5/tmpz50s30ha/all.vg.gfaffixed.gfa --check_transformation --dont_collapse GRCh38" in 507.5077 seconds [2023-04-19T21:15:12+0800] [MainThread] [I] [toil-rt] 2023-04-19 21:15:12.988338: Running the command: "head -1 /tmp/1def7108a501558fb5f33200c5c25780/c36e/1fa5/tmpz50s30ha/all.vg.gfa" [2023-04-19T21:15:13+0800] [MainThread] [I] [toil-rt] 2023-04-19 21:15:13.087492: Successfully ran: "head -1 /tmp/1def7108a501558fb5f33200c5c25780/c36e/1fa5/tmpz50s30ha/all.vg.gfa" in 0.0034 seconds [2023-04-19T21:15:13+0800] [MainThread] [I] [toil-rt] 2023-04-19 21:15:13.088085: Running the command: "sed -i /tmp/1def7108a501558fb5f33200c5c25780/c36e/1fa5/tmpz50s30ha/all.vg.gfaffixed.gfa -e 1s/./H VN:Z:1.1 RS:Z:GRCh38 MINIGRAPH/" [2023-04-19T21:15:23+0800] [MainThread] [I] [toil-rt] 2023-04-19 21:15:23.300371: Successfully ran: "sed -i /tmp/1def7108a501558fb5f33200c5c25780/c36e/1fa5/tmpz50s30ha/all.vg.gfaffixed.gfa -e 1s/./H VN:Z:1.1 RS:Z:GRCh38 MINIGRAPH/" in 10.1853 seconds [2023-04-19T21:15:23+0800] [MainThread] [I] [toil-rt] 2023-04-19 21:15:23.301361: Running the command: "bash -c set -eo pipefail && vg convert -g -p /tmp/1def7108a501558fb5f33200c5c25780/c36e/1fa5/tmpz50s30ha/all.vg.gfaffixed.gfa | vg mod -u -" [2023-04-19T21:27:02+0800] [MainThread] [W] [toil.fileStores.abstractFileStore] Failed job accessed files: [2023-04-19T21:27:02+0800] [MainThread] [W] [toil.fileStores.abstractFileStore] Downloaded file 'files/no-job/file-9d4dd354ea7b4613a65fdfc5ed1b327a/all.vg' to path '/tmp/1def7108a501558fb5f33200c5c25780/c36e/1fa5/tmpz50s30ha/all.vg' Traceback (most recent call last): File "/tools/cactus-bin-v2.5.0/cactus_250_env/lib/python3.9/site-packages/toil/worker.py", line 403, in workerScript job._runner(jobGraph=None, jobStore=jobStore, fileStore=fileStore, defer=defer) File "/tools/cactus-bin-v2.5.0/cactus_250_env/lib/python3.9/site-packages/toil/job.py", line 2743, in _runner returnValues = self._run(jobGraph=None, fileStore=fileStore) File "/tools/cactus-bin-v2.5.0/cactus_250_env/lib/python3.9/site-packages/toil/job.py", line 2660, in _run return self.run(fileStore) File "/tools/cactus-bin-v2.5.0/cactus_250_env/lib/python3.9/site-packages/toil/job.py", line 2888, in run rValue = userFunction(((self,) + tuple(self._args)), **self._kwargs) File "/tools/cactus-bin-v2.5.0/cactus_250_env/lib/python3.9/site-packages/cactus/refmap/cactus_graphmap_join.py", line 383, in clip_vg cactus_call(parameters=conv_cmd, outfile=normalized_path) File "/tools/cactus-bin-v2.5.0/cactus_250_env/lib/python3.9/site-packages/cactus/shared/common.py", line 839, in cactus_call raise RuntimeError("{}Command {} exited {}: {}".format(sigill_msg, call, process.returncode, out)) RuntimeError: Command ['bash', '-c', 'set -eo pipefail && vg convert -g -p /tmp/1def7108a501558fb5f33200c5c25780/c36e/1fa5/tmpz50s30ha/all.vg.gfaffixed.gfa | vg mod -u -'] exited 1: stdout=None, stderr=terminate called after throwing an instance of 'std::runtime_error' what(): Reference path cannot have a phase block ERROR: Signal 6 occurred. VG has crashed. Visit https://github.com/vgteam/vg/issues/new/choose to report a bug. Stack trace path: /tmp/vg_crash_fj6DFt/stacktrace.txt Please include the stack trace file in your bug report! error[VPKG::load_one]: Correct input type not found in standard input while loading handlegraph::MutablePathDeletableHandleGraph

    [2023-04-19T21:27:02+0800] [MainThread] [E] [toil.worker] Exiting the worker because of a failed job on host clc009

Any suggestions will be highly appreciated.

Thank You! -Zoey

glennhickey commented 1 year ago

You need to run all steps with cactus >= v.2.5.0 for this to work, not just cactus-graphmap-join. There's also an exmaple in the README on how exactly to do this with cactus-pangenome.

