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Fenglei104 / DiffPROTACs

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你好请问几个问题 #1

Open gibhdyw opened 2 months ago

gibhdyw commented 2 months ago

1.我看全文中没有提到训练所用设备和时长，能方便透露下吗？ 2.针对于您所用的自建数据库，为什么还是尝试于将protac分为三个部分进行输入呢？有没有尝试输入整体呢？这种输入方式这是基您于之前的工作deepprotacs所构建的数据库吗？

Fenglei104 commented 2 months ago

Hi，

  1. 用的是3090（在Supplementary data里），但具体时间我不太记得了，一年多之前跑的，而且是在集群上跑的，不过应该不到一周。
  2. 这篇工作是用于linker的生成，即根据两端的配体的空间结构生成整个protac。我们希望做的是有限制的分子生成。整体输入也可，但是我还没有尝试。未用到之前的数据库，使用的仅仅是protac-db2.0的数据。
Fenglei104 commented 2 months ago

Hi, 已毕业。无权利提供数据。

Fenglei104 commented 2 months ago

Hi，

  1. 用的是3090（在Supplementary data里），但具体时间我不太记得了，一年多之前跑的，而且是在集群上跑的，不过应该不到一周。
  2. 这篇工作是用于linker的生成，即根据两端的配体的空间结构生成整个protac。我们希望做的是有限制的分子生成。整体输入也可，但是我还没有尝试。未用到之前的数据库，使用的仅仅是protac-db2.0的数据。

数据参见https://bailab.siais.shanghaitech.edu.cn/services/deepprotac-db