tama_collapse error, line 6228, in <module>

[esterf]

Hello,

Thanks for making available this wonderful tool.

When running tama_collapse.py I got the follwing error: File "/home/labs/bioservices/esterf/tama/tama_collapse.py", line 6228, in ref_allele = fasta_dict[scaffold][var_pos] IndexError: list index out of range

The script I am using id from Dec, the 23rd.

Any help will be appreciated.

Thanks, Esti

[SziKayLeung]

Hi Esti,

I initially run into the exact same error but the script worked fine when I changed the mode from original to low_memory i.e. added -rm low_mem to the end of my command. I believe the error is in the variant calling...

[esterf]

Hi,

I did not solve the problem but I was not interested in the variant calling. Thanks for your suggestion regarding the memory.

Best, Esti

From: SziKayLeung @.> Sent: Thursday, May 6, 2021 12:43 AM To: GenomeRIK/tama @.> Cc: Ester Feldmesser @.>; Author @.> Subject: Re: [GenomeRIK/tama] tama_collapse error, line 6228, in (#56)

Hi Esti,

I initially run into the exact same error but the script worked fine when I changed the mode from original to low_memory i.e. added -rm low_mem to the end of my command. I believe the error is in the variant calling...

— You are receiving this because you authored the thread. Reply to this email directly, view it on GitHubhttps://github.com/GenomeRIK/tama/issues/56#issuecomment-833029290, or unsubscribehttps://github.com/notifications/unsubscribe-auth/ADNKWJ764OI5MS7UT4I4YJ3TMG3X3ANCNFSM43MOPGZQ.

[GenomeRIK]

Hello Esti,

This problem usually happens when you have reads mapping off of the scaffolds. Could you share the command you used for mapping?

Thank you, Richard

[J-Calvelo]

I ran into the same same problem. Here is my comand minimap2 --secondary=no -t 20 -ax splice -uf -a $genome $work_directory"/Reads_work.fastq.gz" >> $work_directory"/minimap2/Read_Align.sam"

[GenomeRIK]

Hello,

Could you copy paste 3 lines representing mapped reads from your sam file? I want to see if the "-a" parameter has caused something to happen unexpectedly.

Cheers, Richard

[J-Calvelo]

