Tim's comments (round 3)

[FrancisBanville]

General

• [x] Ajouter des sous-sections pour guider la lecture
• [x] Subdiviser les gros paragraphes.
• [x] Utiliser local networks au lieu de local webs
• [x] Changer l'indice $l$ pour $k$

Introduction

• [x] L51: Il faut clarifier "variability" vs "uncertainty" (data limitations and model calibration) dans ce contexte.
• [x] S'inspirer de Simmonds et al. (2023)
• [x] L57: C'est un peu sec comme fin de paragraphe.
• [x] L92-94: Super important, ça doit arriver plus tôt.
• [x] L95-97: Clarifier.
• [x] L109-110: Reformuler.

Probabilistic representations of interactions

• [x] L130-132: Oui, mais.. l'environnement varie avec le temps. Reformuler le concept de temps infini et discuter de l'environnement. Ajouter une discussion sur l'environnement lorsqu'on parle de convergence des probabilités locales sur la probabilité du metaweb
• [x] L135-137: Tu peux reprendre l'article de Tanya (2024).
• [x] L146-147: Écrit un peu compliqué.

Pairwise interactions

• [x] L178: Et donc? Il faut conclure ce pararaphe.
• [x] L183: Deterministe dans {0, 1} et probabilistite dans [0, 1].
• [x] L190: Référence pour cette phrase? Berlow et al. 2004 ?
• [x] L203: Pourquoi? Comment?
• [x] L205-208: Il faut clarifier cette phrase.
• [x] L209: En termes écologiques?

Local networks

• [x] L232-234: Pas sûr que ce soit le meilleur fit pour ce paragraphe.
• [x] L272: i.e., ...
• [x] L274-276: Reformuler et changer l'ordre des phrases.
• [x] L277-278: Hypothesis testing? Model comparison?
• [x] L285-287: Dans quoi? Clarifier.
• [x] L288-294: Transition? Take-home? Il faut clarifier le message de cette section.
• [x] Papier de Dom Caron sur les traits à citer
• [x] Voir si on peut discuter du papier de Baker (voir Discord).

Table 1

• [x] Reformuler et clarifier la dernière phrase du titre du tableau.
• [x] Clarifier la colonne des sources d'incertitude.
• [x] Citer le preprint de Gab : $P(L_{ij}) P(X_i, X_j)$ ? (downscaling). Entre l'environnement et la faisabilité d'interaction.
• [x] CIter Stock et al. (2017) pour $P(L_{ij} | f(L)) $

Metawebs

• [x] L304-305: Un commentaire sur la différence ici ? Catchen et al. 2023. Inverser les deux parties de la phrase également. On s'attend à ce que la distribution soit biaisée vers des valeurs positives (de 1).
• [x] L312: At high enough abundances.
• [x] L312: Indicating...
• [x] L317-318: Par clair. Regional? Distribution?
• [x] L318-320: Les écologistes vont DÉTESTER cette définition. Reformuler la notion d'infini ailleurs dans le texte.
• [x] L332: Ou interactions entre espèces proches dans la phylogénie? Discuter des phylogénies après l'eq. 4. Les traits ont un signal phylogénétique et il y a des situations où on peut utiliser la phylogénie pour prédire les traits (papiers cités par Tanya et papiers sur le conservatisme phylogénétique sur Discord).
• [x] L340-341: q x E interactions?
• [x] L344-345: Phrase importante (!!!) sur la faisabilité écologique devrait être sur la première page
• [x] L368: Quantification? Faux positifs si on fait des revues de littérature ou pour des espèces proches taxonomiquement.
• [x] L374: Mais c'est quoi le punchline?

Properties of probabilistic interactions

• [x] Séparer la présentation des données?
• [x] Clarifier $P(L{ij}) < P(M{ij})$

Application 1

• [x] L403: Expected? Surprising?
• [x] L408: Comparer avec MacLoad et al. sur les metaweb?
• [x] L410: Pas clair.
• [x] L453: indicating that...

Application 5

• [x] Eq.21: Ok... À simplifier.

Conclusion

• [x] Ajouter un paragraphe sur les priorités de recherche. Quelle probabilité on n'a pas beaucoup exploré. On a besoin de prendre l'interaction des metaweb et prédire les réseaux locaux. Citer les papiers de Dom Caron (plus récent dans GeoB) et de Gab, en contraste avec le papier de Dom Gravel. Souligner comment la géométrie du problème change un peu.

Figures

• [x] Changer le type de traits des lignes pour les figures. Les distinguer par plus que leur couleur.

Figure 2

• [x] Renommer "expanding windows" dans la légende.
• [x] Donner une couleur différente (gradient latitudinal) aux différentes fenêtres et ajouter une barre de couleur.

Figure 3

• [x] Terminer l'échelle à 1.
• [x] Clarifier les unités de t et lambda dans la légende.

Figure 4

• [x] Faire 6 panneaux (2 lignes et 3 colonnes).
• [x] Ajouter différentes tailles d'échantillonnage dans les panneaux du bas et distinguer les points par leur taille. Représenter une dizaine de simulations pour chaque taille d'échantillonnnage.