partitition function variants .. - Githubissues

Fulanko / IntaRNA

Efficient target prediction incorporating accessibility of interaction sites

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partitition function variants .. #6

Closed martin-raden closed 5 years ago

martin-raden commented 5 years ago

... for ensemble energy statt minimal energy

sprich falls wir langeweile haben:

seed extension predictoren duplizieren in PredictorMfeEns2dSeedExtension*
datenmatrix auf Z_type umstellen
summierung von energien durch multiplikation von energy.getBW( energy ) ersetzen
minimieren durch summieren ersetzen (liefert Z aller interactions mit aktuellen left/right bounds)
updateMinima() mit energy.getE( Z wert ) aufrufen
im traceback nur die seed base pairs tracen und fertig

Fulanko commented 5 years ago

Implemented