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EnvironmentOntology / envo

A community-driven ontology for the representation of environments
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Synonyms that are identical to a label for a different class #311

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cmungall commented 8 years ago

Thought we had a ticket for this, can't find it. Related to discussion on use of ENVO in search with @pbuttigieg and @mark-jensen

todo: write a sparql query for this

Note: these are not necessarily wrong, but this can be a bad smell. Many of these were brought in from other sources, and only add confusion:

ENVO:00000012 ! hydrographic feature    none    ENVO:00000063 ! water body  hydrographic feature    broad
ENVO:00000012 ! hydrographic feature    none    ENVO:00000409 ! whirlpool   hydrographic feature    broad
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pbuttigieg commented 7 years ago

I remember adding some of these (most are legacy) and while most are dispensable, especially since @cmungall performed a mapping to several key sources (like FTT, SWEET, and EcoLexicon) with dbxrefs, I think some should be retained.

There aren't so many though, I'll try a clean up run...

pbuttigieg commented 7 years ago

Terms to add and axiomatise:

Synonymy to investigate

pbuttigieg commented 7 years ago

@cmungall - would be good to run a mapping to USDGS, FTT, TGN, Geonames, EcoLexicon, SWEET, perhaps GEMET and AGROVOC after I've trawled through the above. I'll create a new issue when the time comes.

cmungall commented 6 years ago

Doing a sweet alignment now: https://github.com/cmungall/sweet-obo-alignment

In theory I can easily filter these out ahead of time, but there may be some genuine true broad synonyms amongst these, so it would be good to start with a curated set.