Configure Tree2GD with Conda virtual environment

[ZaakZoeng]

I used conda tool to configure Tree2gd successfully!

Codes：

# create a conda virtual environment named 'tree2gd'（创建虚拟环境）
conda create -n tree2gd python=3.8

# activate the environment（激活环境）
conda activate tree2gd

# configure R（安装R环境）
conda install -c conda-forge r-base r-essentials

# install some packages（安装Tree2GD_draw.R所需包）
conda install -c bioconda bioconductor-ggtree
conda install -c conda-forge r-ggridges
conda install -c conda-forge r-rcolorbrewer
conda install -c conda-forge r-ggplotify

# test（测试）
Tree2gd_test

Result of 'Tree2gd_test'：

[Galaxy-228]

您好， 能否直接使用condaan安装Tree2GD主程序，您这里的代码只是针对绘图的吧？

祝好

[ZaakZoeng]

您好， 能否直接使用condaan安装Tree2GD主程序，您这里的代码只是针对绘图的吧？

祝好

不是的，建议使用conda先创建一个虚拟环境，然后在虚拟环境中安装tree2gd的包

# 创建虚拟环境
conda create -n tree2gd python=3.8

# 激活环境
conda activate tree2gd

# 安装配置
pip3 install Tree2gd

# 安装R环境
conda install -c conda-forge r-base r-essentials

# 安装Tree2GD_draw.R所需包
conda install -c bioconda bioconductor-ggtree
conda install -c conda-forge r-ggridges
conda install -c conda-forge r-rcolorbrewer
conda install -c conda-forge r-ggplotify

# 测试
Tree2dg_test

[Galaxy-228]

非常感谢您的回复， 请问能否添加您的微信进行后期交流学习。

祝好

[ZaakZoeng]

您好，欢迎交流。

国科大 张泽 Website：https://zz.biometa.top/ WeChat：ZaakZoeng

From: Jie Liu @.> Reply-To: Dee-chen/Tree2gd @.> Date: Tuesday, September 10, 2024 at 21:55 To: Dee-chen/Tree2gd @.> Cc: Ze Zhang @.>, Author @.***> Subject: Re: [Dee-chen/Tree2gd] Configure Tree2GD with Conda virtual environment (Issue #22)

非常感谢您的回复， 请问能否添加您的微信进行后期交流学习。

祝好

― Reply to this email directly, view it on GitHubhttps://github.com/Dee-chen/Tree2gd/issues/22#issuecomment-2340885408, or unsubscribehttps://github.com/notifications/unsubscribe-auth/BCIJUTWXPH6B4NNXOJAASSDZV326HAVCNFSM6AAAAABJ73DU66VHI2DSMVQWIX3LMV43OSLTON2WKQ3PNVWWK3TUHMZDGNBQHA4DKNBQHA. You are receiving this because you authored the thread.Message ID: @.***>