Fulanko / IntaRNA

Efficient target prediction incorporating accessibility of interaction sites
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test: performance hash vs. 2d arrays #7

Closed martin-raden closed 5 years ago

martin-raden commented 5 years ago

da viele index combinationen nicht komplementär sind, könnte es sein, dass die verwendung von echten hash containern (bp = key) statt 2d arrays gleich schnell aber mit weniger speicher laufen könnten.

aber das hat 0-priority... :) fiel mir nur gerade ein. vermutlich bringt das auch bei seed-extension gar nicht mal soviel wie zb bei den normalen rekursionen (die wir ja aber eh ersetzen wollen)..

daher erstmal ignorieren..