Closed KateSakharova closed 2 years ago
Pipeline tested to commit 6203a29 Output looks like:
test-post-pros-fixes
├── deperlicated_genomes
│ ├── MGYG000000002.fa
│ └── MGYG000000003.fa
├── GFF
│ ├── annotated_MGYG000000002.gff.gz
│ ├── annotated_MGYG000000003.gff.gz
│ ├── MGYG000000001.gff.gz
│ ├── MGYG000000002.gff.gz
│ └── MGYG000000003.gff.gz
├── intermediate_files
│ ├── clusters_split.txt
│ ├── drep-filt-list.txt
│ ├── extra_weight_table.txt
│ ├── gunc_report_completed.txt
│ ├── mmseqs_cluster.tsv
│ ├── names.tsv
│ ├── renamed_download.csv
│ └── Sdb.csv
├── MGYG000000002
│ └── genome
│ ├── annotated_MGYG000000002.gff
│ ├── MGYG000000002_annotation_coverage.tsv
│ ├── MGYG000000002_cazy_summary.tsv
│ ├── MGYG000000002_cog_summary.tsv
│ ├── MGYG000000002.fa
│ ├── MGYG000000002.faa
│ ├── MGYG000000002.fa.fai
│ ├── MGYG000000002.gff
│ ├── MGYG000000002_kegg_classes.tsv
│ └── MGYG000000002_kegg_modules.tsv
├── MGYG000000003
│ ├── genome
│ │ ├── annotated_MGYG000000003.gff
│ │ ├── MGYG000000003_annotation_coverage.tsv
│ │ ├── MGYG000000003_cazy_summary.tsv
│ │ ├── MGYG000000003_cog_summary.tsv
│ │ ├── MGYG000000003.fa
│ │ ├── MGYG000000003.faa
│ │ ├── MGYG000000003.fa.fai
│ │ ├── MGYG000000003.gff
│ │ ├── MGYG000000003_kegg_classes.tsv
│ │ └── MGYG000000003_kegg_modules.tsv
│ └── pan-genome
│ ├── core_genes.txt
│ ├── gene_presence_absence.Rtab
│ ├── MGYG000000003_mashtree.nwk
│ └── pan_genome_reference.fa
├── mmseqs_output
│ ├── mmseqs_0.5_outdir.tar.gz
│ ├── mmseqs_0.95_outdir.tar.gz
│ ├── mmseqs_0.9_outdir.tar.gz
│ └── mmseqs_1.0_outdir.tar.gz
├── panaroo_output
│ └── MGYG000000003_panaroo.tar.gz
├── rRNA_fastas
│ ├── MGYG000000001_fasta-results
│ │ └── MGYG000000001_rRNAs.fasta
│ ├── MGYG000000002_fasta-results
│ │ └── MGYG000000002_rRNAs.fasta
│ └── MGYG000000003_fasta-results
│ └── MGYG000000003_rRNAs.fasta
└── rRNA_outs
├── MGYG000000001_out-results
│ ├── MGYG000000001_rRNAs.out
│ └── MGYG000000001_tRNA_20aa.out
├── MGYG000000002_out-results
│ ├── MGYG000000002_rRNAs.out
│ └── MGYG000000002_tRNA_20aa.out
└── MGYG000000003_out-results
├── MGYG000000003_rRNAs.out
└── MGYG000000003_tRNA_20aa.out
Fixes:
expecting structure: