Detao-Zhang / bioage_Rscripts

biological ages R scripts.
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问题请教-计算BA #1

Open caterincst opened 2 years ago

caterincst commented 2 years ago

您好,请问用KD法计算BA有没有碰到得到的BA是负数的问题?怎么解决的,期待回复!

我对照了KDM公式,发现应该是计算的截距q比标志物的值x大的原因,相减得负数,但不知道怎么解决

Detao-Zhang commented 2 years ago

首先谢谢您关注我们的项目.

您提到的是不校正真实年龄的纯用 biomarkers 算出的生物学年龄吧? 这里我觉得可能有这几个因素, 首先是您在训练参数的时候会不会拟合的不好, 比如没有去除 outliers; 其次是我们在做的时候其实是在很多 biomarkers 里面进行了挑选的, 可以考虑删除一些表现不好的标记物不加入计算; 最后我们文章中展示的生物学年龄都是加入了真实年龄的校正项的.

我们的文章下个月初就发表了, 您可以到时候参考看看😁

Detao

caterincst commented 2 years ago

您好,非常感谢您的回复。

根据您提到的问题,我在计算生物学年龄时使用的是 kdm_calc.R 中的代码,得到的应该是校正真实年龄的生物学年龄。然后您提到了outliers,我试验通过多种方法(均值加减3倍或5倍标准差、四分位间距)处理离群值(去掉或临界值填补),得到的BA仍存在负数,去掉outliers结果没有改善,并且数据经log转换、box-cox转换后仍非正态,您用于计算BA的数据是正态吗?关于biomarkers的筛选问题,我是通过相关系数>0.1进行筛选,不知道您是不是以类似的筛选条件。

以上是我分析过程中的主要步骤,希望能再收到您更多的建议!也期待您的文章尽快发表~