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DearCaat / RRT-MIL

[CVPR 2024] Feature Re-Embedding: Towards Foundation Model-Level Performance in Computational Pathology
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利用PLIP模型提取病理特征的代码可以提供吗 #9

Closed hljWmh closed 4 months ago

DearCaat commented 4 months ago

基本与CLAM仓库代码一致，其中关于PLIP模型的修改可以参见issue #5

hljWmh commented 4 months ago

抱歉，我目前还是一名研一新生，专业能力不太够，想从您那获取这个提特征源码学习一下。

DearCaat commented 4 months ago

核心代码都在issue #5 中有的，其它都是一些现有包的导入，因为是个项目多个文件，所有不好传上来，你有什么问题可以再问我可以的

hljWmh commented 4 months ago

好的谢谢你

hljWmh commented 4 months ago

你好，还是想询问一些问题，1.在去进行wsi分patch的过程中，本文是否采用了一些方法去除背景信息，去除背景信息是必要的吗 ？2. 我用PLIP模型提取出所有Patch的特征，并进行聚合，出现了一部分负值，请问是否正常，这些负值特征是否有帮助？十分感谢。

DearCaat commented 4 months ago
  1. 在CLAM仓库中的第一步segemantation，有关于背景信息的去除信息，其仓库使用了OSTU算法，还有其他细节可以看看。
  2. 我没有特别关注过特征的值，但一般来说任何特征都可能出现负值，PLIP提取的特征直接使用就行，关于这个问题我也没有更多意见，不好意思
hljWmh commented 4 months ago

好的，谢谢