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同一个物种不同版本的基因组,需要建立相应的index吗? #12

Closed Li-ZhiD closed 5 years ago

Li-ZhiD commented 5 years ago

同一个物种不同版本的基因组如小鼠的mm9,mm10,需要建立相应的index压缩和解压相应的文件吗?不同版本的基因组fasta文件不一样,怎么在不同版本之间转换?

bolunfeng commented 5 years ago

您好!非常感谢您使用GTX.Zip。首先,建立index文件,只需要与所属物种的基因组相对应就可以,不需要细分到基因组的版本这个层级上。其次,为了数据的最终安全,所有用于建立index的原始rbin,都是由我们制作生成,并发布给用户使用的。比如您有其它物种,不在我们目前支持的物种列表中,可以将fasta的下载链接提供给我们,由我们生成好这个物种的原始rbin文件,再供您来建立相应的bin和rbin文件。

Li-ZhiD commented 5 years ago

谢谢您的回复! 祝好!

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Yours, sincerely,Li Zhidan.

在 2019-01-08 17:36:26,"bolunfeng" notifications@github.com 写道:

您好!非常感谢您使用GTX.Zip。首先,建立index文件,只需要与所属物种的基因组相对应就可以,不需要细分到基因组的版本这个层级上。其次,为了数据的最终安全,所有用于建立index的原始rbin,都是由我们制作生成,并发布给用户使用的。比如您有其它物种,不在我们目前支持的物种列表中,可以将fasta的下载链接提供给我们,由我们生成好这个物种的原始rbin文件,再供您来建立相应的bin和rbin文件。

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