Make errors

[hinz1]

Trying to build on Ubuntu Xenial:

mkdir -p ../bin cc -g -Wall -O3 -std=gnu99 -L../lib -L../../libBigWig -L../../htslib wiggletools.c -lwiggletools -l:libBigWig.a -lcurl -l:libhts.a -lgsl -lgslcblas -lz -lpthread -lm -llzma -lbz2 -o ../bin/wiggletools //usr/local/lib/libhts.a(hfile_s3.o): In Funktion s3_sha256': /home/mkiefer/software/builds/augustus-3.3.3/htslib/hfile_s3.c:111: Nicht definierter Verweis aufSHA256' //usr/local/lib/libhts.a(hfile_s3.o): In Funktion s3_sign_sha256': /home/mkiefer/software/builds/augustus-3.3.3/htslib/hfile_s3.c:116: Nicht definierter Verweis aufEVP_sha256' /home/mkiefer/software/builds/augustus-3.3.3/htslib/hfile_s3.c:116: Nicht definierter Verweis auf HMAC' /home/mkiefer/software/builds/augustus-3.3.3/htslib/hfile_s3.c:116: Nicht definierter Verweis aufEVP_sha256' /home/mkiefer/software/builds/augustus-3.3.3/htslib/hfile_s3.c:116: Nicht definierter Verweis auf HMAC' /home/mkiefer/software/builds/augustus-3.3.3/htslib/hfile_s3.c:116: Nicht definierter Verweis aufEVP_sha256' /home/mkiefer/software/builds/augustus-3.3.3/htslib/hfile_s3.c:116: Nicht definierter Verweis auf HMAC' /home/mkiefer/software/builds/augustus-3.3.3/htslib/hfile_s3.c:116: Nicht definierter Verweis aufEVP_sha256' /home/mkiefer/software/builds/augustus-3.3.3/htslib/hfile_s3.c:116: Nicht definierter Verweis auf HMAC' /home/mkiefer/software/builds/augustus-3.3.3/htslib/hfile_s3.c:116: Nicht definierter Verweis aufEVP_sha256' /home/mkiefer/software/builds/augustus-3.3.3/htslib/hfile_s3.c:116: Nicht definierter Verweis auf HMAC' //usr/local/lib/libhts.a(hfile_s3.o): In Funktions3_sign': /home/mkiefer/software/builds/augustus-3.3.3/htslib/hfile_s3.c:104: Nicht definierter Verweis auf EVP_sha1' /home/mkiefer/software/builds/augustus-3.3.3/htslib/hfile_s3.c:104: Nicht definierter Verweis aufHMAC' collect2: error: ld returned 1 exit status Makefile:14: die Regel für Ziel „../bin/wiggletools“ scheiterte make[1]: [../bin/wiggletools] Fehler 1 make[1]: Verzeichnis „/home/mkiefer/software/builds/WiggleTools/src“ wird verlassen Makefile:7: die Regel für Ziel „Wiggletools“ scheiterte make: [Wiggletools] Fehler 2

Any ideas what I have to change / install?

Best, Markus

[dzerbino]

Hello @hinz1 ,

Evidently there is an issue with your htslib installation. Do the htslib executables (e.g. tabix) work for you?

Cheers,

Daniel

[hinz1]

In fact yes, tabix works. It's the version from the Xenial repo: 1.9-393-g634aad4

[dzerbino]

Hello @hinz1 ,

apologies, I missed your response a few months back.

Did you manage to solve the problem? It seems to be deep into the compilation or linking of htslib. If htslib compiled well, then maybe the library file was not found at ../../htslib?

HTH,

Daniel

[dzerbino]

No update in a year, closing issue.