search

FINNGEN / kanta_lab_preprocessing

Repo for kanta lab QC
MIT License
1 stars 0 forks source link

Data documentation: raw data #1

Closed vincent-octo closed 2 months ago

vincent-octo commented 3 months ago
Column name in raw data Data type Comment
laboratoriotutkimusnimikeid Integer
asiakirjaoid Opaque string
merkintaoid Opaque string
entryoid Opaque string
potilashenkilotunnus Opaque string Our "FINNGENID", can use e.g. "FAKE0001", "FAKE0002"
palvelutapahtumatunnus Opaque string
tutkimuksennaytelaatupk String, categorical
tutkimuksentekotapa Integer not sure about this one
potilassyntymaaika_pvm Integer date of birth, for example for someone born on 2025-01-01 it is "20250101"
potilas_sukupuoli Integer
laboratoriotutkimusoid Opaque string
tutkimusaika Datetime format: "YYYY-MM-DD HH:MM:SS"
alkuperainenasiakirjaoid Opaque string
asiakirjaversio Integer
rekisterinpitaja_organisaatio_h Opaque string
rekisterinpitaja_h Opaque string
asiakirjavalmistilapk Integer
maarittelykokoelmaoid Opaque string
tietojarjestelmanimi String, categorical
tietojarjestelmavalmistaja String, categorical
tietojarjestelmaversio Opaque string
asiakirjaluontiaika Datetime format: "YYYY-MM-DD HH:MM:SS"
pal_alkuperainenasiakirjaoid Opaque string
pal_asiakirjaversio Integer
pal_asiakirjaoid Opaque string
pal_asiakirjaluontiaika Datetime format: "YYYY-MM-DD HH:MM:SS"
rekisterinpitaja_organisaatio Opaque string
rekisterinpitaja Opaque string
palverluntuottaja_organisaatio Opaque string
palveluisanta_organisaatio Opaque string
hetu_root Opaque string
paikallinentutkimusnimike String, categorical
paikallinentutkimusnimikeid Integer
tutkimuskoodistonjarjestelmaid Opaque string
tutkimusvastauksentila String, categorical
tutkimustulosarvo it depends lab test value, sometimes a quantitative float, sometimes an integer (e.g. for titre), sometimes binary (pos / neg test result)
tutkimustulosyksikkö String, categorical
tuloksenpoikkeavuus String, categorical
tuloksenvalmistumisaika Datetime format: "YYYY-MM-DD HH:MM:SS"
viitearvoryhma String
viitevalialkuarvo Float, mostly
viitevalialkuyksikko String, categorical
viitevaliloppuarvo Float, mostly
viitevaliloppuyksikko String, categorical
viitevaliteksti String
erikoisalalyhenne String
vincent-octo commented 3 months ago

@piotor87 Here is a file with fake data that I made based on table description above. kanta_lab_fake_raw_data__2024-03-28.txt

vincent-octo commented 3 months ago

Above file has some wrong column names.

Fixed in this file: kanta_lab_fake_raw_data__2024-03-28.1.txt

piotor87 commented 2 months ago

We now have mock data so we can close this one. Thanks, it was very useful in the meantime :)