CanCOGeN - database identifiers - Githubissues

GenEpiO / genepio

The Genomic Epidemiology Application Ontology describes the genomics, laboratory, clinical and epidemiological contextual information required to support data sharing and integration for foodborne infectious disease surveillance and outbreak investigations.

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CanCOGeN - database identifiers #26

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cmrn-rhi commented 3 years ago

Added the following fields to draft CanCOGeN DataHarmonizer specification - database identifiers, Example, or LocalName:

CanCOGeN:specimen collector sample ID example
CanCOGeN:NML submitted specimen primary ID
CanCOGeN:NML submitted specimen primary ID example
CanCOGeN:NML related specimen primary ID
CanCOGeN:NML related specimen primary ID example
CanCOGeN:IRIDA sample name
CanCOGeN:IRIDA sample name example
CanCOGeN:IRIDA sample name local name
CanCOGeN:umbrella bioproject accession
CanCOGeN:umbrella bioproject accession example
CanCOGeN:bioproject accession
CanCOGeN:bioproject accession example
CanCOGeN:bioproject accession local name
CanCOGeN:biosample accession
CanCOGeN:biosample accession example
CanCOGeN:biosample accession local name
CanCOGeN:SRA accession
CanCOGeN:SRA accession example
CanCOGeN:SRA accession local name
CanCOGeN:GenBank accession
CanCOGeN:GenBank accession example
CanCOGeN:GenBank accession local name
CanCOGeN:GISAID accession
CanCOGeN:GISAID accession example

Update (2021-04-28):

CanCOGeN:Switch ID
CanCOGeN:Switch ID example