Error when running model 515 - T2w-only - Githubissues

DCAN-Labs / BIBSnet

This BIDS App provides the utility of creating a nnU-Net anatomical MRI segmentation and mask with a infant brain trained model. It can easily be included in other processing pipelines and for circumventing JLF within Nibabies.

https://bibsnet.readthedocs.io/en/latest/

Apache License 2.0

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Error when running model 515 - T2w-only #65

Closed audreymhoughton closed 1 year ago

audreymhoughton commented 1 year ago

Hi @hough129, thanks for pointing to a solution. I am testing with model 515 (T2w-only). However, it threw an error:

CABINET: error: CABINET needs T1w data at the path below to run model 515, but none was found.

docker version: dcanumn/cabinet:2.4.2 parameters: participant -participant sub-13399 -ses ses-newborn -age 1 -jargs /param_file.json -end postbibsnet -start prebibsnet --model-number 515 -w /work_tmp -v

Thank you in advance!

Originally posted by @yanbin-niu in https://github.com/DCAN-Labs/CABINET/issues/59#issuecomment-1636113718

audreymhoughton commented 1 year ago

@yanbin-niu - starting a new issue here to keep things organized!

Can you please send me a tree of your input directory please?

yanbin-niu commented 1 year ago

Thank you for your attention @hough129 !! I would also like to add that: I actually tried 514, 515, and 551. They all threw the same error reporting that "T1w was needed and none was found" (no matter I removed T1w or not). And when I did not specify -model or --model-number, it works fine.

audreymhoughton commented 1 year ago

@yanbin-niu , thanks for the additional info. I cannot assess the issue until I know the input directory structure.

Also, please send your full run command as well! Thanks.

yanbin-niu commented 1 year ago

For the complete error message:

it did say: "/input/sub-13399/ses-newborn/anat/*T1w.nii.gz"

However, I did have *T1w.nii.gz:

yanbin-niu commented 1 year ago

And full command: docker run -t -v /Users/sealab/Documents/MRI/BABIES/Newborn/bids:/input -v /Users/sealab/Documents/MRI/BABIES/Newborn/derivatives/CABINET:/output -v /Users/sealab/Documents/MRI/BABIES/Newborn/derivatives/work/cabinet_work:/work_tmp -v /Users/sealab/Documents/MRI/BABIES/CABINET_parameter/parameter-file-container.json:/param_file.json dcanumn/cabinet:2.4.2 /input /output participant -participant sub-13399 -ses ses-newborn -age 1 -jargs /param_file.json -end postbibsnet -start prebibsnet --model-number 515 -w /work_tmp -v

audreymhoughton commented 1 year ago

Can you run the tree command at/Users/sealab/Documents/MRI/BABIES/Newborn/bids ?

I wish to see the entire BIDS directory's contents.

https://www.cyberciti.biz/faq/linux-show-directory-structure-command-line/

yanbin-niu commented 1 year ago

Sorry for the multiple posts. Also want to add that: I just tried to remove T1w and did not specify -model. It looks working.