Here

m64047_210901_223130/105644198/ccs  0   scaffold_96 3007    1   52M3D988N63M143N105M998N624M53N268M *   0   0   CAGAACTCAGAAGCAGACATCAGAACTCTTGTTCCTTAGTTCACAACATTCTGATGTAGATCAATGACAATTACTGTTTCCGTATCAACCACTCAGTTCAGCAGAAGTCAGAAATCTGATGTAGATCTATTGTTGTTACCATCACCACATCAAATGTTCAAGTTAGCAAATGTCATTGATTTTATATCCAATTGATATCCAATTCATGTGTAATTCTTAGCTTGACTTGTTCCAGTGTACCCCAGATGAGCATAGAGCTAAAACCACAACTCTCTGCCAAAGTCTATTCTAAGCAGCTTTCTTTATCTGCTCCCAGTCTATAATCCTTAGCTTCACTGATGACTGACCACTCCCAGATTTGTTTGAGCCAAACACTTTTTTTTTGCTCGGTTCTCTCTCACAATTTAACAGTATATGTCCTTTTGGGTCACCTGATTCCCAGTAACCAGCATAGGTAACTGTTGGTGAAGATCTAGAGTTTTTATAATTGATTTTTTTTTACTCTCTACATTTGTGTGAAGGATTTGGTTCTTGTTCTTTAAAGACAGTGCTTTGTCCTTTATTGTCTTTAAGTTCACTGTTTTGATTACCCCCACTTCCCAGATAACAAAATGGTATGTATCTTGGGTGTTCACCTGTTGTATGACTGGGCTCTCTTTTTTGTTATTAATTCTCGTAACTTCAGTTTTCTTTTGTTGATCAGTAGTCCAGTCTTCTTTGCTTCTTTGATGTCATCAGGTCCATTGAATGAGCACTTTGTTGTGTATGGAAGAGGAGGCAGATGTCATCAGGTTCATTGTATGAGCACCTTGTTGTGTATGGAAGAGGAGACAGATTTCATCAGGTCCATTGTATGAGCACTTTGTTGTGTATGGGAGAGGAGGCAGATGCCATCAGGTCCATTGTATGTGCACCTTGTTGTGTATGGGAGAGGAGGCAGATGTCATCAGGTCCATTGTATGAGCACCTTGTTTTGTTTGGAAAGGAGGCAGAAGATGCCATCAGGTTCATCATATGAGCACTTTGTTGTGTACAAAAGAAGAGCCAGATGCCAATAGGTCCATTGCATGCCATTTTATTGTCAGAGACATTCTCGTGACCCAATCAATGAC    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~b~~~~~~~~~y~~~~~~~~~~~~~O~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~v~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~W~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~>~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~u~~~~~~~`~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~z~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~}~~~~~~~~~~~~    NM:i:6  ms:i:1007   AS:i:921    nn:i:0  ts:A:+  tp:A:P  cm:i:348    s1:i:1037   s2:i:1061   de:f:0.0036 rl:i:0
m64047_210901_223130/18352336/ccs   16  scaffold_96 3679    33  683M998N639M107N1M1I214M2D208M7116N39M4D241M1I14M3082N156M1S    *   0   0   CATTGGCCAATAAGTGTAATTTCTAGTTTGAAAACATCATGTCTAATTCTGAGAGATAACTCTTAAAATATATAAAATACTATTTATTTAACATTTAGAACAGTTTCATAAACTCTCTATTTCTATAAGTGATCTAGTAAACTACAGTATTAACTTTCATTTTAATTATTGTTTTACAAAAATAAGAGCTATATACATCCAATATTCACCACAAAAAGATTATCTAAGTGTAACATCTTGTTCTCAATGAAACCTAAAGTACTCTCCGTAAGTAGGTTTTAAAAATGTGTTGGTATTTTTTTATCCCAATGTAACTTAATAGAAGTAAACCTTTTGCAAAGAGAGCTAATGTGTTAGTAAAATTATTACCTGATGTAGATCGATGACAATTACTGTTTCCGTATCAACCACTCAGTTCAGCAGAAGTCAGAAATCTTGATCACGAAAAATTATTTTAAAAAAGCAACAAAACAAAATAAATTTGCAATAGAATTAAATATTCTGAAACTATAATTTTAGTTCCACAGGCAAAGATGAGATGAGATAATTTTAGTAATAACAAAAGCAAAAATCTGACCTGATGTAGATCTATTGTTGTTACCATCATCACATCAAATGTTCAAGTTAGCAAATGTCATTGATTTTATATCCAATTGATATCCAATTCATGTGTAATTCTTAGCTTGACTTGTTCCAGTGTACCCCAGATAAGCATAGAGCTAAAACCACAACTCTCTGCCAAAGTCTATTCTAAGCAGCTTTCTTTATCTGCTCCCAGTCTATAATCCTTAGCTTCACTGATGACTGACCACTCCCAGATTTGTTTGAGCCAAACACTTTTTTTTTGCTCGGTTCTCTCTCACAATTTAACAGTATATGTCCTTTTGGGTCACCTGATTCCCAGTAACCAGCATAGGTAACTGTTGGTGAAGATCTAGAGTTTTTATAATTGATTTTTTTTTACTCTCTACATTTGTGTGAAGGATTTGGTTCTTGTTCTTTAAAGACAGTGCTTTGTCCTTTATTGTCTTTAAGTTCACTGTTTTGATTACCCCCACTTCCCAGATAACAAAATGTTATGTATCTTGGGTGTTCACCTGTTGTATGACTGGGCTCTCTTTTTTGTTATTAATTCTCGTAACTTCAGTTTTCTTTTGTTGATCAGTAGTCCAGTCTTCTTTGCTTCTTTGATGTCATCAGGTCCATTGAATGAGCACTTTGTTGTGTATGGAAGAGGAGGCAGATGTCATCAGGTTCATTGTATGAGCACCTTGTTGTGTATGGAAGAGGAGACAGATTTCATCAGGTCCATTGTATGAGCACTTTGTTGTGTATGGGAGAGGAGGCAGATGTCATCAGGTCCATTGTATGAGCACCTTGTTTTGTTTGGAAAGGAGGCAGAAGATGCCATCAGGTTCATCATATGAGCACTTTGTTGTGTACAAAAGAAGAGCCAGATGCCAATAGGTCCATTGCATGCCATTTTATTGTCAGAGACATTCTCGTGACCCAATCAATGACAAAAAAAATTAAAGGCCAAAAAAAATGATTTCTTGTCTTATTCCTTTTTCTGGAAATGGATTATTAAGCTTAGTTGTCAACCGTCGTGTAACAGCTAAATGATGATGGTGAGTATTGGTGGAACCCTGTAATGGTTTATCGACTTTTATATCTCCGTCAATACTGTTGAAAGCTTCCTCAAAATCCACAAAGATGATGTACAGTGGGGACTACAAGTCAATGGATCTTGCCTGCAACCTTGATCACATGATACCAAATAACATGAGAATGGGGAAAATCTCATTTTCATTTATGTATTGAAGATCATTTGTTGTTATCCTGTTGACATGAACAATGTCAATTGATGTGGACAATGTCAACACTAGTTTAATCCAGATGTTGTTCTTTGATGGAAACTCTTCTGCCATATTGAAACCTGTGTTGCAGTTGATTTCCTCTGTGTTCATGCTTCAAACCTAGCACTGAGTTGAAGGTTTTTATGAGCTTTTGATCATTCTGGGTTCAGAAATTTGTATATGACATTATATAAAGCAGTGCAGATTTATATTCTTAAAGTAATTAAATAGTTTAACAAGGATGAGACTTGAAATATTGATCTAGATTTCTAGAGCTAAGCTCGATAAAATGTTTCTTCCGCATAGCCTTCTTAGCCTTTAGACCTTAGTGAACAGAACTCC  ~~~~~}~q~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~m~~~~z~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~Y~~~~~~~~j~~~~~~~_~~~s~Q~~~~f~~~v~~~~~~~~~~~}~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~Y~~~~~R~~~o~~~~~~~s~~~~~~]~~~~~~~~~~~~~~~~~d~~~~~~~~~m~~~~~~U~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~n~~~~~w~~~~~}~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~K~~~~B~~~~~~~}~~~~~~~~L~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~z~~~s~k~~v~~~~~~~~u~~~~~~~~~~~~\~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~h~~~~~~~~h~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~L~~~~~~~~~~~~~~~f~~~~~~V~~~~~R~~~~~~~~\~~~~p~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~]~~~~~~~~~~~~~x~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~j~~~T~~w~~~~}~~~~z~~~~~~h~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~X~~~~~~~~~~~~~]~~~~~~~~~~~~~~~W~~~~~~~~~~~~y~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~Y~~~~~q~~~~~~~~~~~~~Z~~~~~~~~~~~~~~k~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~t~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~f~~~~~~~~~v~~~~g~~gn~~~~~~~~~~P~~~~~~~~~~~~~~~~~~m~~c~a~~~~~~~~~~~g~~~u~~~~~~~~~~~~~~~\~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~M~~~~~~~~~~~~~~~~7~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~f~~~~~~~~~~~|~~~~~~~~~~~~~o~~~~~~~~~~~~~~~m~~~~~~~~~~~~~T~~~~~~~~~B~~~~~~P~~~~~~~~~~{~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~n~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~n~~|~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~X~~~~B~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~{~~~~~~~~~~x~~~~z~~~~~~~~~~~~~~~~{~~k~~~~~~~~~~~~~r~q~~~~~~~~~~~~~~~~~x~~~~~~~~~d~~~~~~~~~~~~~~~d~~~~~~s~~x~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~~l~~~~{~~|~~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~p~~~~~w~~}~j~~W~~n~~~~~~~c~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~\~~~~~~`~~~~~~~~~~~~~~X~~~~~u~~e~~~~~~~~~~~~~~d~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~{~~~~~~~~~~~~~~~~~Q~~~~z~~~s~~~~~~~J~~~~~x~~~~~~~~~~~~\~~~~c~~~~~~v~~~~~~~~~~~~~~~~~~z~~~~u~~~~~~~~~~~~~~~~~~k~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~|~~~~~~~~~~{~~~~~~~~~5~~~~~~~{~~s~u~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~o~~~~~~~q~~~~~~~~~~~~~~~~J~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~|~~~~x~}~~~~~~~~~~~~j~~~~~{~~w~~~~~~~x~~~~j~~~v~~~~~~~~o~~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~L~~~~~~~~~~~~~~~z~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~u~~~i~~~~y~~~~~~~~~~~~u~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~a~~~~~~~~~Q~~~~~~~~~}~~~~~~xz~~~P~~~~~~~y~~P~~~~~~~~~~~l~~~z~~_~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~o~~[~~~~~~~~j~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~y~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~n~~~~u~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~|~~~~~~~~~e~~~~~~~~~~~~~~~  NM:i:22 ms:i:1725   AS:i:2005   nn:i:0  ts:A:+  tp:A:P  cm:i:644    s1:i:2075s2:i:2081  de:f:0.0082 rl:i:15
