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DIDAfunNKY / MMCA-Net

Official code implement of MMCA-Net
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readme #1

Open sun19991017 opened 1 month ago

sun19991017 commented 1 month ago

您好 非常出色的工作！能否提供一下程序运行的Pipeline。

DIDAfunNKY commented 1 month ago

Readme have been updated！ 说明文件已更新！

sun19991017 commented 1 month ago

感谢您的回答！因为刚接触这个请问您这个数据预处理是怎么做的，代码能提供一下吗，以及数据的存放格式。我是打算用来跑一下我的多模态CT-MRI数据！

DIDAfunNKY commented 1 month ago

预处理代码可以在dataset.py 和 ex_transform.py中被找到，包括归一化，标准化，数据增强等。假如是CT-MRI，数据配准后，按每个病例将DICOM读取成数组即可。 Preprocessing code can be found in dataset.py and ex_transform.py, including normalization, standardization, data augmentation, etc. In the case of CT-MRI, after data registration, DICOM can be read into an array for each case.

sun19991017 commented 1 month ago

感谢您的时间，dataset.py 和 ex_transform.py 是将数据送进模型前做的一些预处理，您没对原始数据做一些裁剪或者重采样的预处理吗？

DIDAfunNKY commented 1 month ago

你配准的时候，虽然是同一个空间坐标系，CT MRI PET的体素大小和有效范围都不一样啊，你做配准导出要肯定经过重采样和裁剪这些。这个一般都是在ITK上做，你可以百度下ITK配准，有图形化工具或者代码工具，一般配准分 fix img 和 move img, 最后move img会变得跟fix img的数组大小一致， 过程中包括 形变 重采样 裁剪 旋转 平移 等等变换，详情可以看ITK相关工具手册