Définition générale du package

[DonovanMaillard]

Ce package doit permettre de charger un ou plusieurs fichiers csv provenant d'instances de GeoNature, et d'automatiser une partie des analyses sur ces exports afin de répondre aux besoins internes de Flavia APE.

Le package reposera sur un ensemble de fonctions simples, appelées par des fonctions plus complètes produisant les rapports. Les fonctions simples pourront être utilisées indépendamment des fonctions synthétiques :

• [ ] load_from_geonature(file) : fonction chargeant un csv (= fonctions classiques mais avec l'encodage, les séparateurs et les noms de ligne pré-paramétrés).

• [ ] flavia_get_report(data) : fonction synthétique permettant de produire un rapport de base sur un lot de données, à partir des fonctions suivantes :

  • [ ] fla_nb_taxa(data) : calcule la diversité (nombre de cd_ref) au sein d'un lot de données
  • [ ] fla_nb_data : calcule le nombre de données dans un lot de données
  • [ ] fla_nb_sessions : calcule le nombre de sessions de terrain (combinaisons date_debut / date_fin, permettant d'identifier les sessions jours + sessions nuit)
  • [ ] fla_nb_releves : calcule le nombre de relevés sur la base des dates et localités des relevés
  • [ ] fla_list_observers : liste les observateurs ayant contribué à la production des données du lot analysé
  • [ ] fla_list_methods : liste les méthodes de prospections au sein d'un lot de données
  • [ ] fla_calendar_prospections : produit un calendrier des prospections en détaillant les méthodes associées à chaque date
  • [ ] fla_map_obs : produit une cartographie des occurrences sur un fond OpenStreetMap (package open street map)
  • [ ] fla_map_methods : produit une cartographie des relevés avec une symbologie différente par méthode de prospection
  • [ ] fla_list_taxa : liste les taxons recensés au sein du lot de données, avec nombre de données, nombre de localités sur le site, 1ère date d'observation (doy), dernière date d'observation (doy), famille, statut.
  • [ ] fla_taxa_by_familly : liste les familles et le nombre d'espèces contactées. Une option permet de définir si l'on peut le graphique ou le tableau. Dans le rapport automatisé, l'affichage peut être sélectionné à partir du nombre de familles.

• [ ] flavia_fuse_files(file_ref,file_comp) : fonction permettant de fusionner un export "de référence" avec un export "complémentaire". Les lignes absentes du fichier de références y sont ajoutées à partir du complement, en ne conservant que les colonnes en commun !

• [ ] compare_species_status(file1, file2) : fonction listant les taxons, et leur statut entre le lot de données de référence et l'ensemble des données disposnibles (reference+complement) : nouveau, revu, non revu

• [ ] Documentation générale

[DonovanMaillard]

Fonction load_from_geonature commencée, reste à lancer les controles du fichier sur les champs obligatoires

Fonctions diversité, nombre de cd_ref, de dates etc en cours.

Fonction get_report générant le rapport automatique commencée et fonctionnelle, reste à alimenter et mettre en forme le rapport.

Les fonctions cartographies, comparaisons, et info concaténées seront vues en second temps.