search

DariGD / ai24-toxicity-prediction

Apache License 2.0
0 stars 0 forks source link

Описать источники данных #14

Closed bugor40 closed 1 month ago

bugor40 commented 1 month ago

Имеется список источников информации о токсичности (скидывал выше). Источники далеко не всегда ведут на сами данные. Для того, чтобы комплексно настроить сбор данных необходимо проработать эти источники на предмет "полезности" и найти в них разметку химических соединений по метрикам (набор метрик ниже).

Что мы называем "полезностью":

Что должно быть конечным результатом выполенения задачи- проработаны источники по формату , то есть:

bugor40 commented 1 month ago

Поделить между собой предлагаю так: Юра - 1, ~6~, 11, 16, 21, 26 Влад - 2, 7, 12, 17, 22, 27 Илья - 3, 8, 13, 18, 23, 28, 6 Даша - 4, 9, 14, 19, 24, 29 Арина - 5, 10, 15, 20, 25, 30

  1. PubChem #7
  2. ChemSpider
  3. ChemBL #8
  4. CompTox Chemicals Dashboard
  5. COMPTOX
  6. TOXRIC #9
  7. Open Food Tox
  8. OpenTox
  9. Acute Toxicity Test Database Query
  10. Exploring ToxCost Data
  11. TOX 21
  12. Comparative Toxicogenomics Database (CTD)
  13. ECOTOX
  14. European Chemicals Agency (ECHA)
  15. EMBL-EBI (European Bioinformatics Institute)
  16. Chemical Effects in Biological Systems (CEBS)
  17. UK Chemical Hazards Compendum
  18. Pharmaceuticals in the Environment, Information for Assessing Risk website
  19. Human Metabolome Database (HMDB)
  20. PA Integrated Risk Information System (IRIS)
  21. NORMAN Suspect List Exchange
  22. SIDER
  23. The Carcinogenic Potency Database
  24. Chemical Carcinogenesis Research Information System
  25. Life Science Database Archive
  26. TOXICO DB
  27. KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes
  28. RepDose
  29. Публикация описывающая построение CATMoS: Collaborative Acute Toxicity Modeling Suite
  30. Публикация об анализе баз данных по токсичности
bugor40 commented 1 month ago

Набор метрик

  1. Developmental toxicity
    1. Skin Sensitization
    2. Blood Brain Barrier Penetration
    3. BBB-CHT mediated BBB permeation
    4. Hepatotoxicity
    5. Cardiotoxicity/hERG inhibition
    6. Carcinogenicity
    7. Endocrine system disruption
    8. Eye Irritation
    9. Eye Corrosion
    10. Mouse / Rat / Rabbit / Guinea Pig Intraperitoneal LD50
    11. Mouse / Rat / Rabbit / Guinea Pig Intraperitoneal LDLo
    12. Mouse / Rat / Rabbit / Guinea Pig Intravenous LD50
    13. Mouse / Rat / Rabbit / Guinea Pig Intravenous LDLo
    14. Mouse / Rat / Rabbit / Guinea Pig Oral LD50 16. Mouse / Rat / Rabbit / Guinea Pig Oral LDLo
  2. Mouse / Rat / Rabbit / Guinea Pig Subcutaneous LD50
  3. Mouse / Rat / Rabbit / Guinea Pig Subcutaneous LDLo
  4. Mouse / Rat / Rabbit / Guinea Pig Skin LD50
  5. Mouse / Rat / Rabbit / Guinea Pig Skin LDLo
  6. Ames test /
  7. Bioconcentration factor
  8. 40 hour Tetrahymena pyriformis IGC50
  9. 48 hour Daphnia magna LC50
  10. 96 hour Fathead Minnow LC50
  11. Mouse / Rat Carcinogenic potency TD50
  12. Mouse / Rat
  13. Класс опасности по острой токсичности для водной среды / при попадании на кожу / при вдыхании / при проглатывании
  14. Класс опасности по хронической токсичности для водной среды
  15. Класс опасности по репродуктивной токсичности
  16. Классы опасности по раздражению глаз/кожи
  17. Класс опасности по мутагенности
  18. Класс опасности по канцерогенности
  19. Класс опасности по избирательной токсичности при однократном/многократном введении
bugor40 commented 1 month ago

Комментарий по поводу метрик - не зарывайтесь - например, видите LD50 для мышей/ крыс и тд или оральный воод препарата или внутревенный и тд, просто укажите, что это LD50 без подробностей

Доп инфу про животных и способы ввода будем собирать на этапе сбора данных и использовать как фичи скорее всего

Если долго возитесь с одним источником и не можете понять, где тут полезная инфа, тоже забейте и переходите к следующему, нам сейчас важно собрать досточный объём данных из того что легко можно достать, над тяжёлым будем думать после