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EMBL-PKU / BASALT

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bowtie2每次只运行一个，太慢了，是否可以设置平行几个？ #23

Open JiayinZhangfdu opened 5 months ago

JiayinZhangfdu commented 5 months ago

设置的96个cpu，在比对的时候，不会充分利用；每个样品的比对平均只使用12个cpu

EMBL-PKU commented 5 months ago

这个问题挺奇怪的。您的assembly大概是多大？可以测试一下，单独用数据用bw2 mapping你的assembly文件，看看运算的占用率。我们做的测试一般都是cpu会被占满的。如果还有问题，可以加我的微信（微信号 yukechris），我详细的看一下问题在哪儿