Work with a single example of expansion in central metabolism

FFranciscoEspinosa / Tesis

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Open nselem opened 7 months ago

nselem commented 7 months ago

[ ] Chose only histidine and Tryptophan pathways from central database (several enzymes by pathway)
[ ] Chose separately these families and genera: Ornithinimicrobiaceae, Streptosporangiaceae, Streptomyces, Actinomyces, Corinebacterium, and Microbacterium
[x] Run EvoMining and keep the expanded families fasta files
[x] Now Run Hamming distance, and TDA analysis

nselem commented 2 months ago

FFranciscoEspinosa commented 1 month ago

[ ] agregar el metadato de genero para cuando se cree el hoyo tener diferentes colores. Correr para Streptoporangiales y en caso necesario agregar otros genomas cercanos

shadayguerrero commented 1 month ago

Agregar generos vecinos, eso se vera con Evomining. Dentro de la familia agrupar por colocores los diversos generos.

FFranciscoEspinosa commented 1 month ago

[ ] Por cada data frame de genero y ruta que representan a los unop hoyos, determinar las columnas que generan las diferencias y describir si phosphoribosyl_isomerase_A en R5P_AMINOACIDS se encuentra en estas columnas. Explicar por qué sí o por que no aparecen. (Ver power point y documento)
[ ] Escribir los resultados para Ornithinimicrobiaceae. Entre distintos generos sí se genera uno hoyos para R5P_AMINOACIDS, pero para generos iguales no.
[ ] Establecer en base al arbol filogenetico un parámetro para medir si hay o no perdida o ganancia de genes.