Zoeyoungxy commented 1 year ago

You need to run all steps with cactus >= v.2.5.0 for this to work, not just cactus-graphmap-join. There's also an exmaple in the README on how exactly to do this with cactus-pangenome.

OK, I will try to follow the example. Thank you! Actually, I re-run all the steps using cactus_v2.5.0, including cactus-minigraph cactus-graphmap cactus-align and cactus-graphmap-join, it still crashed when running cactus-graphmap-join. Thank you again!

glennhickey commented 1 year ago

Can you please send the command lines you used to get the crash with v2.5.0?

Zoeyoungxy commented 1 year ago

Can you please send the command lines you used to get the crash with v2.5.0?

Sure! I used snakemake and here are command lines: `rule run_minigraph: input: filelist = "{wd}/01.get_fa/filelist.txt" output: gfa_file = "{wd}/02.MC/out/minigraph.{out_prefix}.gfa", log_file = "{wd}/02.MC/out/log/{out_prefix}.minigraph.log" params: reference = "GRCh38" threads: threads shell: """ cactus-minigraph {wd}/02.MC/jobstore {input.filelist} {output.gfa_file} --reference {params.reference} --mapCores {threads} --realTimeLogging --logFile {output.log_file} """

Define rule to remove the prefix of headers in fasta file

rule adjust_assembly_fasta: input: gfa_file = "{wd}/02.MC/out/minigraph.{out_prefix}.gfa", assembly_fasta = lambda wildcards:wd+'/01.get_fa/loci_fa/'+wildcards.assembly+'.'+out_prefix+".fa", output: fasta = "{wd}/02.MC/loci_fa/{assembly}.{out_prefix}.fa" shell: """ sed "s/{wildcards.assembly}#//g" {input.assembly_fasta} > {output.fasta} """

Define rule to prepare the filelist for MC pipeline

rule adjust_filelist: input: gfa_file = f"{wd}/02.MC/out/minigraph.{out_prefix}.gfa", filelist = f"{wd}/01.get_fa/filelist.txt", pp_assemblies = expand(wd+"/02.MC/loci_fa/{assembly}."+out_prefix+".fa",assembly = assemblies), output: pp = f"{wd}/02.MC/filelist.pp.txt", shell: """ sed {input.filelist} -e "s%01.get_fa%02.MC%g" | grep -v ';' > {output.pp} ln -f -s {wd}/01.get_fa/ref.chr{chrnum}{start}_{end}.fa {wd}/02.MC """

Define rule to run cactus-graphmap

rule cactus_graphmap: input: filelist = f"{wd}/02.MC/filelist.pp.txt", minigraph_gfa = "{wd}/02.MC/out/minigraph.{out_prefix}.gfa" output: paf = "{wd}/02.MC/out/{out_prefix}.paf", fasta = "{wd}/02.MC/out/{out_prefix}.gfa.fa.gz", log_file = "{wd}/02.MC/out/log/{out_prefix}.graphmap.log" params: reference = "GRCh38", mapCores = 4 threads: threads shell: """ cactus-graphmap {wd}/02.MC/jobstore {input.filelist} {input.minigraph_gfa} {output.paf} --reference {params.reference} --mapCores {params.mapCores} --outputFasta {output.fasta} --realTimeLogging --logFile {output.log_file} """

Define rule to run cactus-align

rule cactus_align: input: filelist = "{wd}/02.MC/filelist.pp.txt", paf = "{wd}/02.MC/out/{out_prefix}.paf" output: hal = "{wd}/02.MC/out/{out_prefix}.hal", vg = "{wd}/02.MC/out/{out_prefix}.vg", log_file = "{wd}/02.MC/out/log/{out_prefix}.align.log" params: reference = "GRCh38", threads: threads shell: """ cactus-align {wd}/02.MC/jobstore {input.filelist} {input.paf} {output.hal} --pangenome --outVG --reference {params.reference} \ --consCores {threads} --realTimeLogging --logFile {output.log_file} """

Define rule to run cactus-graphmap-join

gfa = "{wd}/02.MC/out/"+out_prefix+".gfa.gz",

rule cactus_graphmap_join: input: vg = "{wd}/02.MC/out/"+out_prefix+".vg" output: vcf = "{wd}/02.MC/out/"+out_prefix+".vcf.gz", gfa = "{wd}/02.MC/out/"+out_prefix+".gfa.gz", log_file = "{wd}/02.MC/out/log/"+out_prefix+".join.log" params: reference = "GRCh38", threads: threads shell: """ cactus-graphmap-join {wd}/02.MC/jobstore --vg {input.vg} --outDir {wd}/02.MC/out/ --outName {out_prefix} --reference {params.reference} --indexCores {threads} --vcf --giraffe --realTimeLogging --logFile {output.log_file} """`