m64047_210901_223130/166398338/ccs  16  scaffold_96 3679    26  683M998N616M53N292M2D208M7110N290M1I14M3076N141M3S  *   0   0   CATTGGCCAATAAGTGTAATTTCTAGTTTGAAAACATCATGTCTAATTCTGAGAGATAACTCTTAAAATATATAAAATACTATTTATTTAACATTTAGAACAGTTTCATAAACTCTCTATTTCTATAAGTGATCTAGTAAACTACAGTATTAACTTTCATTTTAATTATTGTTTTACAAAAATAAGAGCTATATACATCCAATATTCACCACAAAAAGATTAACTAAGTGTAACATCTTGTTCTCAATGAAACCTAAAGTACTCTCCGTAAGTAGGTTTTAAAAATGTGTTGGTATTTTTTTATCCCAATGTAACTTAATAGAAGTAAACCTTTTGCAATGAGAGCTAATGTGTTAGTAAAATTATTACCTGATGTAGATCGATGACAATTACTGTTTCCGTATCAACCACTCAGTTCAGCAGAAGTCAGAAATCTTGATCACGAAAAATTATTTTAAAAAAGCAACAAAACAAAATAAATTTGCAATAGAATTAAATATTCTGAAACTATAATTTTAGTTCCACAGGCAAAGATGAGATGAGATAATTTTAGTAATAACAAAAGCAAAAATCTGACCTGATGTAGATCTATTGTTGTTACCATCACCACATCAAATGTTCAAGTTAGCAAATGTCATTGATTTTATATCCAATTGATATCCAATTCATGTGTAATTCTTAGCTTGACTTGTTCCAGTGTACCCCAGATGAGCATAGAGCTAAAACCACAACTCTCTGCCAAAGTCTATTCTAAGCAGCTTTCTTTATCTGCTCCCAGTCTATAATCCTTAGCTTCACTGATGACTGACCACTCCCAGATTTGTTTGAGCCAAACACTTTTTTTTTGCTCGGTTCTCTCTCACAATTTAACAGTATATGTCCTTTTGGGTCACCTGATTCCCAGTAACCAGCATAGGTAACTGTTGGTGAAGATCTAGAGTTTTTATAATTGATTTTTTTTTACTCTCTACATTTGTGTGAAGGATTTGGTTCTTGTTCTTTAAAGACAGTGCTTTGTCCTTTATTGTCTTTAAGTTCACTGTTTTGATTACCCCCACTTCCCAGATAACAAAATGGTATGTATCTTGGGTGTTCACCTGTTGTATGACTGGGCTCTCTTTTTTGTTATTAATTCTCGTAACTTCAGTTTTCTTTTGTTGATCAGTAGTCCAGTCTTCTTTGCTTCTTTGATGTCATCAGGTCCATTGAATGAGCACTTTGTTGTGTATGGAAGAGGAGGCAGATGTCATCAGGTTCATTGTATGAGCACCTTGTTGTGTATGGAAGAGGAGACAGATTTCATCAGGTCCATTGTATGAGCACTTTGTTGTGTATGGGAGAGGAGGCAGATGCCATCAGGTCCATTGTATGTGCACCTTGTTGTGTATGGGAGAGGAGGCAGATGTCATCAGGTCCATTGTATGAGCACCTTGTTTTGTTTGGAAAGGAGGCAGAAGATGCCATCAGGTTCATCATATGAGCACTTTGTTGTGTACAAAAGAAGAGCCAGATGCCAATAGGTCCATTGCATGCCATTTTATTGTCAGAGACATTCTCGTGACCCAATCAATGACAAAAAAAATTAAAGGCCAAAAAAAATGATTTCTTGTCTTATTCCTTTTTCTGGAAATGGATTATTAAGCTTAGTTGTCAACCGTCGTGTAACAGCTAAATAATGATGGTGAGTATTGGTGGAACCCTGTAATGGTTTATCGACTTTTATATCTCCGTCAATACTGTTGAAAGCTTCCTCAAAATCCACAAAGATGATGTACAGTGGGGACTACCAGTCAATGGATCTTTACCTTGCCTGCAACCTTGATCACATGATACCAAATAACATGTGACAGAATGGGGAAAATCTCATTTTCATTTATGTATTGAAGATCATTTGTTGTTATCCTGTTGGCATGAACAATGTCAATTGATGTGGACAATGTCAACACTAGTTTAATCCAGATGTTGTTCTTTGATGGAAACTCTTCTGCCATATTGAAACCTGTGTTGCAGTTGCTTTCCTCTGTGTTCATGCTTCAAACCTAGCACTGAGTTGAAGGTTTTTATGAGCTTTTGATCATTCTGGGTTCAGAAATTTGTATATGACATTTACATTATATAAAGCAGTGCAGATTTATATTCTTAAAGTAATTAAATAGATTAACAAGGATGAGACTTGAAATATTGATCTAGATTTCTAGAGCTAAGCTCGATAAAATGTTTCTTCCGCATAGCCTTCTTAGCCTTTTTC    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~    NM:i:9  ms:i:2035   AS:i:2073   nn:i:0  ts:A:+  tp:A:P  cm:i:711    s1:i:2149   s2:i:2166de:f:0.0036    rl:i:15

[GenomeRIK]

When did you last update your TAMA instance?

[J-Calvelo]

15 of October

[GenomeRIK]

Ok if you are not interested in variant calling you can use the "-rm low_mem" parameter which should avoid this issue.

If you do want variant calling then we need to find out where the mapping clipped off of a scaffold.

Let me know which one you want to do.

Cheers, Richard

[J-Calvelo]

Using "-rm low_mem" worked and we don't have plans to do variant calling Thanks