在本地无法运行腹部分割dense_vnet_abdominal_ct模型

[Yu-Yuanyuan]

您好，下载了AS软件的release版本和dense_vnet_abdominal_ct.zip，解压后放入Plugins文件夹中，发现将自带的dense_vnet_abdominal_ct\dense_vnet_abdominal_ct\TempFiles\TEMP_niftynet_out.nii.gz文件删去之后，无法在本地电脑上调用模型生成分割标记预测

本地电脑配置有tensorflow和keras，想问下您的tensorflow版本是什么，然后调用模型生成TEMP_niftynet_out.nii.gz的代码是在哪一部分，求回复呀

[MingruiZhuang]

dense_vnet这个神经网络例子实际上是Niftynet框架的一个示例，您可以参考Niftynet中该示例的说明：https://github.com/NifTK/NiftyNetModelZoo/blob/master/dense_vnet_abdominal_ct_model_zoo.md 并按照Nitynet说明书中的方法来配置环境。

如果无法确定具体的原因，可以直接在软件里运行这个功能，软件会在./Plugins/_datacacke/路径下生成临时文件ParentImage。然后通过控制台直接运行./Plugins/DP_dense_vnet_abdominal_ct.py，查看报错来知道具体的原因。

我个人配置环境的方法如下（两个例子都可以运行），希望能有帮助： python 3.6 (勾选加入环境变量) conda install python=3.6.0 (如果是anaconda) pip install tensorflow==1.7 pip install keras pip install niftynet pip install SimpleITK pip install opencv-python pip install scikit-image pip install vtk pip uninstall scipy pip install scipy==1.1.0

安装好Niftynet后，可以用下面的方法测试： net_download dense_vnet_abdominal_ct_model_zoo net_segment inference -c ~/niftynet/extensions/dense_vnet_abdominal_ct/config.ini

希望能帮到您。