Fulanko / IntaRNA

Efficient target prediction incorporating accessibility of interaction sites
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ensemble-based prediction not working .. #12

Closed martin-raden closed 5 years ago

martin-raden commented 5 years ago

Moin Frank,

mir fiel gerade auf, dass wir in den ensemble predictors ggf terme doppelt einbeziehen, sodass das endergebnis nicht stimmt...

ist ein grundlegendes problem, wenn zwei seeds nebeneinander liegen und gleichzeitig in einer interaction vorkommen können. dann wird die interaction zweimal generiert (einmal pro seed) und somit doppelt gezählt.

das könnte die schlechte performance erklären und du könntest das in dein log mal so aufnehmen..

das könnte man nur verhindern, indem verhindert wird, das man zB links vom seed irgendwas einführt, dass auch als seed verwendet wird. fällt mir aber nichts einfaches spontan dazu ein..

können wir nächste woche nochmal drüber reden.

Grüsse, der Martin

martin-raden commented 5 years ago

nach weiterer überlegung folgender schluss: solange du "nur" ensemble energies der site ausrechnen willst, sollte das keine rolle spielen! :)

wodurch ich mich wieder wundere, warum das so schlecht funktioniert. :)