jemilianosf
commented
4 years ago Aquí hay algunas herramientas que hacen algo parecido, aunque no necesariamente dentro de R. https://hicexplorer.readthedocs.io/en/latest/content/tools/hicConvertFormat.html#hicconvertformat https://github.com/4dn-dcic/hic2cool https://bioconductor.org/packages/release/bioc/manuals/HiCcompare/man/HiCcompare.pdf
En el análisis de datos de HiC, HiChip y varios *C, existen varios pipelines para alinear los datos contra un genoma de referencia que normalmente generan archivos bam, además de otros formatos específicos para cada pipeline. Supongamos que queremos hacer un "peak calling" para identificar "loops" o "TADs" en el genoma. Podríamos usar Juicer, cLoops, etc. Sin embargo, estos softwares usan diferentes formatos de entrada, específicos de cada pipeline, por lo que se tiene que invertir tiempo en reformatear los datos. Podríamos escribir un paquete con dos funciones, import y export, que permita transformar rápidamente de un formato a otro.