seed-extension implementation

[martin-raden]

theory first

• latex document mit
  • recursion + ggf bildchen wie man für gegebenen seed optimale extension ausrechnet
  • seed boundaries si1,sj1, si2,sj2
  • interaction boundaries i1..j1 i2..j2
  • interior loop energy E(..) und seed energy Eseed sowie ED penalties
  • 4d matrix variante (exact)
  • 2d matrix variante (exact)
  • 2d matrix variante (heuristic)
• wenn möglich in eigenes repo mit aktuellem pdf :)

[martin-raden]

implementation

• extend PredictorMfe2dSeed, da PredictorMfe2d::fillHybrid() schon EL implementiert
• impl ER computation (eg fillHybrid_right()) und store table
• in predict():
  • compute seeds
  • iterate all seeds:
  • compute EL + ER
  • call updateOptimum() for all ij boundary combinations (compute energy sums EL+Eseed+ER)
• traceback():
  • teste alle seeds im range
  • liefere traceback für den ersten seed mit gleicher interaction energy

[Fulanko]

Die predict funktion ist implementiert. Der Predictor läuft auch wieder durch (--mode X), allerdings fehlt noch der Traceback.

[martin-raden]

test mit verschiedenen q/t inputs vs ./src/bin/IntaRNA -m M --outMode D -n 5 --outOverlap=B

[martin-raden]

@Fulanko das sollte abgeschlossen sein oder?