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Fulanko / IntaRNA

Efficient target prediction incorporating accessibility of interaction sites
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1 stars 0 forks source link

integrate into main repo #11

Closed martin-raden closed 5 years ago

martin-raden commented 5 years ago

wenn stabil, in main repo überführen und dedicated binaries bauen

martin-raden commented 5 years ago

anschliessend flt2int integrieren

martin-raden commented 5 years ago

hab flt2int in den dev branch vom IntaRNA main repo integriert. daher müsstest du schauen, ob du deine änderungen mit einem rebase da draufmappen kannst (vorher besser ne sicherheitskopie machen ;) ), oder ob du die sachen halbhändisch überführen musst..

martin-raden commented 5 years ago

wenn deine predictors auf dem aktuellen dev branch laufen, kannst du die neue seed iteration nutzen! :+1:

sprich schau dir mal SeedHandler::updateToNextSeed( ... ) an! damit sollte die seedextension nochmal schneller werden, da du nicht mehr über alle index pairs laufen musst.

martin-raden commented 5 years ago

seedHandler.addSeeds(interaction) am ende des tracebacks (sobald im dev branch verfuegbar)

martin-raden commented 5 years ago

ens-based predictors von PredictorMfeEns ableiten