Here is the entire contents (sorry for its length): . ├── README ├── dataset_description.json ├── participants.tsv ├── sub-1017 │ ├── ses-newborn │ │ ├── anat │ │ │ ├── sub-1017_ses-newborn_T1w.json │ │ │ ├── sub-1017_ses-newborn_T1w.nii.gz │ │ │ ├── sub-1017_ses-newborn_T2w.json │ │ │ ├── sub-1017_ses-newborn_T2w.nii.gz │ │ │ ├── sub-1017_ses-newborn_acq-Blackford_run-01_sliceT2.json │ │ │ ├── sub-1017_ses-newborn_acq-Blackford_run-01_sliceT2.nii.gz │ │ │ ├── sub-1017_ses-newborn_acq-Blackford_run-02_sliceT2.json │ │ │ ├── sub-1017_ses-newborn_acq-Blackford_run-02_sliceT2.nii.gz │ │ │ ├── sub-1017_ses-newborn_acq-b1mapE1_VFA.json │ │ │ ├── sub-1017_ses-newborn_acq-b1mapE1_VFA.nii.gz │ │ │ ├── sub-1017_ses-newborn_acq-b1mapE2_VFA.json │ │ │ ├── sub-1017_ses-newborn_acq-b1mapE2_VFA.nii.gz │ │ │ ├── sub-1017_ses-newborn_acq-b1mapE2phase_VFA.json │ │ │ ├── sub-1017_ses-newborn_acq-b1mapE2phase_VFA.nii.gz │ │ │ ├── sub-1017_ses-newborn_acq-legacy_run-01_T1w.json │ │ │ ├── sub-1017_ses-newborn_acq-legacy_run-01_T1w.nii.gz │ │ │ ├── sub-1017_ses-newborn_acq-legacy_run-02_T1w.json │ │ │ ├── sub-1017_ses-newborn_acq-legacy_run-02_T1w.nii.gz │ │ │ ├── sub-1017_ses-newborn_acq-mfa_VFA.json │ │ │ └── sub-1017_ses-newborn_acq-mfa_VFA.nii.gz │ │ ├── dwi │ │ │ ├── sub-1017_ses-newborn_acq-dirPA_run-01_dwi.bval │ │ │ ├── sub-1017_ses-newborn_acq-dirPA_run-01_dwi.bvec │ │ │ ├── sub-1017_ses-newborn_acq-dirPA_run-01_dwi.json │ │ │ ├── sub-1017_ses-newborn_acq-dirPA_run-01_dwi.nii.gz │ │ │ ├── sub-1017_ses-newborn_acq-dirPA_run-02_dwi.bval │ │ │ ├── sub-1017_ses-newborn_acq-dirPA_run-02_dwi.bvec │ │ │ ├── sub-1017_ses-newborn_acq-dirPA_run-02_dwi.json │ │ │ ├── sub-1017_ses-newborn_acq-dirPA_run-02_dwi.nii.gz │ │ │ ├── sub-1017_ses-newborn_acq-dwi_dir-AP_run-01_dwi.bval │ │ │ ├── sub-1017_ses-newborn_acq-dwi_dir-AP_run-01_dwi.bvec │ │ │ ├── sub-1017_ses-newborn_acq-dwi_dir-AP_run-01_dwi.json │ │ │ ├── sub-1017_ses-newborn_acq-dwi_dir-AP_run-01_dwi.nii.gz │ │ │ ├── sub-1017_ses-newborn_acq-dwi_dir-AP_run-02_dwi.bval │ │ │ ├── sub-1017_ses-newborn_acq-dwi_dir-AP_run-02_dwi.bvec │ │ │ ├── sub-1017_ses-newborn_acq-dwi_dir-AP_run-02_dwi.json │ │ │ └── sub-1017_ses-newborn_acq-dwi_dir-AP_run-02_dwi.nii.gz │ │ ├── fmap │ │ │ ├── sub-1017_ses-newborn_acq-dwi_dir-AP_run-01_epi.json │ │ │ ├── sub-1017_ses-newborn_acq-dwi_dir-AP_run-01_epi.nii.gz │ │ │ ├── sub-1017_ses-newborn_acq-dwi_dir-AP_run-02_epi.json │ │ │ ├── sub-1017_ses-newborn_acq-dwi_dir-AP_run-02_epi.nii.gz │ │ │ ├── sub-1017_ses-newborn_acq-dwi_dir-PA_run-01_epi.json │ │ │ ├── sub-1017_ses-newborn_acq-dwi_dir-PA_run-01_epi.nii.gz │ │ │ ├── sub-1017_ses-newborn_acq-dwi_dir-PA_run-02_epi.json │ │ │ ├── sub-1017_ses-newborn_acq-dwi_dir-PA_run-02_epi.nii.gz │ │ │ ├── sub-1017_ses-newborn_acq-rest_dir-AP_epi.json │ │ │ ├── sub-1017_ses-newborn_acq-rest_dir-AP_epi.nii.gz │ │ │ ├── sub-1017_ses-newborn_acq-rest_dir-PA_run-01_epi.json │ │ │ ├── sub-1017_ses-newborn_acq-rest_dir-PA_run-01_epi.nii.gz │ │ │ ├── sub-1017_ses-newborn_acq-rest_dir-PA_run-02_epi.json │ │ │ └── sub-1017_ses-newborn_acq-rest_dir-PA_run-02_epi.nii.gz │ │ └── func │ │ ├── sub-1017_ses-newborn_task-restPA_run-01_bold.json │ │ ├── sub-1017_ses-newborn_task-restPA_run-01_bold.nii.gz │ │ ├── sub-1017_ses-newborn_task-restPA_run-02_bold.json │ │ └── sub-1017_ses-newborn_task-restPA_run-02_bold.nii.gz │ └── sub-1017_sessions.tsv ├── sub-1024 │ ├── ses-newborn │ │ ├── anat │ │ │ ├── sub-1024_ses-newborn_T1w.json │ │ │ ├── sub-1024_ses-newborn_T1w.nii.gz │ │ │ ├── sub-1024_ses-newborn_T2w.json │ │ │ ├── sub-1024_ses-newborn_T2w.nii.gz │ │ │ ├── sub-1024_ses-newborn_acq-Blackford_run-01_sliceT2.json │ │ │ ├── sub-1024_ses-newborn_acq-Blackford_run-01_sliceT2.nii.gz │ │ │ ├── sub-1024_ses-newborn_acq-Blackford_run-02_sliceT2.json │ │ │ ├── sub-1024_ses-newborn_acq-Blackford_run-02_sliceT2.nii.gz │ │ │ ├── sub-1024_ses-newborn_acq-Blackford_run-03_sliceT2.json │ │ │ ├── sub-1024_ses-newborn_acq-Blackford_run-03_sliceT2.nii.gz │ │ │ ├── sub-1024_ses-newborn_acq-b1mapE1_VFA.json │ │ │ ├── sub-1024_ses-newborn_acq-b1mapE1_VFA.nii.gz │ │ │ ├── sub-1024_ses-newborn_acq-b1mapE2_VFA.json │ │ │ ├── sub-1024_ses-newborn_acq-b1mapE2_VFA.nii.gz │ │ │ ├── sub-1024_ses-newborn_acq-b1mapE2phase_VFA.json │ │ │ ├── sub-1024_ses-newborn_acq-b1mapE2phase_VFA.nii.gz │ │ │ ├── sub-1024_ses-newborn_acq-legacy_run-02_T1w.json │ │ │ ├── sub-1024_ses-newborn_acq-legacy_run-02_T1w.nii.gz │ │ │ ├── sub-1024_ses-newborn_acq-mfa_VFA.json │ │ │ └── sub-1024_ses-newborn_acq-mfa_VFA.nii.gz │ │ ├── dwi │ │ │ ├── sub-1024_ses-newborn_acq-dirPA_dwi.bval │ │ │ ├── sub-1024_ses-newborn_acq-dirPA_dwi.bvec │ │ │ ├── sub-1024_ses-newborn_acq-dirPA_dwi.json │ │ │ ├── sub-1024_ses-newborn_acq-dirPA_dwi.nii.gz │ │ │ ├── sub-1024_ses-newborn_acq-dwi_dir-AP_dwi.bval │ │ │ ├── sub-1024_ses-newborn_acq-dwi_dir-AP_dwi.bvec │ │ │ ├── sub-1024_ses-newborn_acq-dwi_dir-AP_dwi.json │ │ │ └── sub-1024_ses-newborn_acq-dwi_dir-AP_dwi.nii.gz │ │ ├── fmap │ │ │ ├── sub-1024_ses-newborn_acq-dwi_dir-AP_epi.json │ │ │ ├── sub-1024_ses-newborn_acq-dwi_dir-AP_epi.nii.gz │ │ │ ├── sub-1024_ses-newborn_acq-dwi_dir-PA_epi.json │ │ │ ├── sub-1024_ses-newborn_acq-dwi_dir-PA_epi.nii.gz │ │ │ ├── sub-1024_ses-newborn_acq-rest_dir-AP_epi.json │ │ │ ├── sub-1024_ses-newborn_acq-rest_dir-AP_epi.nii.gz │ │ │ ├── sub-1024_ses-newborn_acq-rest_dir-PA_run-01_epi.json │ │ │ ├── sub-1024_ses-newborn_acq-rest_dir-PA_run-01_epi.nii.gz │ │ │ ├── sub-1024_ses-newborn_acq-rest_dir-PA_run-02_epi.json │ │ │ └── sub-1024_ses-newborn_acq-rest_dir-PA_run-02_epi.nii.gz │ │ └── func │ │ ├── sub-1024_ses-newborn_task-restPA_run-01_bold.json │ │ ├── sub-1024_ses-newborn_task-restPA_run-01_bold.nii.gz │ │ ├── sub-1024_ses-newborn_task-restPA_run-02_bold.json │ │ └── sub-1024_ses-newborn_task-restPA_run-02_bold.nii.gz │ └── sub-1024_sessions.tsv ├── sub-1043 │ ├── ses-newborn │ │ ├── anat │ │ │ ├── sub-1043_ses-newborn_T1w.json │ │ │ ├── sub-1043_ses-newborn_T1w.nii.gz │ │ │ ├── sub-1043_ses-newborn_T2w.json │ │ │ ├── sub-1043_ses-newborn_T2w.nii.gz │ │ │ ├── sub-1043_ses-newborn_acq-Blackford_run-02_sliceT2.json │ │ │ ├── sub-1043_ses-newborn_acq-Blackford_run-02_sliceT2.nii.gz │ │ │ ├── sub-1043_ses-newborn_acq-b1mapE1_VFA.json │ │ │ ├── sub-1043_ses-newborn_acq-b1mapE1_VFA.nii.gz │ │ │ ├── sub-1043_ses-newborn_acq-b1mapE2_VFA.json │ │ │ ├── sub-1043_ses-newborn_acq-b1mapE2_VFA.nii.gz │ │ │ ├── sub-1043_ses-newborn_acq-b1mapE2phase_VFA.json │ │ │ ├── sub-1043_ses-newborn_acq-b1mapE2phase_VFA.nii.gz │ │ │ ├── sub-1043_ses-newborn_acq-legacy_run-02_T1w.json │ │ │ ├── sub-1043_ses-newborn_acq-legacy_run-02_T1w.nii.gz │ │ │ ├── sub-1043_ses-newborn_acq-mfa_VFA.json │ │ │ └── sub-1043_ses-newborn_acq-mfa_VFA.nii.gz │ │ ├── dwi │ │ │ ├── sub-1043_ses-newborn_acq-dirPA_dwi.bval │ │ │ ├── sub-1043_ses-newborn_acq-dirPA_dwi.bvec │ │ │ ├── sub-1043_ses-newborn_acq-dirPA_dwi.json │ │ │ ├── sub-1043_ses-newborn_acq-dirPA_dwi.nii.gz │ │ │ ├── sub-1043_ses-newborn_acq-dwi_dir-AP_dwi.bval │ │ │ ├── sub-1043_ses-newborn_acq-dwi_dir-AP_dwi.bvec │ │ │ ├── sub-1043_ses-newborn_acq-dwi_dir-AP_dwi.json │ │ │ └── sub-1043_ses-newborn_acq-dwi_dir-AP_dwi.nii.gz │ │ ├── fmap │ │ │ ├── sub-1043_ses-newborn_acq-dwi_dir-AP_epi.json │ │ │ ├── sub-1043_ses-newborn_acq-dwi_dir-AP_epi.nii.gz │ │ │ ├── sub-1043_ses-newborn_acq-dwi_dir-PA_epi.json │ │ │ ├── sub-1043_ses-newborn_acq-dwi_dir-PA_epi.nii.gz │ │ │ ├── sub-1043_ses-newborn_acq-rest_dir-AP_epi.json │ │ │ ├── sub-1043_ses-newborn_acq-rest_dir-AP_epi.nii.gz │ │ │ ├── sub-1043_ses-newborn_acq-rest_dir-PA_run-01_epi.json │ │ │ ├── sub-1043_ses-newborn_acq-rest_dir-PA_run-01_epi.nii.gz │ │ │ ├── sub-1043_ses-newborn_acq-rest_dir-PA_run-02_epi.json │ │ │ └── sub-1043_ses-newborn_acq-rest_dir-PA_run-02_epi.nii.gz │ │ └── func │ │ ├── sub-1043_ses-newborn_task-restPA_run-01_bold.json │ │ ├── sub-1043_ses-newborn_task-restPA_run-01_bold.nii.gz │ │ ├── sub-1043_ses-newborn_task-restPA_run-02_bold.json │ │ └── sub-1043_ses-newborn_task-restPA_run-02_bold.nii.gz │ └── sub-1043_sessions.tsv ├── sub-1053 │ ├── ses-newborn │ │ ├── anat │ │ │ ├── sub-1053_ses-newborn_T1w.json │ │ │ ├── sub-1053_ses-newborn_T1w.nii.gz │ │ │ ├── sub-1053_ses-newborn_T2w.json │ │ │ ├── sub-1053_ses-newborn_T2w.nii.gz │ │ │ ├── sub-1053_ses-newborn_acq-Blackford_sliceT2.json │ │ │ ├── sub-1053_ses-newborn_acq-Blackford_sliceT2.nii.gz │ │ │ ├── sub-1053_ses-newborn_acq-b1mapE1_VFA.json │ │ │ ├── sub-1053_ses-newborn_acq-b1mapE1_VFA.nii.gz │ │ │ ├── sub-1053_ses-newborn_acq-b1mapE2_VFA.json │ │ │ ├── sub-1053_ses-newborn_acq-b1mapE2_VFA.nii.gz │ │ │ ├── sub-1053_ses-newborn_acq-b1mapE2phase_VFA.json │ │ │ ├── sub-1053_ses-newborn_acq-b1mapE2phase_VFA.nii.gz │ │ │ ├── sub-1053_ses-newborn_acq-legacy_run-02_T1w.json │ │ │ ├── sub-1053_ses-newborn_acq-legacy_run-02_T1w.nii.gz │ │ │ ├── sub-1053_ses-newborn_acq-mfa_VFA.json │ │ │ └── sub-1053_ses-newborn_acq-mfa_VFA.nii.gz │ │ ├── dwi │ │ │ ├── sub-1053_ses-newborn_acq-dirPA_dwi.bval │ │ │ ├── sub-1053_ses-newborn_acq-dirPA_dwi.bvec │ │ │ ├── sub-1053_ses-newborn_acq-dirPA_dwi.json │ │ │ ├── sub-1053_ses-newborn_acq-dirPA_dwi.nii.gz │ │ │ ├── sub-1053_ses-newborn_acq-dwi_dir-AP_dwi.bval │ │ │ ├── sub-1053_ses-newborn_acq-dwi_dir-AP_dwi.bvec │ │ │ ├── sub-1053_ses-newborn_acq-dwi_dir-AP_dwi.json │ │ │ └── sub-1053_ses-newborn_acq-dwi_dir-AP_dwi.nii.gz │ │ ├── fmap │ │ │ ├── sub-1053_ses-newborn_acq-dwi_dir-AP_epi.json │ │ │ ├── sub-1053_ses-newborn_acq-dwi_dir-AP_epi.nii.gz │ │ │ ├── sub-1053_ses-newborn_acq-dwi_dir-PA_epi.json │ │ │ ├── sub-1053_ses-newborn_acq-dwi_dir-PA_epi.nii.gz │ │ │ ├── sub-1053_ses-newborn_acq-rest_dir-AP_epi.json │ │ │ ├── sub-1053_ses-newborn_acq-rest_dir-AP_epi.nii.gz │ │ │ ├── sub-1053_ses-newborn_acq-rest_dir-PA_run-01_epi.json │ │ │ ├── sub-1053_ses-newborn_acq-rest_dir-PA_run-01_epi.nii.gz │ │ │ ├── sub-1053_ses-newborn_acq-rest_dir-PA_run-02_epi.json │ │ │ └── sub-1053_ses-newborn_acq-rest_dir-PA_run-02_epi.nii.gz │ │ └── func │ │ ├── sub-1053_ses-newborn_task-restPA_run-01_bold.json │ │ ├── sub-1053_ses-newborn_task-restPA_run-01_bold.nii.gz │ │ ├── sub-1053_ses-newborn_task-restPA_run-02_bold.json │ │ └── sub-1053_ses-newborn_task-restPA_run-02_bold.nii.gz │ └── sub-1053_sessions.tsv ├── sub-1054 │ ├── ses-newborn │ │ ├── anat │ │ │ ├── sub-1054_ses-newborn_T1w.json │ │ │ ├── sub-1054_ses-newborn_T1w.nii.gz │ │ │ ├── sub-1054_ses-newborn_T2w.json │ │ │ ├── sub-1054_ses-newborn_T2w.nii.gz │ │ │ ├── sub-1054_ses-newborn_acq-Blackford_sliceT2.json │ │ │ ├── sub-1054_ses-newborn_acq-Blackford_sliceT2.nii.gz │ │ │ ├── sub-1054_ses-newborn_acq-b1mapE1_VFA.json │ │ │ ├── sub-1054_ses-newborn_acq-b1mapE1_VFA.nii.gz │ │ │ ├── sub-1054_ses-newborn_acq-b1mapE2_VFA.json │ │ │ ├── sub-1054_ses-newborn_acq-b1mapE2_VFA.nii.gz │ │ │ ├── sub-1054_ses-newborn_acq-b1mapE2phase_VFA.json │ │ │ ├── sub-1054_ses-newborn_acq-b1mapE2phase_VFA.nii.gz │ │ │ ├── sub-1054_ses-newborn_acq-legacy_run-02_T1w.json │ │ │ ├── sub-1054_ses-newborn_acq-legacy_run-02_T1w.nii.gz │ │ │ ├── sub-1054_ses-newborn_acq-mfa_VFA.json │ │ │ └── sub-1054_ses-newborn_acq-mfa_VFA.nii.gz │ │ ├── dwi │ │ │ ├── sub-1054_ses-newborn_acq-dirPA_dwi.bval │ │ │ ├── sub-1054_ses-newborn_acq-dirPA_dwi.bvec │ │ │ ├── sub-1054_ses-newborn_acq-dirPA_dwi.json │ │ │ ├── sub-1054_ses-newborn_acq-dirPA_dwi.nii.gz │ │ │ ├── sub-1054_ses-newborn_acq-dwi_dir-AP_dwi.bval │ │ │ ├── sub-1054_ses-newborn_acq-dwi_dir-AP_dwi.bvec │ │ │ ├── sub-1054_ses-newborn_acq-dwi_dir-AP_dwi.json │ │ │ └── sub-1054_ses-newborn_acq-dwi_dir-AP_dwi.nii.gz │ │ ├── fmap │ │ │ ├── sub-1054_ses-newborn_acq-dwi_dir-AP_epi.json │ │ │ ├── sub-1054_ses-newborn_acq-dwi_dir-AP_epi.nii.gz │ │ │ ├── sub-1054_ses-newborn_acq-dwi_dir-PA_epi.json │ │ │ ├── sub-1054_ses-newborn_acq-dwi_dir-PA_epi.nii.gz │ │ │ ├── sub-1054_ses-newborn_acq-rest_dir-AP_run-01_epi.json │ │ │ ├── sub-1054_ses-newborn_acq-rest_dir-AP_run-01_epi.nii.gz │ │ │ ├── sub-1054_ses-newborn_acq-rest_dir-AP_run-02_epi.json │ │ │ ├── sub-1054_ses-newborn_acq-rest_dir-AP_run-02_epi.nii.gz │ │ │ ├── sub-1054_ses-newborn_acq-rest_dir-PA_run-01_epi.json │ │ │ ├── sub-1054_ses-newborn_acq-rest_dir-PA_run-01_epi.nii.gz │ │ │ ├── sub-1054_ses-newborn_acq-rest_dir-PA_run-02_epi.json │ │ │ ├── sub-1054_ses-newborn_acq-rest_dir-PA_run-02_epi.nii.gz │ │ │ ├── sub-1054_ses-newborn_acq-rest_dir-PA_run-03_epi.json │ │ │ └── sub-1054_ses-newborn_acq-rest_dir-PA_run-03_epi.nii.gz │ │ └── func │ │ ├── sub-1054_ses-newborn_task-restPA_run-01_bold.json │ │ ├── sub-1054_ses-newborn_task-restPA_run-01_bold.nii.gz │ │ ├── sub-1054_ses-newborn_task-restPA_run-02_bold.json │ │ ├── sub-1054_ses-newborn_task-restPA_run-02_bold.nii.gz │ │ ├── sub-1054_ses-newborn_task-restPA_run-03_bold.json │ │ └── sub-1054_ses-newborn_task-restPA_run-03_bold.nii.gz │ └── sub-1054_sessions.tsv ├── sub-1057 │ ├── ses-newborn │ │ ├── anat │ │ │ ├── sub-1057_ses-newborn_T1w.json │ │ │ ├── sub-1057_ses-newborn_T1w.nii.gz │ │ │ ├── sub-1057_ses-newborn_T2w.json │ │ │ ├── sub-1057_ses-newborn_T2w.nii.gz │ │ │ ├── sub-1057_ses-newborn_acq-Blackford_run-01_sliceT2.json │ │ │ ├── sub-1057_ses-newborn_acq-Blackford_run-01_sliceT2.nii.gz │ │ │ ├── sub-1057_ses-newborn_acq-Blackford_run-02_sliceT2.json │ │ │ ├── sub-1057_ses-newborn_acq-Blackford_run-02_sliceT2.nii.gz │ │ │ ├── sub-1057_ses-newborn_acq-legacy_run-01_T1w.json │ │ │ ├── sub-1057_ses-newborn_acq-legacy_run-01_T1w.nii.gz │ │ │ ├── sub-1057_ses-newborn_acq-legacy_run-02_T1w.json │ │ │ └── sub-1057_ses-newborn_acq-legacy_run-02_T1w.nii.gz │ │ ├── dwi │ │ │ ├── sub-1057_ses-newborn_acq-dwi_dir-AP_dwi.bval │ │ │ ├── sub-1057_ses-newborn_acq-dwi_dir-AP_dwi.bvec │ │ │ ├── sub-1057_ses-newborn_acq-dwi_dir-AP_dwi.json │ │ │ └── sub-1057_ses-newborn_acq-dwi_dir-AP_dwi.nii.gz │ │ ├── fmap │ │ │ ├── sub-1057_ses-newborn_acq-dwi_dir-AP_epi.json │ │ │ ├── sub-1057_ses-newborn_acq-dwi_dir-AP_epi.nii.gz │ │ │ ├── sub-1057_ses-newborn_acq-rest_dir-AP_epi.json │ │ │ ├── sub-1057_ses-newborn_acq-rest_dir-AP_epi.nii.gz │ │ │ ├── sub-1057_ses-newborn_acq-rest_dir-PA_run-01_epi.json │ │ │ ├── sub-1057_ses-newborn_acq-rest_dir-PA_run-01_epi.nii.gz │ │ │ ├── sub-1057_ses-newborn_acq-rest_dir-PA_run-02_epi.json │ │ │ └── sub-1057_ses-newborn_acq-rest_dir-PA_run-02_epi.nii.gz │ │ └── func │ │ ├── sub-1057_ses-newborn_task-restPA_run-01_bold.json │ │ ├── sub-1057_ses-newborn_task-restPA_run-01_bold.nii.gz │ │ ├── sub-1057_ses-newborn_task-restPA_run-02_bold.json │ │ └── sub-1057_ses-newborn_task-restPA_run-02_bold.nii.gz │ └── sub-1057_sessions.tsv ├── sub-1059 │ ├── ses-newborn │ │ ├── anat │ │ │ ├── sub-1059_ses-newborn_T1w.json │ │ │ ├── sub-1059_ses-newborn_T1w.nii.gz │ │ │ ├── sub-1059_ses-newborn_T2w.json │ │ │ ├── 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│ │ ├── sub-1077_ses-newborn_acq-dwi_dir-AP_dwi.bvec │ │ │ ├── sub-1077_ses-newborn_acq-dwi_dir-AP_dwi.json │ │ │ └── sub-1077_ses-newborn_acq-dwi_dir-AP_dwi.nii.gz │ │ ├── fmap │ │ │ ├── sub-1077_ses-newborn_acq-dwi_dir-AP_epi.json │ │ │ ├── sub-1077_ses-newborn_acq-dwi_dir-AP_epi.nii.gz │ │ │ ├── sub-1077_ses-newborn_acq-dwi_dir-PA_run-01_epi.json │ │ │ ├── sub-1077_ses-newborn_acq-dwi_dir-PA_run-01_epi.nii.gz │ │ │ ├── sub-1077_ses-newborn_acq-dwi_dir-PA_run-02_epi.json │ │ │ ├── sub-1077_ses-newborn_acq-dwi_dir-PA_run-02_epi.nii.gz │ │ │ ├── sub-1077_ses-newborn_acq-rest_dir-AP_epi.json │ │ │ ├── sub-1077_ses-newborn_acq-rest_dir-AP_epi.nii.gz │ │ │ ├── sub-1077_ses-newborn_acq-rest_dir-PA_run-01_epi.json │ │ │ ├── sub-1077_ses-newborn_acq-rest_dir-PA_run-01_epi.nii.gz │ │ │ ├── sub-1077_ses-newborn_acq-rest_dir-PA_run-02_epi.json │ │ │ └── sub-1077_ses-newborn_acq-rest_dir-PA_run-02_epi.nii.gz │ │ └── func │ │ ├── sub-1077_ses-newborn_task-restPA_run-01_bold.json │ │ ├── sub-1077_ses-newborn_task-restPA_run-01_bold.nii.gz │ │ ├── sub-1077_ses-newborn_task-restPA_run-02_bold.json │ │ └── sub-1077_ses-newborn_task-restPA_run-02_bold.nii.gz │ └── sub-1077_sessions.tsv ├── sub-1081 │ ├── ses-newborn │ │ └── anat │ │ ├── sub-1081_ses-newborn_T2w.json │ │ ├── sub-1081_ses-newborn_T2w.nii.gz │ │ ├── sub-1081_ses-newborn_acq-legacy_run-05_T1w.json │ │ ├── sub-1081_ses-newborn_acq-legacy_run-05_T1w.nii.gz │ │ ├── sub-1081_ses-newborn_acq-legacy_run-06_T1w.json │ │ ├── sub-1081_ses-newborn_acq-legacy_run-06_T1w.nii.gz │ │ ├── sub-1081_ses-newborn_run-03_T1w.json │ │ └── sub-1081_ses-newborn_run-03_T1w.nii.gz │ └── sub-1081_sessions.tsv ├── sub-1087 │ ├── ses-newborn │ │ ├── anat │ │ │ ├── sub-1087_ses-newborn_T2w.json │ │ │ ├── sub-1087_ses-newborn_T2w.nii.gz │ │ │ ├── sub-1087_ses-newborn_acq-Blackford_sliceT2.json │ │ │ ├── sub-1087_ses-newborn_acq-Blackford_sliceT2.nii.gz │ │ │ ├── sub-1087_ses-newborn_acq-legacy_run-08_T1w.json │ │ │ ├── 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├── sub-1159_ses-newborn_acq-legacy_run-01_T1w.nii.gz │ │ ├── sub-1159_ses-newborn_acq-legacy_run-02_T1w.json │ │ ├── sub-1159_ses-newborn_acq-legacy_run-02_T1w.nii.gz │ │ ├── sub-1159_ses-newborn_run-01_T2w.json │ │ └── sub-1159_ses-newborn_run-01_T2w.nii.gz │ └── sub-1159_sessions.tsv ├── sub-1176 │ ├── ses-newborn │ │ ├── anat │ │ │ ├── sub-1176_ses-newborn_T1w.json │ │ │ ├── sub-1176_ses-newborn_T1w.nii.gz │ │ │ ├── sub-1176_ses-newborn_T2w.json │ │ │ ├── sub-1176_ses-newborn_T2w.nii.gz │ │ │ ├── sub-1176_ses-newborn_acq-Blackford_sliceT2.json │ │ │ ├── sub-1176_ses-newborn_acq-Blackford_sliceT2.nii.gz │ │ │ ├── sub-1176_ses-newborn_acq-legacy_run-01_T1w.json │ │ │ ├── sub-1176_ses-newborn_acq-legacy_run-01_T1w.nii.gz │ │ │ ├── sub-1176_ses-newborn_acq-legacy_run-02_T1w.json │ │ │ └── sub-1176_ses-newborn_acq-legacy_run-02_T1w.nii.gz │ │ ├── dwi │ │ │ ├── sub-1176_ses-newborn_acq-dwi_dir-AP_dwi.bval │ │ │ ├── sub-1176_ses-newborn_acq-dwi_dir-AP_dwi.bvec │ │ │ ├── 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│ ├── sub-1176_ses-newborn_task-restPA_run-02_bold.json │ │ ├── sub-1176_ses-newborn_task-restPA_run-02_bold.nii.gz │ │ ├── sub-1176_ses-newborn_task-restPA_run-03_bold.json │ │ └── sub-1176_ses-newborn_task-restPA_run-03_bold.nii.gz │ └── sub-1176_sessions.tsv ├── sub-1315 │ ├── ses-newborn │ │ ├── anat │ │ │ ├── sub-1315_ses-newborn_T1w.json │ │ │ ├── sub-1315_ses-newborn_T1w.nii.gz │ │ │ ├── sub-1315_ses-newborn_T2w.json │ │ │ ├── sub-1315_ses-newborn_T2w.nii.gz │ │ │ ├── sub-1315_ses-newborn_acq-Blackford_run-01_sliceT2.json │ │ │ ├── sub-1315_ses-newborn_acq-Blackford_run-01_sliceT2.nii.gz │ │ │ ├── sub-1315_ses-newborn_acq-Blackford_run-02_sliceT2.json │ │ │ ├── sub-1315_ses-newborn_acq-Blackford_run-02_sliceT2.nii.gz │ │ │ ├── sub-1315_ses-newborn_acq-legacy_run-01_T1w.json │ │ │ ├── sub-1315_ses-newborn_acq-legacy_run-01_T1w.nii.gz │ │ │ ├── sub-1315_ses-newborn_acq-legacy_run-02_T1w.json │ │ │ └── sub-1315_ses-newborn_acq-legacy_run-02_T1w.nii.gz │ │ ├── dwi │ │ │ ├── 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│ │ │ ├── sub-1325_ses-newborn_acq-dwi_dir-AP_run-02_epi.json │ │ │ ├── sub-1325_ses-newborn_acq-dwi_dir-AP_run-02_epi.nii.gz │ │ │ ├── sub-1325_ses-newborn_acq-dwi_dir-PA_epi.json │ │ │ ├── sub-1325_ses-newborn_acq-dwi_dir-PA_epi.nii.gz │ │ │ ├── sub-1325_ses-newborn_acq-rest_dir-AP_run-01_epi.json │ │ │ ├── sub-1325_ses-newborn_acq-rest_dir-AP_run-01_epi.nii.gz │ │ │ ├── sub-1325_ses-newborn_acq-rest_dir-AP_run-02_epi.json │ │ │ ├── sub-1325_ses-newborn_acq-rest_dir-AP_run-02_epi.nii.gz │ │ │ ├── sub-1325_ses-newborn_acq-rest_dir-PA_run-01_epi.json │ │ │ ├── sub-1325_ses-newborn_acq-rest_dir-PA_run-01_epi.nii.gz │ │ │ ├── sub-1325_ses-newborn_acq-rest_dir-PA_run-02_epi.json │ │ │ ├── sub-1325_ses-newborn_acq-rest_dir-PA_run-02_epi.nii.gz │ │ │ ├── sub-1325_ses-newborn_acq-rest_dir-PA_run-03_epi.json │ │ │ ├── sub-1325_ses-newborn_acq-rest_dir-PA_run-03_epi.nii.gz │ │ │ ├── sub-1325_ses-newborn_acq-rest_dir-PA_run-04_epi.json │ │ │ └── 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└── sub-1404_sessions.tsv ├── sub-1408 │ ├── ses-newborn │ │ ├── anat │ │ │ ├── sub-1408_ses-newborn_T1w.json │ │ │ ├── sub-1408_ses-newborn_T1w.nii.gz │ │ │ ├── sub-1408_ses-newborn_T2w.json │ │ │ ├── sub-1408_ses-newborn_T2w.nii.gz │ │ │ ├── sub-1408_ses-newborn_acq-Blackford_run-01_sliceT2.json │ │ │ ├── sub-1408_ses-newborn_acq-Blackford_run-01_sliceT2.nii.gz │ │ │ ├── sub-1408_ses-newborn_acq-Blackford_run-03_sliceT2.json │ │ │ ├── sub-1408_ses-newborn_acq-Blackford_run-03_sliceT2.nii.gz │ │ │ ├── sub-1408_ses-newborn_acq-b1mapE1_VFA.json │ │ │ ├── sub-1408_ses-newborn_acq-b1mapE1_VFA.nii.gz │ │ │ ├── sub-1408_ses-newborn_acq-b1mapE2_VFA.json │ │ │ ├── sub-1408_ses-newborn_acq-b1mapE2_VFA.nii.gz │ │ │ ├── sub-1408_ses-newborn_acq-b1mapE2phase_VFA.json │ │ │ ├── sub-1408_ses-newborn_acq-b1mapE2phase_VFA.nii.gz │ │ │ ├── sub-1408_ses-newborn_acq-legacy_run-02_T1w.json │ │ │ ├── sub-1408_ses-newborn_acq-legacy_run-02_T1w.nii.gz │ │ │ ├── sub-1408_ses-newborn_acq-mfa_run-01_VFA.json │ 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307 directories, 2215 files

audreymhoughton commented 1 year ago

@yanbin-niu awesome! yes, you have to remove the T1s to run the T2-only model at this time.

yanbin-niu commented 1 year ago

@hough129 thank you for being such responsiveness!!